MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016854	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016854	TGTGGT	2	12	74858	74869	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016854	AAAGAA	2	12	75353	75364	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016854	CGGGTG	2	12	116767	116778	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016854	AATGCT	2	12	121393	121404	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016854	AAGAGG	2	12	128583	128594	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016854	GGATAA	2	12	134224	134235	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016854	CAATAT	2	12	229774	229785	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016854	GCAGAA	2	12	288717	288728	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016854	TGAAAA	2	12	339244	339255	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016854	AGATGA	2	12	350848	350859	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016854	TTCTCA	2	12	358897	358908	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016854	AACCCA	2	12	377327	377338	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_016854	CTCATT	2	12	418688	418699	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016854	GTGATA	2	12	518266	518277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016854	AAATTT	2	12	538936	538947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016854	TGCTAT	2	12	568525	568536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016854	CAGGCG	2	12	580656	580667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016854	AGCGCC	2	12	586384	586395	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016854	TGCAAT	2	12	630119	630130	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016854	TGCAAT	2	12	630134	630145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016854	TAACGT	2	12	662903	662914	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016854	TGCAAA	2	12	682730	682741	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016854	GGCAAT	2	12	798565	798576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_016854	CAAAAA	2	12	847918	847929	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016854	GCAGCC	2	12	851294	851305	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_016854	TGAAAA	2	12	938711	938722	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016854	AGCAAC	2	12	940183	940194	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016854	ATTTTT	2	12	945329	945340	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016854	CATCGT	2	12	986178	986189	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016854	GATGAC	2	12	1007783	1007794	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016854	ATATTG	2	12	1016718	1016729	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016854	GTTATT	2	12	1016924	1016935	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016854	AAAGAT	2	12	1086974	1086985	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016854	AAAATC	2	12	1101533	1101544	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016854	ACCCAA	2	12	1101708	1101719	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_016854	AAAGCA	2	12	1104545	1104556	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016854	GTTTTT	2	12	1108293	1108304	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016854	CTTTTT	2	12	1108622	1108633	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016854	AGAATC	2	12	1137533	1137544	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016854	TAAATG	2	12	1140169	1140180	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016854	ATCTCG	2	12	1140635	1140646	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016854	AAAAAT	2	12	1159684	1159695	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016854	AAGAGA	2	12	1165727	1165738	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016854	CGTTTA	2	12	1171708	1171719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016854	TGAGTA	2	12	1174129	1174140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016854	TACCCA	2	12	1178029	1178040	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_016854	TGTCAT	2	12	1215353	1215364	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016854	TAATTA	2	12	1238318	1238329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016854	CGTGGG	2	12	1278465	1278476	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016854	AAAAAG	2	12	1293524	1293535	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016854	AAAAAC	2	12	1322161	1322172	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016854	GGTTTA	2	12	1335299	1335310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016854	GATTTT	2	12	1356686	1356697	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016854	AAGCGC	2	12	1358313	1358324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016854	CGCTCG	2	12	1442952	1442963	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_016854	ATAACA	2	12	1455807	1455818	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_016854	AGTCTT	2	12	1457854	1457865	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016854	GCCGGT	2	12	1591258	1591269	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016854	AGGCGA	2	12	1591851	1591862	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016854	CCAGCG	2	12	1621842	1621853	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_016854	GATATT	2	12	1647180	1647191	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016854	CATTAA	2	12	1661746	1661757	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016854	TTCCCC	2	12	1664660	1664671	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_016854	AGTATA	2	12	1685788	1685799	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016854	TTTATG	2	12	1711653	1711664	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016854	TATTTA	2	12	1715783	1715794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016854	TTATTT	2	12	1719301	1719312	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016854	ACTGCC	2	12	1720976	1720987	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_016854	TTTTAT	2	12	1744980	1744991	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016854	TTGCTG	2	12	1777867	1777878	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016854	TATAGT	2	12	1792386	1792397	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016854	TCTGCG	2	12	1804991	1805002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016854	TTGGCT	2	12	1887552	1887563	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016854	TGTTAA	2	12	1892275	1892286	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016854	TCAACG	2	12	1929093	1929104	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016854	GGAAAT	2	12	1975018	1975029	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016854	CTTTCA	2	12	1975970	1975981	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_016854	CAGGTA	2	12	1988017	1988028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_016854	CTCCAG	2	12	2076859	2076870	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_016854	TAATAC	2	12	2110299	2110310	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016854	GATTCG	2	12	2157661	2157672	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016854	AATCAG	2	12	2167702	2167713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_016854	CATATA	2	12	2167884	2167895	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016854	GTTATT	2	12	2212099	2212110	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016854	ATAACA	2	12	2248927	2248938	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_016854	ACATAA	2	12	2249145	2249156	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016854	TGTTTA	2	12	2257131	2257142	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016854	TTTATC	2	12	2287139	2287150	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016854	ATTTTC	2	12	2355486	2355497	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_016854	CCTTCA	2	12	2390934	2390945	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_016854	CATTCT	2	12	2442747	2442758	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016854	CATTAA	2	12	2463372	2463383	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016854	AGAAAA	2	12	2500097	2500108	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016854	ATTTTT	2	12	2528386	2528397	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016854	GTAAGT	2	12	2539500	2539511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016854	TTTTCA	2	12	2548809	2548820	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016854	CAAGTG	2	12	2565814	2565825	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016854	TATCCG	2	12	2659183	2659194	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016854	CAGCGT	2	12	2661319	2661330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016854	TTCACC	2	12	2662994	2663005	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_016854	CGGTGA	2	12	2664591	2664602	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016854	GCTACA	2	12	2682787	2682798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016854	TGTTTT	2	12	2698317	2698328	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016854	GCAAGG	9	54	2755247	2755300	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016854	TTGGGT	2	12	2793865	2793876	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016854	TTTGTT	2	12	2806778	2806789	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016854	TATTTT	2	12	2806973	2806984	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016854	ACAAAA	2	12	2823050	2823061	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016854	TGAAGA	2	12	2847882	2847893	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016854	CGACAT	2	12	2871913	2871924	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016854	CGCAGG	2	12	2872172	2872183	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_016854	AAAGGC	2	12	2878805	2878816	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_016854	ATTAAA	2	12	2881266	2881277	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016854	TAAGGG	2	12	2892331	2892342	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016854	CACTGA	2	12	2898463	2898474	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016854	CAAGAG	2	12	2905495	2905506	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016854	ATCTTA	2	12	2922435	2922446	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_016854	CAATAA	2	12	2935971	2935982	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016854	ATTAAA	2	12	3039086	3039097	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016854	CCATCG	2	12	3041266	3041277	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_016854	GATTAT	2	12	3087129	3087140	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016854	GCGATC	2	12	3132934	3132945	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_016854	CACGAC	7	42	3176550	3176591	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_016854	CCACCG	2	12	3177164	3177175	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_016854	TTTTAT	2	12	3178598	3178609	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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129	NC_016854	AGTTGT	2	12	3365549	3365560	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016854	AATGAT	2	12	3402398	3402409	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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139	NC_016854	AATATT	2	12	3739133	3739144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016854	CGCCAG	2	12	3790276	3790287	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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143	NC_016854	CGCCAG	2	12	3867349	3867360	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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155	NC_016854	TCACCG	2	12	4038918	4038929	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.