MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptomyces violaceusniger Tu 4113 plasmid pSTRVI01

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015951	TGGCC	2	10	2232	2241	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015951	TCGCC	2	10	12015	12024	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_015951	CCGCG	2	10	16872	16881	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
4	NC_015951	CGGAG	2	10	27658	27667	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015951	CTCCC	2	10	29045	29054	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
6	NC_015951	CTTGG	2	10	29631	29640	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015951	ACTGG	2	10	33466	33475	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015951	CGGGC	2	10	34419	34428	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015951	CGCTC	2	10	35736	35745	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_015951	CGAGC	2	10	36955	36964	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015951	GCCGG	2	10	37003	37012	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015951	CGGGC	2	10	37508	37517	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015951	GGTGG	2	10	37925	37934	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015951	GGCCG	2	10	38515	38524	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015951	CGAGG	2	10	40104	40113	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015951	GGTTG	2	10	46836	46845	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015951	CCAGC	2	10	61418	61427	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_015951	GCTGT	2	10	78647	78656	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015951	TCCCC	2	10	78849	78858	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_015951	TCGCC	2	10	79608	79617	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_015951	GATCC	2	10	80111	80120	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015951	CGACG	2	10	80697	80706	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015951	CCGGA	2	10	81625	81634	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015951	GTCAG	2	10	82572	82581	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015951	TGGGC	2	10	83550	83559	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015951	GCCAG	2	10	87724	87733	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015951	GCCCG	2	10	93005	93014	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_015951	GCCCG	2	10	100045	100054	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_015951	CAGAC	2	10	100158	100167	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015951	AGGGC	2	10	103594	103603	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015951	CTCGG	2	10	104377	104386	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015951	GGCCG	2	10	106808	106817	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015951	CCCGG	2	10	117761	117770	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_015951	CCCCA	2	10	129240	129249	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
35	NC_015951	TCCTC	2	10	134113	134122	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_015951	GCGCG	2	10	134517	134526	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015951	CCGCC	2	10	134885	134894	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
38	NC_015951	ACCAC	2	10	138455	138464	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_015951	AGGCG	2	10	141574	141583	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015951	CCGTC	2	10	152521	152530	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_015951	GTCGA	2	10	158389	158398	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015951	CGCAG	2	10	159733	159742	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015951	GCCCC	2	10	164468	164477	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
44	NC_015951	CCAGC	2	10	165413	165422	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_015951	ACCGG	2	10	165451	165460	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015951	CCGCC	2	10	165932	165941	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
47	NC_015951	GGGCC	2	10	166082	166091	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015951	CCGCC	2	10	181639	181648	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
49	NC_015951	CGGTG	2	10	188326	188335	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015951	GCCGA	2	10	190563	190572	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015951	GCCGG	2	10	191064	191073	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015951	GCATG	2	10	196373	196382	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015951	GCGCC	2	10	197996	198005	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_015951	GCCTG	2	10	198008	198017	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015951	CCTGA	2	10	207028	207037	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015951	GCCCT	2	10	208183	208192	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015951	CTTCT	2	10	218532	218541	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_015951	GATCG	2	10	229663	229672	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015951	GCGCC	2	10	230009	230018	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_015951	ACAGG	2	10	230863	230872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015951	GTGCG	2	10	234425	234434	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015951	GCCCC	2	10	249868	249877	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
63	NC_015951	AAGAC	2	10	253239	253248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015951	TGGCC	2	10	258090	258099	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015951	GCACA	2	10	260003	260012	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015951	GCACG	2	10	266262	266271	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015951	CCGAT	2	10	267440	267449	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015951	CAGGA	2	10	268482	268491	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015951	GCCGG	2	10	269750	269759	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015951	GCATC	2	10	270377	270386	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_015951	GGTCT	2	10	271066	271075	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015951	CATGG	2	10	271320	271329	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015951	TGAGC	2	10	271350	271359	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015951	CCCCA	2	10	274816	274825	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
75	NC_015951	TCCGC	2	10	277539	277548	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.