MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphaerochaeta pleomorpha str. Grapes chromosome

Total Repeats: 370

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016633	TTGAC	2	10	4453	4462	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016633	AGCAA	2	10	13468	13477	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016633	AGTGA	2	10	27896	27905	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016633	CATCA	2	10	34037	34046	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_016633	GTATA	2	10	40327	40336	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016633	TACCT	2	10	46754	46763	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_016633	ACAAG	2	10	54515	54524	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016633	GCATT	2	10	57842	57851	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016633	ATTTT	2	10	60805	60814	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016633	TGATT	2	10	94621	94630	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016633	CCTTT	2	10	109230	109239	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016633	CTCTT	2	10	126201	126210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016633	AAAGG	2	10	140550	140559	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016633	GGTAT	2	10	151186	151195	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016633	CTGGT	2	10	157341	157350	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016633	GGCTT	2	10	170606	170615	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016633	CTTTT	2	10	175827	175836	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016633	GACAG	2	10	191839	191848	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016633	AAACA	2	10	199813	199822	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016633	ATATA	2	10	199880	199889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016633	GCTTT	2	10	209148	209157	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016633	AAGAT	2	10	234849	234858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016633	AGGGT	2	10	236417	236426	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016633	TTTAT	2	10	259696	259705	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016633	TTTTC	2	10	260985	260994	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016633	AGCAA	2	10	268766	268775	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016633	GGAAA	2	10	270103	270112	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016633	TTACA	2	10	270464	270473	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016633	AGATA	2	10	278942	278951	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016633	TGGAT	2	10	282901	282910	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016633	GAAAA	2	10	287250	287259	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016633	TGTAT	2	10	293313	293322	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016633	AGTGT	2	10	298873	298882	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016633	AATGG	2	10	299042	299051	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016633	ATGGT	2	10	299361	299370	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016633	CTGTT	2	10	302106	302115	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016633	TATAT	2	10	304557	304566	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016633	TTGTA	2	10	314248	314257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016633	GGGAG	2	10	340748	340757	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016633	GATAT	2	10	347769	347778	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016633	GTACA	2	10	356664	356673	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016633	AACAA	2	10	371987	371996	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016633	GTTTT	2	10	387652	387661	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016633	TTTTA	2	10	415237	415246	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016633	TTTGG	2	10	421701	421710	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016633	TTTAT	2	10	425118	425127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016633	TTTTC	2	10	425546	425555	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_016633	CCAAA	2	10	435030	435039	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016633	TTGAT	2	10	453053	453062	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016633	TTTTA	2	10	463804	463813	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016633	GGGTA	2	10	471715	471724	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016633	GTACA	2	10	492807	492816	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016633	TTGGA	2	10	538343	538352	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016633	TATTC	2	10	538380	538389	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016633	AATCT	2	10	550043	550052	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016633	AGGAA	2	10	552753	552762	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016633	CAGCC	2	10	552764	552773	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_016633	CTGTA	2	10	556726	556735	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016633	CTTTT	2	10	557068	557077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016633	ACCCA	2	10	557452	557461	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_016633	CTTCC	2	10	585008	585017	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_016633	CCAAA	2	10	592358	592367	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_016633	GAAAA	2	10	618196	618205	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016633	GAAGA	2	10	626851	626860	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016633	CAAAG	2	10	626890	626899	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_016633	CAATA	2	10	633211	633220	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016633	CGGGT	2	10	663687	663696	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016633	AAGGG	2	10	663709	663718	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016633	CCGTC	2	10	664627	664636	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_016633	CTCCC	2	10	665370	665379	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_016633	TTTTC	2	10	668035	668044	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016633	CTTGC	2	10	672490	672499	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_016633	AAATC	2	10	679447	679456	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016633	TTCCC	2	10	688390	688399	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_016633	CATTA	2	10	717540	717549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016633	AGAAA	2	10	717624	717633	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016633	TATAT	2	10	736168	736177	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016633	TACAG	2	10	737376	737385	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_016633	AGCAT	2	10	753980	753989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016633	CAAAG	2	10	764928	764937	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_016633	TATTT	2	10	766616	766625	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016633	CCCCA	2	10	766729	766738	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
83	NC_016633	AGTAA	2	10	766758	766767	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016633	ATTTC	2	10	777463	777472	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016633	CGGGT	2	10	789991	790000	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_016633	AAGGG	2	10	790013	790022	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016633	CCGTC	2	10	790931	790940	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_016633	CTCCC	2	10	791674	791683	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_016633	CCCTT	2	10	798949	798958	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_016633	CTATG	2	10	814533	814542	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016633	GTATG	2	10	836903	836912	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016633	TACAA	2	10	839342	839351	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016633	TTAGT	2	10	856131	856140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016633	TTCTC	2	10	856572	856581	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016633	TTCTT	2	10	856683	856692	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016633	ATTGT	2	10	864754	864763	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016633	TCTCC	2	10	865333	865342	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_016633	CCTAT	2	10	868468	868477	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_016633	TATTT	2	10	894573	894582	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016633	TTCTT	2	10	906418	906427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016633	AGGCA	2	10	912130	912139	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016633	GAAAA	2	10	940308	940317	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016633	CAAAG	2	10	940339	940348	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016633	TACCA	2	10	948087	948096	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_016633	GTTGT	2	10	956150	956159	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016633	CAAAA	2	10	972885	972894	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016633	CAATG	2	10	981736	981745	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016633	TTTCT	2	10	988648	988657	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_016633	AGAAA	2	10	1006012	1006021	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016633	GTTTG	2	10	1013578	1013587	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016633	CAAAC	2	10	1027265	1027274	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_016633	TAGCA	2	10	1042645	1042654	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016633	CAGAA	2	10	1042759	1042768	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016633	CCCTT	2	10	1047834	1047843	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_016633	TATTT	2	10	1063323	1063332	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016633	CAATG	2	10	1064909	1064918	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016633	TCCAC	2	10	1074449	1074458	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_016633	ATTTG	2	10	1083611	1083620	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016633	ATCCT	2	10	1090214	1090223	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_016633	TCGAA	2	10	1090345	1090354	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016633	AAAGA	2	10	1093340	1093349	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016633	TATTT	2	10	1126559	1126568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016633	GGGAA	2	10	1160037	1160046	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016633	CCTTT	2	10	1172791	1172800	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_016633	TATGA	2	10	1180714	1180723	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016633	TTCCT	2	10	1184456	1184465	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_016633	TTCTT	2	10	1187039	1187048	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016633	TCTAT	2	10	1227350	1227359	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016633	TAACC	2	10	1237676	1237685	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_016633	AAACA	2	10	1254563	1254572	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016633	GAAGT	2	10	1258585	1258594	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016633	TACAA	2	10	1272100	1272109	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016633	GTATT	2	10	1277831	1277840	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016633	TATAT	2	10	1340271	1340280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016633	GTACT	2	10	1358822	1358831	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016633	GAAAG	2	10	1360271	1360280	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016633	CCTTA	2	10	1368868	1368877	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_016633	CAGAA	2	10	1372783	1372792	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_016633	CAAAA	2	10	1379169	1379178	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016633	GTACG	2	10	1407191	1407200	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_016633	TCTAT	2	10	1435454	1435463	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016633	AGGTA	2	10	1443407	1443416	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016633	TATAT	2	10	1478719	1478728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016633	AATGA	2	10	1484919	1484928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016633	ACCAA	2	10	1485675	1485684	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_016633	TATAG	2	10	1487606	1487615	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_016633	GTCCC	2	10	1685893	1685902	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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192	NC_016633	AGCCC	2	10	1909842	1909851	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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281	NC_016633	GGGCC	2	10	2662502	2662511	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
282	NC_016633	TGTAT	2	10	2662832	2662841	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_016633	ATCTT	2	10	2663294	2663303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_016633	TGGAT	2	10	2667924	2667933	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
285	NC_016633	GCCAA	2	10	2676437	2676446	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_016633	CAACA	2	10	2681531	2681540	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
287	NC_016633	CAAAG	2	10	2683528	2683537	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_016633	ATTAG	2	10	2683644	2683653	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016633	TGCAT	2	10	2684153	2684162	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_016633	ATTGA	2	10	2686663	2686672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
291	NC_016633	CTTTT	2	10	2687789	2687798	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_016633	AGATT	2	10	2692144	2692153	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_016633	TGATG	2	10	2701106	2701115	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016633	CTTTT	2	10	2703629	2703638	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
296	NC_016633	ATGCA	2	10	2704555	2704564	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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299	NC_016633	GGCAA	2	10	2708861	2708870	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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321	NC_016633	CAGAA	2	10	3026105	3026114	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
322	NC_016633	GCTGT	2	10	3027618	3027627	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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330	NC_016633	TGGTA	2	10	3059870	3059879	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_016633	CCTGG	2	10	3118066	3118075	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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348	NC_016633	TGAAT	2	10	3294152	3294161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
349	NC_016633	TTACA	2	10	3297183	3297192	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
350	NC_016633	ATTTT	2	10	3300470	3300479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_016633	GGAAA	2	10	3315220	3315229	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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355	NC_016633	TACAG	2	10	3380232	3380241	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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357	NC_016633	ATGGA	2	10	3399767	3399776	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
358	NC_016633	GCGTA	2	10	3404886	3404895	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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367	NC_016633	GATTT	2	10	3529879	3529888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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369	NC_016633	GGATA	2	10	3574028	3574037	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
370	NC_016633	CTATA	2	10	3582407	3582416	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.