MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum/pullorum str. RKS5078 chromosome

Total Repeats: 241

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016831	GACCAT	2	12	20056	20067	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016831	CGTCAT	2	12	20406	20417	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016831	TCTTAA	2	12	23205	23216	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016831	GCTGGA	2	12	70292	70303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016831	TGTGGT	2	12	74772	74783	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016831	AAAGAA	2	12	75086	75097	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016831	CTCCAG	2	12	113401	113412	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_016831	CGGGTG	2	12	116311	116322	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016831	AATGCT	2	12	120937	120948	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016831	AAGAGG	2	12	128126	128137	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016831	GCCGTT	2	12	132321	132332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016831	GGATAA	2	12	134086	134097	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016831	GAAAGC	2	12	136809	136820	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_016831	CTGAAC	2	12	137118	137129	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016831	TATTGA	2	12	209373	209384	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016831	TTTTGT	2	12	296539	296550	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016831	CTGTAG	2	12	385963	385974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016831	GCAGCC	2	12	403192	403203	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016831	TCACCG	2	12	403357	403368	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016831	GGTGAA	2	12	404954	404965	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016831	ACGCTG	2	12	406009	406020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_016831	CTGACG	2	12	406627	406638	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016831	CGGATA	2	12	408767	408778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016831	CGCAGC	2	12	409444	409455	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016831	GTTGAG	2	12	421588	421599	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016831	GTGAAT	2	12	449498	449509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016831	ATGAAA	2	12	519761	519772	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016831	GCGCTG	2	12	521038	521049	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016831	ACTTAC	2	12	529081	529092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016831	CTGGCG	2	12	531452	531463	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016831	TTCCAG	2	12	531464	531475	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016831	TTTTCT	2	12	573502	573513	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016831	TACCCG	2	12	576519	576530	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_016831	TTTGGC	2	12	576574	576585	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016831	TTTGAT	2	12	585446	585457	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016831	CAAAAA	2	12	594988	594999	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016831	AACATA	2	12	598036	598047	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016831	TTAATG	2	12	610261	610272	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016831	ATTGGC	2	12	652777	652788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016831	TGAAGG	2	12	682679	682690	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016831	TGATGC	2	12	701175	701186	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016831	TGCGCC	2	12	701544	701555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016831	TGGATA	2	12	754382	754393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016831	GATAAA	2	12	776529	776540	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016831	CATAAA	2	12	806349	806360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016831	AGCGCC	2	12	812053	812064	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_016831	TTGTTA	2	12	813659	813670	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016831	CCAGCG	2	12	816574	816585	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_016831	AATAAC	2	12	850488	850499	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016831	TTTGAA	2	12	897811	897822	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016831	CGAATC	2	12	906057	906068	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016831	TTTTAT	2	12	923349	923360	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016831	GGTTGT	2	12	924843	924854	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016831	GGCATA	2	12	961795	961806	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_016831	GCATAG	2	12	965236	965247	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016831	ATAAAA	2	12	968161	968172	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016831	AGGTTG	2	12	973324	973335	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016831	AAATTG	2	12	978733	978744	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016831	TATATG	2	12	979120	979131	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016831	TGCATA	2	12	989868	989879	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_016831	TAATTA	2	12	1005550	1005561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016831	GTTGGC	2	12	1029400	1029411	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_016831	CCGGTC	2	12	1052564	1052575	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_016831	GGTTTA	2	12	1101792	1101803	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016831	AGAAAA	2	12	1136172	1136183	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016831	CGCTCG	2	12	1211849	1211860	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_016831	CATCGG	2	12	1223759	1223770	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016831	AGTCTT	2	12	1226752	1226763	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016831	GTTGGC	2	12	1290850	1290861	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016831	GCCATC	2	12	1326597	1326608	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_016831	AATGGT	2	12	1343331	1343342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016831	ATGGCG	2	12	1343410	1343421	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016831	CGGTAT	2	12	1343786	1343797	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016831	AGGCGA	2	12	1360306	1360317	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016831	CCACGC	2	12	1402534	1402545	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_016831	CATCAC	2	12	1404160	1404171	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016831	GATATT	2	12	1406020	1406031	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016831	CATTAA	2	12	1420587	1420598	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016831	TTCCCC	2	12	1423501	1423512	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_016831	ACCGAT	2	12	1426587	1426598	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016831	AGTATA	2	12	1444354	1444365	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016831	TTTATG	2	12	1474570	1474581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016831	TATTTA	2	12	1478701	1478712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016831	TTATTT	2	12	1482220	1482231	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016831	ACTGCC	2	12	1483895	1483906	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016831	ATCTTC	2	12	1535011	1535022	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016831	TATAGT	2	12	1544331	1544342	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016831	TCTGCG	2	12	1556936	1556947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016831	ATATCA	2	12	1595301	1595312	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016831	GAAGAT	2	12	1609356	1609367	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016831	ATGAAG	2	12	1614056	1614067	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016831	TTGGCT	2	12	1640106	1640117	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_016831	TGTTAA	2	12	1644829	1644840	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016831	TCAGCG	2	12	1670627	1670638	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016831	TCAACG	2	12	1680934	1680945	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016831	AAAATA	2	12	1716731	1716742	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016831	CAGGTA	2	12	1798109	1798120	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_016831	TAAAGC	2	12	1816213	1816224	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016831	CCGGAG	2	12	1824103	1824114	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016831	GCGCTG	2	12	1824941	1824952	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016831	GTTCAA	2	12	1875774	1875785	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016831	CCAGCG	2	12	1878657	1878668	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_016831	ATATCT	2	12	1882143	1882154	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_016831	GTCCTC	2	12	1885238	1885249	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_016831	CCGTTA	2	12	1886140	1886151	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016831	CACCAT	2	12	1890579	1890590	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_016831	GTTTCG	2	12	1913535	1913546	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016831	TACTCA	2	12	1960487	1960498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016831	TAAACG	2	12	1962905	1962916	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016831	CGGTGT	2	12	2045928	2045939	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016831	CGTCAT	2	12	2079115	2079126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016831	CCAGAC	2	12	2090572	2090583	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_016831	TAACAT	2	12	2090929	2090940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_016831	ACGATG	2	12	2100752	2100763	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016831	GCGGTT	2	12	2112122	2112133	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016831	TTTTCA	2	12	2146036	2146047	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016831	TATGGA	2	12	2157115	2157126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016831	CAGCGA	2	12	2177257	2177268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016831	ACTTCG	2	12	2177300	2177311	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016831	GTTAAT	2	12	2235988	2235999	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016831	TTTTTG	2	12	2236040	2236051	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016831	TATTTT	2	12	2236232	2236243	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016831	AAATGA	2	12	2259605	2259616	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016831	CGCCCC	2	12	2262764	2262775	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
125	NC_016831	TGGGGC	2	12	2265249	2265260	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016831	TGGGGC	2	12	2265267	2265278	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016831	AGCCAG	2	12	2282856	2282867	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_016831	TAAAAA	2	12	2282954	2282965	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016831	ACGTTA	2	12	2400819	2400830	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016831	CAGGAT	2	12	2434734	2434745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016831	CAGGAT	2	12	2460502	2460513	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_016831	GTTGCA	2	12	2460642	2460653	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016831	AGGCGA	2	12	2465541	2465552	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016831	CGCCTG	2	12	2484800	2484811	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016831	ATAGCA	2	12	2496931	2496942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_016831	TCGTTT	2	12	2532519	2532530	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016831	TATCAC	2	12	2547178	2547189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_016831	CCGTTA	2	12	2597766	2597777	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016831	AGTTGC	2	12	2598417	2598428	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_016831	CGCAAT	2	12	2598798	2598809	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_016831	CTCCAG	2	12	2618386	2618397	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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145	NC_016831	TTCATC	2	12	2673511	2673522	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_016831	ATCTAT	2	12	2686129	2686140	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_016831	TTAACG	2	12	2692128	2692139	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_016831	ATAGGC	2	12	2692288	2692299	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_016831	ATTTCA	2	12	2700751	2700762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_016831	ATTTTT	2	12	2704562	2704573	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016831	TACCAT	2	12	2757691	2757702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_016831	CGCTGA	2	12	2758927	2758938	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_016831	TACCGC	2	12	2758993	2759004	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
154	NC_016831	ACCGCC	2	12	2765177	2765188	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_016831	CACCGC	2	12	2765554	2765565	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_016831	CCAACG	2	12	2766419	2766430	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
157	NC_016831	CGATAC	2	12	2767350	2767361	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_016831	CTTAGG	2	12	2788819	2788830	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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165	NC_016831	CGCCAG	2	12	2932811	2932822	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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238	NC_016831	TGATAT	2	12	4548075	4548086	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
239	NC_016831	ATAAGC	2	12	4549860	4549871	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
240	NC_016831	AATGAT	2	12	4593783	4593794	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
241	NC_016831	AAGCGC	2	12	4617698	4617709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.