MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12

Total Repeats: 15464

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
15001	NC_016832	CTA	2	6	4654677	4654682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15002	NC_016832	GAT	2	6	4654779	4654784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15003	NC_016832	GATT	2	8	4654811	4654818	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15004	NC_016832	CTG	2	6	4654928	4654933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15005	NC_016832	CTG	2	6	4655117	4655122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15006	NC_016832	ATT	2	6	4655128	4655133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15007	NC_016832	GAA	2	6	4655184	4655189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15008	NC_016832	AAC	2	6	4655213	4655218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15009	NC_016832	TACT	2	8	4655287	4655294	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15010	NC_016832	CTGT	2	8	4655299	4655306	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15011	NC_016832	AT	3	6	4655307	4655312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15012	NC_016832	CGC	2	6	4655334	4655339	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15013	NC_016832	CCAG	2	8	4655399	4655406	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15014	NC_016832	AGCC	2	8	4655448	4655455	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15015	NC_016832	ATG	2	6	4655475	4655480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15016	NC_016832	CACC	2	8	4655482	4655489	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
15017	NC_016832	CAG	2	6	4655528	4655533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15018	NC_016832	ACTG	2	8	4655566	4655573	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15019	NC_016832	GACG	2	8	4655953	4655960	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15020	NC_016832	AGA	3	9	4655990	4655998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15021	NC_016832	TTC	2	6	4656016	4656021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15022	NC_016832	TCG	2	6	4656104	4656109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15023	NC_016832	TTGC	2	8	4656127	4656134	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15024	NC_016832	TGG	2	6	4656144	4656149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15025	NC_016832	TGC	2	6	4656154	4656159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15026	NC_016832	TC	3	6	4656245	4656250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15027	NC_016832	AATA	2	8	4656251	4656258	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15028	NC_016832	T	7	7	4656284	4656290	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15029	NC_016832	TAAA	2	8	4656303	4656310	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15030	NC_016832	T	6	6	4656325	4656330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15031	NC_016832	TTA	2	6	4656381	4656386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15032	NC_016832	G	8	8	4656389	4656396	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
15033	NC_016832	A	7	7	4656408	4656414	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15034	NC_016832	T	6	6	4656427	4656432	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15035	NC_016832	TTG	2	6	4656593	4656598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15036	NC_016832	ACA	2	6	4656646	4656651	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15037	NC_016832	TGC	2	6	4656696	4656701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15038	NC_016832	TGG	2	6	4656785	4656790	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15039	NC_016832	CGTT	2	8	4656805	4656812	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15040	NC_016832	CAG	2	6	4656970	4656975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15041	NC_016832	CAG	2	6	4657002	4657007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15042	NC_016832	TAATT	2	10	4657017	4657026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15043	NC_016832	TAT	2	6	4657071	4657076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15044	NC_016832	ATAG	2	8	4657097	4657104	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15045	NC_016832	TCTTTT	2	12	4657178	4657189	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15046	NC_016832	T	7	7	4657186	4657192	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15047	NC_016832	CTT	2	6	4657208	4657213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15048	NC_016832	A	7	7	4657222	4657228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15049	NC_016832	ATT	2	6	4657239	4657244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15050	NC_016832	TTAT	2	8	4657286	4657293	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15051	NC_016832	AGA	2	6	4657296	4657301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15052	NC_016832	CAA	2	6	4657310	4657315	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15053	NC_016832	ATGA	2	8	4657327	4657334	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15054	NC_016832	TA	3	6	4657367	4657372	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15055	NC_016832	ATG	2	6	4657373	4657378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15056	NC_016832	ATC	2	6	4657383	4657388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15057	NC_016832	ACC	2	6	4657410	4657415	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15058	NC_016832	CAA	2	6	4657463	4657468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15059	NC_016832	GAG	2	6	4657489	4657494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15060	NC_016832	TG	3	6	4657508	4657513	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15061	NC_016832	CAC	2	6	4657526	4657531	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15062	NC_016832	AAT	2	6	4657549	4657554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15063	NC_016832	ACA	2	6	4657559	4657564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15064	NC_016832	AATGTG	2	12	4657579	4657590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15065	NC_016832	ATTAA	2	10	4657606	4657615	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15066	NC_016832	T	6	6	4660455	4660460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15067	NC_016832	AAAT	2	8	4660502	4660509	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15068	NC_016832	T	6	6	4660517	4660522	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15069	NC_016832	TAA	2	6	4660539	4660544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15070	NC_016832	AAT	2	6	4660545	4660550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15071	NC_016832	AG	3	6	4660573	4660578	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15072	NC_016832	A	7	7	4660581	4660587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15073	NC_016832	A	6	6	4660609	4660614	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15074	NC_016832	AT	3	6	4660634	4660639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15075	NC_016832	AT	3	6	4660812	4660817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15076	NC_016832	TAA	2	6	4660836	4660841	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15077	NC_016832	TAT	2	6	4661732	4661737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15078	NC_016832	TTA	2	6	4661770	4661775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15079	NC_016832	GAT	2	6	4661792	4661797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15080	NC_016832	TG	3	6	4661829	4661834	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15081	NC_016832	GTT	2	6	4661835	4661840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15082	NC_016832	GTT	3	9	4661858	4661866	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15083	NC_016832	AATT	2	8	4661878	4661885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15084	NC_016832	TGA	2	6	4662100	4662105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15085	NC_016832	AT	3	6	4662141	4662146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15086	NC_016832	TAT	2	6	4662205	4662210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15087	NC_016832	ATTT	2	8	4662231	4662238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15089	NC_016832	ATT	2	6	4663096	4663101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15090	NC_016832	T	10	10	4663105	4663114	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15091	NC_016832	TGG	2	6	4663168	4663173	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15092	NC_016832	CCG	2	6	4663183	4663188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15093	NC_016832	CAC	3	9	4663883	4663891	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15094	NC_016832	T	6	6	4664861	4664866	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15095	NC_016832	ATT	2	6	4664873	4664878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15096	NC_016832	TGG	2	6	4664893	4664898	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15097	NC_016832	TGA	2	6	4664908	4664913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15098	NC_016832	TCTT	2	8	4664968	4664975	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15099	NC_016832	AG	3	6	4664985	4664990	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15100	NC_016832	CAC	2	6	4665893	4665898	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15101	NC_016832	TCA	2	6	4669715	4669720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15102	NC_016832	TTA	2	6	4675621	4675626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15103	NC_016832	A	6	6	4675645	4675650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15104	NC_016832	AAT	2	6	4675659	4675664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15106	NC_016832	TAAGT	2	10	4675718	4675727	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15107	NC_016832	TTA	2	6	4675728	4675733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15108	NC_016832	GAT	2	6	4675774	4675779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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15110	NC_016832	CCGG	2	8	4675825	4675832	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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15112	NC_016832	CCTG	2	8	4675867	4675874	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15113	NC_016832	CGC	2	6	4676095	4676100	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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15116	NC_016832	GC	3	6	4677141	4677146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15117	NC_016832	TGG	2	6	4677147	4677152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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15121	NC_016832	TAA	2	6	4677411	4677416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15122	NC_016832	TA	3	6	4677434	4677439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15123	NC_016832	T	6	6	4677455	4677460	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15126	NC_016832	TAT	2	6	4678303	4678308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15127	NC_016832	ATA	2	6	4678312	4678317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15128	NC_016832	TA	3	6	4678316	4678321	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15130	NC_016832	G	6	6	4678363	4678368	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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15261	NC_016832	TCCAA	2	10	4703553	4703562	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15262	NC_016832	CAC	3	9	4703588	4703596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15263	NC_016832	GCC	2	6	4703606	4703611	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15264	NC_016832	ATA	2	6	4703628	4703633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15265	NC_016832	TGC	2	6	4703634	4703639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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15267	NC_016832	TGTT	2	8	4703652	4703659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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15269	NC_016832	TGG	2	6	4703722	4703727	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15270	NC_016832	GCC	2	6	4703792	4703797	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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15275	NC_016832	TCAA	2	8	4703967	4703974	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15276	NC_016832	A	6	6	4703973	4703978	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15289	NC_016832	CGC	2	6	4704640	4704645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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15292	NC_016832	TTA	2	6	4708217	4708222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15293	NC_016832	TG	4	8	4708270	4708277	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15294	NC_016832	AG	3	6	4708292	4708297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15295	NC_016832	CTT	2	6	4708304	4708309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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15297	NC_016832	ATCTA	2	10	4708350	4708359	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15298	NC_016832	GGAT	2	8	4708372	4708379	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15299	NC_016832	CAA	2	6	4709482	4709487	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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15301	NC_016832	TA	3	6	4709527	4709532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15302	NC_016832	AGA	2	6	4710128	4710133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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15305	NC_016832	TC	3	6	4711159	4711164	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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15311	NC_016832	AGTG	2	8	4713748	4713755	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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15320	NC_016832	TAA	2	6	4718269	4718274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15330	NC_016832	ATG	2	6	4721975	4721980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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15332	NC_016832	CAAT	2	8	4722097	4722104	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15333	NC_016832	TAAT	2	8	4722132	4722139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15334	NC_016832	TTA	2	6	4722183	4722188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15338	NC_016832	ATA	2	6	4724186	4724191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15380	NC_016832	GCC	2	6	4742503	4742508	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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15384	NC_016832	TGT	2	6	4746785	4746790	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15385	NC_016832	TGT	2	6	4746851	4746856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15386	NC_016832	AAGCG	2	10	4746866	4746875	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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15388	NC_016832	AAGCGC	2	12	4748238	4748249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15389	NC_016832	CAGC	2	8	4750015	4750022	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15390	NC_016832	A	6	6	4750045	4750050	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15391	NC_016832	ATG	2	6	4750108	4750113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15392	NC_016832	GTTAT	2	10	4752091	4752100	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15393	NC_016832	CGG	2	6	4752127	4752132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15394	NC_016832	CGC	2	6	4752510	4752515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15395	NC_016832	ACA	2	6	4752549	4752554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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15397	NC_016832	CAA	2	6	4754482	4754487	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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15400	NC_016832	T	8	8	4754547	4754554	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15401	NC_016832	T	7	7	4754567	4754573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15402	NC_016832	ATT	2	6	4754591	4754596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15403	NC_016832	ATTTT	2	10	4754618	4754627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15412	NC_016832	GCCA	2	8	4762590	4762597	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15413	NC_016832	GTT	2	6	4762676	4762681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15414	NC_016832	TTA	2	6	4762711	4762716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15415	NC_016832	CTG	2	6	4762718	4762723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15416	NC_016832	T	6	6	4762725	4762730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15417	NC_016832	T	6	6	4762747	4762752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15418	NC_016832	TTA	2	6	4762768	4762773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15419	NC_016832	CTGC	2	8	4762802	4762809	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15420	NC_016832	C	6	6	4762809	4762814	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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15423	NC_016832	CCTG	2	8	4763745	4763752	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15424	NC_016832	TTG	2	6	4764326	4764331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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15426	NC_016832	AAATA	2	10	4764370	4764379	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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15432	NC_016832	T	6	6	4764575	4764580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.