MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016810	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016810	TGTGGT	2	12	74861	74872	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016810	AAAGAA	2	12	75356	75367	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016810	CGGGTG	2	12	116769	116780	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016810	AATGCT	2	12	121395	121406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016810	AAGAGG	2	12	128585	128596	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016810	GGATAA	2	12	134226	134237	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016810	CAATAT	2	12	229777	229788	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016810	TGAAAA	2	12	338751	338762	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016810	AGATGA	2	12	350355	350366	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016810	TTCTCA	2	12	358404	358415	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016810	CTCATT	2	12	377670	377681	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_016810	GTGATA	2	12	477249	477260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016810	AAATTT	2	12	497919	497930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016810	TGCTAT	2	12	527508	527519	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016810	GGGTGC	2	12	539486	539497	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_016810	CAGGCG	2	12	539639	539650	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016810	AGCGCC	2	12	545367	545378	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_016810	TGCAAT	2	12	590797	590808	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016810	TGCAAT	2	12	590812	590823	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_016810	TAACGT	2	12	623581	623592	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_016810	TGCAAA	2	12	643408	643419	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016810	CAAAAA	2	12	808519	808530	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016810	GCAGCC	2	12	811895	811906	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_016810	TGAAAA	2	12	899320	899331	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016810	ATTTTT	2	12	905942	905953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016810	TCCAGT	2	12	945153	945164	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016810	CATCGT	2	12	946790	946801	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_016810	GATGAC	2	12	968410	968421	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016810	AAAGAT	2	12	1047603	1047614	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016810	AAAATC	2	12	1062162	1062173	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016810	ACCCAA	2	12	1062337	1062348	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_016810	AAAGCA	2	12	1065235	1065246	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016810	CTTTTT	2	12	1069313	1069324	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_016810	TAAATG	2	12	1099801	1099812	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016810	ATCTCG	2	12	1100267	1100278	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_016810	AAAAAT	2	12	1119316	1119327	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016810	AAGAGA	2	12	1125359	1125370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016810	CGTTTA	2	12	1131340	1131351	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_016810	TGAGTA	2	12	1133762	1133773	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016810	TGTCAT	2	12	1175708	1175719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016810	TAATTA	2	12	1198660	1198671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016810	CGTGGG	2	12	1238807	1238818	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016810	AAAAAG	2	12	1253866	1253877	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016810	AAAAAC	2	12	1282503	1282514	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_016810	GGTTTA	2	12	1295641	1295652	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016810	GATTTT	2	12	1317027	1317038	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016810	AAGCGC	2	12	1318654	1318665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016810	CGCTCG	2	12	1403292	1403303	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_016810	AGTCTT	2	12	1418194	1418205	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016810	CCAGCG	2	12	1586180	1586191	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_016810	GATATT	2	12	1611518	1611529	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016810	CATTAA	2	12	1626084	1626095	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_016810	TTCCCC	2	12	1628998	1629009	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_016810	AGTATA	2	12	1650126	1650137	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016810	TTTATG	2	12	1675991	1676002	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016810	TATTTA	2	12	1680121	1680132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016810	TTATTT	2	12	1683639	1683650	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016810	ACTGCC	2	12	1685314	1685325	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_016810	TTTTAT	2	12	1709318	1709329	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016810	TTGCTG	2	12	1742205	1742216	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016810	TATAGT	2	12	1756724	1756735	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016810	TCTGCG	2	12	1769329	1769340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016810	TTGGCT	2	12	1851890	1851901	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016810	TGTTAA	2	12	1856613	1856624	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016810	GGAAAT	2	12	1949075	1949086	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016810	CTTTCA	2	12	1950027	1950038	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016810	CAGGTA	2	12	1962074	1962085	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_016810	TAAAGC	2	12	1980375	1980386	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016810	CTCCAG	2	12	2050919	2050930	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_016810	TCGTGA	2	12	2067418	2067429	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016810	ACAACC	2	12	2112937	2112948	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_016810	GATTCG	2	12	2131721	2131732	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016810	AATCAG	2	12	2141762	2141773	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016810	CATATA	2	12	2141944	2141955	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_016810	GTTATT	2	12	2186159	2186170	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016810	ATAACA	2	12	2222987	2222998	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016810	ACATAA	2	12	2223205	2223216	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016810	TGTTTA	2	12	2231191	2231202	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016810	TTTATC	2	12	2261199	2261210	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016810	TCCAGT	2	12	2329183	2329194	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_016810	ATTTTC	2	12	2329546	2329557	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016810	CCTTCA	2	12	2364984	2364995	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016810	CATTAA	2	12	2437422	2437433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_016810	AGAAAA	2	12	2474147	2474158	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016810	ATTTTT	2	12	2502436	2502447	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016810	GTAAGT	2	12	2513550	2513561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016810	TTTTCA	2	12	2522859	2522870	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016810	CAAGTG	2	12	2539864	2539875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016810	TATCCG	2	12	2632520	2632531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016810	CAGCGT	2	12	2634656	2634667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_016810	TTCACC	2	12	2636331	2636342	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_016810	CGGTGA	2	12	2637928	2637939	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016810	GCTACA	2	12	2656124	2656135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_016810	TGTTTT	2	12	2671654	2671665	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016810	GCAAGG	8	48	2728584	2728631	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_016810	TTTGTT	2	12	2780535	2780546	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016810	TATTTT	2	12	2780730	2780741	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016810	ACAAAA	2	12	2796807	2796818	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_016810	AAAATA	2	12	2862852	2862863	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016810	CAAAAT	2	12	2878870	2878881	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016810	TAAAAA	2	12	2900350	2900361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016810	CGACAT	2	12	2901513	2901524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_016810	CGCAGG	2	12	2901772	2901783	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_016810	AAAGGC	2	12	2908405	2908416	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016810	ATTAAA	2	12	2910867	2910878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016810	TAAGGG	2	12	2921932	2921943	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016810	CACTGA	2	12	2928064	2928075	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016810	CAAGAG	2	12	2935086	2935097	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016810	CTTAGG	2	12	2949105	2949116	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_016810	ATCTTA	2	12	2952026	2952037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016810	CAATAA	2	12	2965562	2965573	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016810	ATTAAA	2	12	3068674	3068685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016810	CCATCG	2	12	3070854	3070865	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_016810	GATTAT	2	12	3116276	3116287	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016810	CCTGTT	2	12	3117195	3117206	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016810	GGCGTC	2	12	3136324	3136335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_016810	GCGATC	2	12	3162386	3162397	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016810	CCACCG	2	12	3206625	3206636	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_016810	TTTTAT	2	12	3208059	3208070	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016810	GGTAAA	2	12	3217168	3217179	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016810	TTCAGT	2	12	3273744	3273755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016810	AGTTGT	2	12	3395010	3395021	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016810	AATGAT	2	12	3400678	3400689	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016810	TAACCA	2	12	3439315	3439326	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016810	ATTCAA	2	12	3441062	3441073	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016810	TTATTT	2	12	3443261	3443272	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016810	TTTTCA	2	12	3460532	3460543	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016810	AACCCT	2	12	3472171	3472182	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_016810	TAAGCG	2	12	3491607	3491618	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_016810	TGTTAT	2	12	3536089	3536100	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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134	NC_016810	AATATT	2	12	3737583	3737594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016810	CTTAAT	2	12	3800246	3800257	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_016810	ATTATA	2	12	3901611	3901622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_016810	TAAATA	2	12	3980792	3980803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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146	NC_016810	TTTTAA	2	12	4283973	4283984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_016810	TTTTGT	2	12	4377860	4377871	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_016810	TGAACT	2	12	4534840	4534851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.