MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103b complete sequence

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016836	GCG	2	6	19	24	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016836	TCT	2	6	101	106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016836	GGC	2	6	107	112	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_016836	GAG	2	6	124	129	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016836	CGC	2	6	304	309	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_016836	GCG	2	6	372	377	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016836	GCC	2	6	526	531	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_016836	CGC	2	6	717	722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_016836	GCG	2	6	747	752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_016836	CAC	2	6	786	791	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_016836	CTC	2	6	2679	2684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_016836	TGG	2	6	2813	2818	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016836	AGG	2	6	2893	2898	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016836	CCA	2	6	3132	3137	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_016836	CAG	2	6	3183	3188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016836	ACG	2	6	3202	3207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_016836	AAC	2	6	3212	3217	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016836	TTG	2	6	3281	3286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016836	CAG	2	6	3358	3363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_016836	CAA	2	6	4346	4351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016836	ATG	2	6	4660	4665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016836	CGG	2	6	4753	4758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016836	CCT	3	9	7816	7824	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_016836	AAC	2	6	8725	8730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016836	AAG	2	6	8752	8757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016836	CGA	2	6	8855	8860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016836	CGA	2	6	8878	8883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016836	GAA	2	6	9039	9044	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016836	TTC	2	6	9047	9052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016836	CAT	2	6	9087	9092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016836	TGC	2	6	9200	9205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016836	ACA	2	6	12786	12791	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016836	ATC	2	6	12798	12803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_016836	TAG	2	6	12943	12948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016836	CAA	2	6	13040	13045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016836	GCC	2	6	13104	13109	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_016836	GAC	2	6	15352	15357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_016836	AGG	2	6	15387	15392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016836	GGT	2	6	15466	15471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016836	CCT	2	6	16585	16590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_016836	CTG	2	6	16632	16637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016836	TCG	2	6	16665	16670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_016836	TCA	2	6	17771	17776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_016836	CGC	2	6	17822	17827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_016836	ACG	2	6	18015	18020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016836	CGG	3	9	18080	18088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016836	CGA	2	6	18097	18102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016836	CAC	2	6	18170	18175	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_016836	GCA	2	6	18184	18189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016836	GAA	3	9	18214	18222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016836	TTG	2	6	18227	18232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016836	CCA	2	6	18240	18245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_016836	GAT	2	6	18319	18324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016836	ATC	2	6	20566	20571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016836	GAC	2	6	20614	20619	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_016836	GGA	2	6	20625	20630	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016836	GTT	2	6	21249	21254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016836	AAG	2	6	21296	21301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016836	GAC	2	6	21379	21384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016836	CAT	2	6	21457	21462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016836	TGC	2	6	21633	21638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016836	CTT	2	6	21720	21725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016836	CTA	2	6	21765	21770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016836	TCC	2	6	21833	21838	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_016836	TCC	2	6	22020	22025	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_016836	GTT	2	6	23127	23132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016836	ATA	2	6	23164	23169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016836	TTA	2	6	23327	23332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016836	TTA	2	6	23357	23362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016836	CTA	2	6	23415	23420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_016836	TGA	2	6	24006	24011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016836	GCA	2	6	24250	24255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_016836	CTT	2	6	24260	24265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016836	GCA	2	6	24644	24649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_016836	TGT	2	6	24660	24665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016836	GCG	2	6	24778	24783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016836	TTC	2	6	25462	25467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_016836	CCG	2	6	26024	26029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_016836	CAA	2	6	26034	26039	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_016836	CGA	2	6	26090	26095	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016836	CGT	2	6	27457	27462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_016836	AAC	2	6	27507	27512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_016836	GGC	2	6	27534	27539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016836	GAC	2	6	27565	27570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016836	AGT	2	6	27686	27691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016836	AGT	2	6	30261	30266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016836	CCG	2	6	30323	30328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_016836	ACG	2	6	30346	30351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016836	GTT	2	6	30937	30942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016836	GGA	2	6	30946	30951	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016836	CGC	2	6	34975	34980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_016836	GAC	2	6	35087	35092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016836	GTA	2	6	35340	35345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016836	AGG	2	6	35367	35372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016836	AGC	2	6	35514	35519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016836	GAC	3	9	35601	35609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016836	CGT	2	6	36424	36429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_016836	CTT	2	6	36440	36445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016836	GCG	2	6	36470	36475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016836	GCG	2	6	36542	36547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016836	TCG	2	6	36629	36634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016836	GTT	2	6	36659	36664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016836	TCT	2	6	36693	36698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016836	CCG	2	6	36716	36721	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_016836	TGT	2	6	36808	36813	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016836	CGA	2	6	36859	36864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_016836	TCC	2	6	36973	36978	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_016836	AGG	2	6	36987	36992	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016836	CAG	2	6	37033	37038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_016836	GGC	2	6	37081	37086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016836	TAC	2	6	37096	37101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016836	ACA	2	6	37146	37151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_016836	GCC	2	6	37201	37206	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_016836	CAG	2	6	37247	37252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_016836	CGA	2	6	37344	37349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_016836	CTT	2	6	37375	37380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016836	AGG	2	6	37386	37391	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016836	ATC	2	6	37460	37465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016836	GTC	2	6	37517	37522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016836	ACG	2	6	38995	39000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_016836	CGA	2	6	40692	40697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016836	GGC	2	6	40836	40841	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016836	CTG	2	6	40860	40865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_016836	CAT	2	6	40901	40906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016836	CTT	2	6	40928	40933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016836	GGA	2	6	40988	40993	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016836	ACC	2	6	43980	43985	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_016836	TTC	2	6	44311	44316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016836	TCC	2	6	44350	44355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_016836	TCT	2	6	45667	45672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_016836	CGC	2	6	45686	45691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_016836	GCA	2	6	55461	55466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_016836	TTA	2	6	55529	55534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016836	GAG	2	6	55549	55554	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016836	TGT	2	6	59105	59110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016836	GGT	2	6	59261	59266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016836	CAT	2	6	59298	59303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_016836	TTC	2	6	60410	60415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016836	GAA	3	9	60485	60493	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016836	GAA	2	6	61603	61608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016836	CGC	2	6	61697	61702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.