MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S chromosome

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016856	TGTGGT	2	12	74858	74869	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016856	AAAGAA	2	12	75353	75364	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016856	CGGGTG	2	12	117478	117489	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016856	AATGCT	2	12	122104	122115	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016856	GGATAA	2	12	134935	134946	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016856	AGATGA	2	12	351562	351573	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016856	TTCTCA	2	12	359611	359622	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_016856	CTCATT	2	12	378877	378888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_016856	GTGATA	2	12	478456	478467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016856	AAATTT	2	12	499126	499137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016856	TGCTAT	2	12	528714	528725	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016856	CAGGCG	2	12	540845	540856	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016856	AGCGCC	2	12	546573	546584	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_016856	TGCAAT	2	12	592003	592014	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016856	TGCAAT	2	12	592018	592029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016856	TAACGT	2	12	624787	624798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016856	CAAAAA	2	12	809605	809616	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016856	CTGCGC	2	12	830657	830668	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016856	CCTGCA	2	12	831064	831075	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016856	GCCGGT	2	12	831595	831606	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016856	GTGGAA	2	12	831911	831922	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016856	ATGCCG	2	12	856903	856914	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016856	TGAAAA	2	12	901111	901122	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016856	ATTTTT	2	12	907733	907744	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016856	CATCGT	2	12	948582	948593	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016856	GATGAC	2	12	970202	970213	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_016856	AAAGAT	2	12	1049395	1049406	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016856	AAAGCA	2	12	1067027	1067038	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016856	CTTTTT	2	12	1071105	1071116	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016856	TAAATG	2	12	1101824	1101835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016856	ATCTCG	2	12	1102290	1102301	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016856	AAGAGA	2	12	1127381	1127392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016856	CGTTTA	2	12	1133362	1133373	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016856	TGTCAT	2	12	1177730	1177741	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016856	AAAAAG	2	12	1255887	1255898	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016856	TCACCT	2	12	1290307	1290318	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_016856	GGGGCT	2	12	1290376	1290387	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016856	ACGGTT	2	12	1304662	1304673	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016856	AAAAAC	2	12	1335625	1335636	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016856	GGTTTA	2	12	1348763	1348774	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016856	AGTCTT	2	12	1471318	1471329	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016856	CCAGCG	2	12	1639304	1639315	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016856	GATATT	2	12	1664642	1664653	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016856	TTCCCC	2	12	1682122	1682133	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_016856	AGTATA	2	12	1703250	1703261	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016856	TTTATG	2	12	1729115	1729126	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016856	TATTTA	2	12	1733245	1733256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016856	TTATTT	2	12	1736763	1736774	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016856	ACTGCC	2	12	1738438	1738449	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_016856	TCTGCG	2	12	1823165	1823176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016856	TTGGCT	2	12	1905726	1905737	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_016856	TGTTAA	2	12	1910449	1910460	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016856	GGAAAT	2	12	2002912	2002923	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016856	CTTTCA	2	12	2003864	2003875	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016856	CAGGTA	2	12	2015911	2015922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016856	GATTCG	2	12	2185558	2185569	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016856	AATCAG	2	12	2195599	2195610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016856	ATAACA	2	12	2276824	2276835	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016856	ACATAA	2	12	2277042	2277053	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016856	TGTTTA	2	12	2285028	2285039	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016856	TTTATC	2	12	2315036	2315047	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016856	TCCAGT	2	12	2383020	2383031	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016856	ATTTTC	2	12	2383383	2383394	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016856	CCTTCA	2	12	2418821	2418832	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_016856	ATTTTT	2	12	2556272	2556283	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016856	GTAAGT	2	12	2567386	2567397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016856	TTTTCA	2	12	2576695	2576706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016856	CAAGTG	2	12	2593700	2593711	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016856	TATCCG	2	12	2686356	2686367	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016856	CAGCGT	2	12	2688492	2688503	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016856	TTCACC	2	12	2690167	2690178	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_016856	CGGTGA	2	12	2691764	2691775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016856	GCTACA	2	12	2709960	2709971	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016856	GCAAGG	9	54	2782420	2782473	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016856	CTCCGC	2	12	2802231	2802242	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_016856	ACAAAA	2	12	2850228	2850239	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016856	TACCAT	2	12	2882138	2882149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_016856	CGCTGA	2	12	2883374	2883385	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016856	TACCGC	2	12	2883440	2883451	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_016856	ACCGCC	2	12	2889624	2889635	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_016856	CACCGC	2	12	2890001	2890012	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_016856	CCAACG	2	12	2890864	2890875	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_016856	CGATAC	2	12	2891795	2891806	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016856	TACACC	2	12	2892483	2892494	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_016856	CGACAT	2	12	2899173	2899184	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016856	CGCAGG	2	12	2899432	2899443	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016856	AAAGGC	2	12	2906065	2906076	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016856	TAAGGG	2	12	2919591	2919602	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016856	CAAGAG	2	12	2932745	2932756	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016856	CTTAGG	2	12	2946764	2946775	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016856	CAATAA	2	12	2963221	2963232	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_016856	ATTAAA	2	12	3066335	3066346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016856	GATTAT	2	12	3114440	3114451	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016856	CCTGTT	2	12	3115664	3115675	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016856	GCGATC	2	12	3160733	3160744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016856	CCACCG	2	12	3205044	3205055	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_016856	TTTTAT	2	12	3206478	3206489	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016856	TTCAGT	2	12	3272163	3272174	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016856	AGTTGT	2	12	3392558	3392569	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016856	AATGAT	2	12	3398226	3398237	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016856	TAACCA	2	12	3436863	3436874	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016856	ATTCAA	2	12	3438610	3438621	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016856	TTATTT	2	12	3440809	3440820	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016856	AATGCC	2	12	3486241	3486252	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016856	TGTTAT	2	12	3528568	3528579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016856	AATATT	2	12	3729960	3729971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016856	CTTAAT	2	12	3792622	3792633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016856	TAAAAA	2	12	3846468	3846479	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016856	ATTATA	2	12	3893988	3893999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016856	GCATTA	2	12	3967227	3967238	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016856	TAAATA	2	12	3973170	3973181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016856	ACATGA	2	12	3978979	3978990	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016856	TAAATA	2	12	4275922	4275933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016856	TTTTAA	2	12	4276119	4276130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016856	TTTTAC	2	12	4320448	4320459	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016856	TTTTGT	2	12	4370110	4370121	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016856	TTTTGA	2	12	4415467	4415478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016856	TAACCA	2	12	4456051	4456062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016856	GCGCTT	2	12	4482679	4482690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016856	GTCTTT	2	12	4518452	4518463	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016856	TGAACT	2	12	4527090	4527101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016856	CGCGTT	2	12	4527226	4527237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016856	TTATGA	2	12	4577509	4577520	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016856	GAAAAA	2	12	4577558	4577569	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016856	TTGATT	2	12	4598781	4598792	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016856	ATTCTG	2	12	4609041	4609052	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016856	TTTTTA	2	12	4610029	4610040	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016856	GAGATA	2	12	4627269	4627280	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016856	TGGCGC	2	12	4649101	4649112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_016856	TTTCAT	2	12	4687400	4687411	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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137	NC_016856	AAGCGC	2	12	4849962	4849973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.