MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12 plasmid unnamed

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016825	CAT	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_016825	GCA	2	6	66	71	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016825	CGC	2	6	91	96	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_016825	ACC	2	6	161	166	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_016825	TGA	2	6	196	201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016825	CTG	2	6	260	265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_016825	GTT	2	6	648	653	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016825	ACC	2	6	749	754	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_016825	TCA	2	6	4120	4125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_016825	AGC	2	6	4141	4146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_016825	GTT	2	6	6657	6662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016825	AAG	2	6	7048	7053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016825	AAG	2	6	7132	7137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016825	GAA	2	6	7185	7190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016825	CTT	2	6	7326	7331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016825	ATT	2	6	8347	8352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016825	TAC	2	6	8407	8412	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016825	GAA	2	6	9462	9467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016825	TCC	2	6	10462	10467	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_016825	GAA	2	6	10474	10479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016825	ATA	2	6	10504	10509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016825	GTA	2	6	12454	12459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016825	CAA	2	6	14616	14621	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016825	CGT	2	6	14888	14893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016825	TAA	2	6	18195	18200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016825	GGT	2	6	20657	20662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016825	AAG	2	6	22003	22008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016825	TAC	2	6	22340	22345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016825	ATG	2	6	24252	24257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016825	CCT	2	6	24302	24307	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_016825	GTT	2	6	25052	25057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016825	AAT	2	6	25078	25083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016825	TAT	2	6	38564	38569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016825	AAT	2	6	38570	38575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016825	GTA	2	6	38628	38633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016825	ATA	2	6	38710	38715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016825	TTA	2	6	38730	38735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016825	ACC	2	6	38835	38840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_016825	CAA	2	6	38863	38868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_016825	TTC	2	6	38949	38954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_016825	TAA	2	6	39033	39038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016825	TTA	2	6	39074	39079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016825	CAC	2	6	40887	40892	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_016825	TGA	2	6	41181	41186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016825	GTA	2	6	41197	41202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016825	CAT	2	6	43976	43981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_016825	AAT	2	6	44061	44066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016825	ATG	2	6	44081	44086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016825	TAT	2	6	46468	46473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016825	ATT	2	6	46519	46524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016825	CAA	2	6	46574	46579	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016825	GAA	2	6	46672	46677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016825	TTC	2	6	46716	46721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016825	ACG	2	6	48729	48734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016825	CCA	2	6	48751	48756	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_016825	TGT	2	6	48858	48863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016825	ACT	2	6	49168	49173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016825	AAT	2	6	49437	49442	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016825	TTA	2	6	49643	49648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016825	GTT	2	6	49681	49686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016825	TAA	2	6	49705	49710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016825	CAT	2	6	49771	49776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016825	ATG	2	6	49864	49869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016825	ATA	2	6	49925	49930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016825	AAT	2	6	49971	49976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016825	TCA	2	6	49990	49995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016825	TGC	2	6	50018	50023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016825	ATG	2	6	50043	50048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016825	CCT	2	6	50093	50098	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_016825	GTG	2	6	50116	50121	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016825	CCG	2	6	50138	50143	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_016825	GCC	2	6	52091	52096	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_016825	AGA	2	6	54972	54977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016825	TAT	2	6	55052	55057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016825	AAC	2	6	55085	55090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_016825	ATT	2	6	60180	60185	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016825	ATA	2	6	64773	64778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016825	ACC	2	6	64808	64813	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_016825	AAG	2	6	64891	64896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016825	TTA	2	6	65945	65950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016825	AGA	2	6	66027	66032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016825	CTC	2	6	66125	66130	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_016825	CCA	2	6	67059	67064	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_016825	ATT	2	6	67099	67104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016825	ATA	2	6	67219	67224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016825	TTA	2	6	69752	69757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016825	TTA	2	6	69787	69792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016825	TCT	2	6	69816	69821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_016825	CGC	2	6	70694	70699	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_016825	TCT	2	6	71529	71534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016825	GTA	2	6	71829	71834	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016825	ATT	2	6	73046	73051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016825	AGA	2	6	73062	73067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016825	AAG	2	6	73075	73080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016825	CTA	2	6	73126	73131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016825	TCT	2	6	73166	73171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016825	GTT	2	6	73259	73264	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016825	TTA	2	6	75229	75234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016825	AAC	2	6	75253	75258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016825	ATG	2	6	75304	75309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016825	GAT	2	6	75345	75350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016825	ATC	2	6	75356	75361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016825	TCT	2	6	75417	75422	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016825	TTC	2	6	75440	75445	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016825	ACA	2	6	75499	75504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_016825	ATG	2	6	78426	78431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016825	TGC	2	6	79254	79259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_016825	ACG	2	6	79292	79297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016825	TGC	2	6	79323	79328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_016825	CAT	2	6	79395	79400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016825	ACC	2	6	79530	79535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_016825	AGT	2	6	79558	79563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016825	TAT	3	9	80931	80939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016825	ATC	2	6	80977	80982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_016825	GCC	2	6	81069	81074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_016825	TAC	2	6	81077	81082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016825	CAG	2	6	81155	81160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_016825	ACG	2	6	81368	81373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016825	CAG	2	6	81569	81574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016825	ACC	2	6	81691	81696	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_016825	GAA	2	6	81758	81763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016825	GCC	2	6	81784	81789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_016825	CAC	2	6	81898	81903	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_016825	TCT	2	6	82087	82092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016825	CGT	2	6	82102	82107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016825	GTT	2	6	82735	82740	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016825	GAA	2	6	82920	82925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016825	GAC	2	6	85763	85768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016825	CAG	2	6	85840	85845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_016825	GCC	2	6	87138	87143	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_016825	GCA	2	6	87176	87181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_016825	AAT	2	6	87672	87677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016825	TGA	2	6	88511	88516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016825	TAA	2	6	88546	88551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016825	ATA	2	6	88614	88619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016825	TAA	2	6	88636	88641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016825	TAA	2	6	89474	89479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016825	GAC	2	6	89483	89488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016825	CAC	2	6	89603	89608	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_016825	GCT	2	6	89998	90003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_016825	ATC	2	6	90169	90174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_016825	ATC	2	6	90178	90183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_016825	TTA	2	6	90219	90224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_016825	TAA	2	6	98780	98785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_016825	AGG	2	6	153283	153288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
277	NC_016825	TCA	2	6	156403	156408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_016825	GTA	2	6	156433	156438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
279	NC_016825	ATG	2	6	157033	157038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_016825	CAA	2	6	157069	157074	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_016825	TAA	2	6	157139	157144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_016825	TTA	2	6	157291	157296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_016825	TAA	2	6	158388	158393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_016825	GGT	2	6	158486	158491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
285	NC_016825	ATA	2	6	158560	158565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_016825	TTA	2	6	159087	159092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_016825	AAT	2	6	159115	159120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016825	GTT	2	6	159305	159310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016825	ACT	2	6	159388	159393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
290	NC_016825	GTA	2	6	159396	159401	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
291	NC_016825	TTA	2	6	159554	159559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_016825	CAC	2	6	159606	159611	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
293	NC_016825	ACA	2	6	160509	160514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_016825	TGT	2	6	160963	160968	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016825	GTG	2	6	161025	161030	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016825	CGC	2	6	161645	161650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
297	NC_016825	GTT	2	6	161751	161756	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
298	NC_016825	ATT	2	6	161885	161890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_016825	GTA	2	6	161924	161929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016825	GAC	2	6	161936	161941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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302	NC_016825	GAA	2	6	162037	162042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NC_016825	CCG	2	6	167685	167690	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
304	NC_016825	CTG	2	6	173840	173845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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306	NC_016825	ACA	2	6	173904	173909	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
307	NC_016825	TAA	2	6	174011	174016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_016825	ATT	2	6	174058	174063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_016825	CAA	2	6	174231	174236	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
310	NC_016825	TCA	2	6	174242	174247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
311	NC_016825	CCG	2	6	174409	174414	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
312	NC_016825	ACC	2	6	175489	175494	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
313	NC_016825	GGA	2	6	175724	175729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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316	NC_016825	ATG	2	6	178054	178059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
317	NC_016825	CAC	2	6	178987	178992	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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319	NC_016825	CAT	2	6	179060	179065	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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321	NC_016825	ACC	2	6	179330	179335	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
322	NC_016825	ACC	2	6	179385	179390	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
323	NC_016825	GGC	2	6	180315	180320	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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328	NC_016825	CAC	2	6	181399	181404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
329	NC_016825	AGG	2	6	181422	181427	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.