MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103a complete sequence

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016813	GC	3	6	53	58	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_016813	GCC	2	6	79	84	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_016813	GACC	2	8	114	121	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_016813	CAG	2	6	124	129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016813	GCA	2	6	148	153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_016813	CTGG	2	8	166	173	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_016813	GC	4	8	185	192	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_016813	G	6	6	204	209	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016813	TCGA	2	8	277	284	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016813	CTC	3	9	494	502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_016813	GAT	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016813	GC	3	6	531	536	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_016813	AG	3	6	573	578	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016813	CAA	2	6	600	605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016813	CCTA	2	8	678	685	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_016813	AGA	2	6	698	703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016813	GA	3	6	702	707	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016813	CGC	2	6	717	722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_016813	CCT	2	6	731	736	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_016813	GCG	2	6	747	752	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016813	GCCG	2	8	776	783	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_016813	C	6	6	787	792	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
23	NC_016813	GCT	2	6	892	897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_016813	GCT	2	6	910	915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016813	GCT	2	6	921	926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016813	TGC	2	6	960	965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016813	GTG	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016813	GGGC	2	8	2046	2053	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_016813	CGC	2	6	2077	2082	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_016813	GC	3	6	2104	2109	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_016813	CGG	2	6	2156	2161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016813	GCA	2	6	2239	2244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016813	CCG	2	6	2276	2281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_016813	CGTT	2	8	2298	2305	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_016813	ATC	2	6	2351	2356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016813	TG	3	6	9600	9605	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016813	GTC	2	6	9622	9627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_016813	CG	3	6	9644	9649	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_016813	GA	3	6	9759	9764	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016813	CGAA	2	8	9771	9778	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016813	TGC	2	6	9803	9808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016813	AGG	2	6	13364	13369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016813	GCTGC	2	10	13404	13413	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_016813	AGC	2	6	13484	13489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_016813	CGG	2	6	13571	13576	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016813	GTCGAG	2	12	13649	13660	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_016813	GATC	2	8	13830	13837	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_016813	TCGGC	2	10	13917	13926	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016813	GCA	2	6	13952	13957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_016813	GTC	2	6	14030	14035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_016813	G	6	6	14188	14193	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016813	CTT	2	6	14203	14208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016813	ATC	2	6	14225	14230	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_016813	AT	4	8	14260	14267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016813	A	7	7	14357	14363	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016813	CGGT	2	8	14891	14898	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016813	G	6	6	15301	15306	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016813	CGGTTC	2	12	17491	17502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_016813	ACA	2	6	17628	17633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_016813	TTCC	2	8	17720	17727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016813	T	6	6	18382	18387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016813	CAT	2	6	18485	18490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016813	TTC	2	6	18503	18508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016813	TCAAGG	2	12	18584	18595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016813	CCGGG	2	10	18690	18699	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_016813	GCT	2	6	18701	18706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016813	CCGCTT	2	12	21400	21411	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_016813	GA	3	6	21435	21440	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016813	GAT	2	6	21449	21454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016813	TGT	2	6	21505	21510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016813	ATG	2	6	22355	22360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016813	GA	3	6	22390	22395	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016813	GGC	2	6	23492	23497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016813	CG	3	6	23560	23565	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016813	CGC	2	6	23856	23861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_016813	GCCA	2	8	23906	23913	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.