MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 chromosome

Total Repeats: 261

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014623	CCGTTT	2	12	2434	2445	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014623	CTCCCA	2	12	4121	4132	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_014623	GCTGCG	2	12	7155	7166	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_014623	TGCGCA	3	18	20100	20117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014623	CTCGGC	2	12	136939	136950	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_014623	CAGCTC	2	12	139762	139773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_014623	CCGTGT	2	12	207535	207546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014623	CCTCGC	2	12	212736	212747	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_014623	CGCGGA	2	12	217566	217577	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014623	ACACGG	2	12	247419	247430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014623	CTGGCG	2	12	273896	273907	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014623	CGGGCG	2	12	315454	315465	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014623	TCCCTC	2	12	316267	316278	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_014623	GCGAGG	2	12	539304	539315	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014623	CAGCAC	2	12	539333	539344	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_014623	AGCCGA	2	12	579258	579269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014623	ACCGCC	2	12	582802	582813	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_014623	GAAGGG	2	12	591616	591627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014623	GCCGGG	2	12	613981	613992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014623	AGGACG	2	12	720069	720080	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014623	GGTGAC	2	12	723076	723087	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014623	TCTGGA	2	12	766259	766270	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014623	CCCGCG	2	12	791729	791740	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_014623	CGCAAG	2	12	864396	864407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014623	CTTCGA	2	12	865028	865039	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014623	CCCTCA	2	12	865304	865315	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_014623	AGGGGC	2	12	884046	884057	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014623	CCACTC	2	12	892416	892427	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_014623	CCAGTG	2	12	906104	906115	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014623	AGCGAG	2	12	955379	955390	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_014623	TTCTGC	2	12	992809	992820	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014623	CAGGGG	2	12	1010220	1010231	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014623	GGTGGG	2	12	1015561	1015572	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014623	AATCCC	2	12	1022782	1022793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_014623	CCGGCC	2	12	1034270	1034281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_014623	GAGTGC	2	12	1119500	1119511	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_014623	GCGACA	2	12	1147259	1147270	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014623	GGATGC	2	12	1147369	1147380	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014623	GCGTGA	2	12	1161047	1161058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_014623	GCCAGC	2	12	1174677	1174688	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_014623	GAACGG	2	12	1274641	1274652	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014623	GGGCCG	2	12	1399368	1399379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014623	GGAAAA	2	12	1638231	1638242	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014623	CGGGGA	2	12	1655182	1655193	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_014623	TGCTCG	2	12	1658299	1658310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_014623	GGTGCC	2	12	1671391	1671402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014623	CAGGCC	2	12	1736345	1736356	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_014623	CCGGCC	2	12	1773498	1773509	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_014623	CTTGGG	2	12	1793711	1793722	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014623	TTGCCT	2	12	1851524	1851535	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014623	CCGAAG	2	12	1969757	1969768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_014623	GCCCCG	2	12	1976395	1976406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_014623	CAGGGC	2	12	2017913	2017924	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014623	ACGCGG	2	12	2042738	2042749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014623	GCCGGG	2	12	2054027	2054038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_014623	CCTGGT	2	12	2118404	2118415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014623	GGCATC	2	12	2169686	2169697	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014623	CTGGCC	2	12	2175632	2175643	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_014623	TGTCTG	2	12	2184938	2184949	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014623	GCGGGG	2	12	2220215	2220226	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_014623	GACAGG	2	12	2222405	2222416	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014623	CGGCCC	2	12	2344167	2344178	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_014623	TAAAAT	2	12	2403324	2403335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014623	CGTGTC	2	12	2434940	2434951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014623	TGACGG	2	12	2457648	2457659	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_014623	GAGCTG	2	12	2467874	2467885	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_014623	GGGCGG	2	12	2468796	2468807	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_014623	GAGCTG	2	12	2469233	2469244	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_014623	GAGCTG	2	12	2469269	2469280	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014623	GCTGGT	2	12	2475139	2475150	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_014623	CCAGTG	2	12	2519785	2519796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_014623	CAGGGG	2	12	2564270	2564281	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_014623	AGCCTG	2	12	2697482	2697493	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_014623	CCCACC	2	12	2699350	2699361	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
75	NC_014623	CTTGGA	2	12	2718096	2718107	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014623	GGTGCC	2	12	2720810	2720821	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_014623	TGTAGG	2	12	2730097	2730108	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014623	GTGCTG	3	18	2780116	2780133	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014623	CGTCAC	2	12	2845071	2845082	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_014623	AGCCGC	2	12	2864310	2864321	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_014623	ATGTCC	2	12	2908801	2908812	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014623	TCGAAG	2	12	2924163	2924174	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014623	AGGCAC	2	12	2957753	2957764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014623	TTCCGG	2	12	2962256	2962267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014623	GGTGGA	2	12	2984306	2984317	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014623	AGAGCG	2	12	3002577	3002588	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014623	GTGGGC	2	12	3149600	3149611	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014623	AAGGCA	2	12	3174097	3174108	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014623	CGCAGC	2	12	3178819	3178830	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_014623	GCTGTT	2	12	3245891	3245902	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014623	AAAGAG	2	12	3285522	3285533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014623	TGCGCG	2	12	3326186	3326197	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_014623	AGCCTG	2	12	3425880	3425891	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_014623	CACGGC	2	12	3458296	3458307	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_014623	CCCCAC	2	12	3584151	3584162	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
96	NC_014623	GAGGAA	2	12	3617437	3617448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014623	CGGCTG	2	12	3617928	3617939	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014623	GAGGGG	2	12	3663712	3663723	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014623	GCCCGA	2	12	3669138	3669149	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_014623	GGGGCG	2	12	3738000	3738011	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014623	GCACGC	2	12	3738244	3738255	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014623	TCCAGC	2	12	3738588	3738599	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_014623	TCTCGC	2	12	3839735	3839746	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_014623	GATCGA	2	12	3953840	3953851	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_014623	AGGGGA	2	12	3995300	3995311	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014623	TTTTGC	2	12	4024388	4024399	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014623	GCCGGA	2	12	4062037	4062048	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_014623	CAGAGT	2	12	4122522	4122533	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_014623	CTGTGG	2	12	4145665	4145676	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_014623	GGCCGG	2	12	4164591	4164602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_014623	TTACCT	2	12	4190473	4190484	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014623	AGGGGC	2	12	4250746	4250757	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_014623	GATAAT	2	12	4326428	4326439	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014623	TACCGG	2	12	4408992	4409003	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014623	CGTAGC	2	12	4422447	4422458	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_014623	GGTCTC	2	12	4474497	4474508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_014623	CCACGA	2	12	4535464	4535475	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_014623	CGCGAG	2	12	4683489	4683500	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_014623	GAGCTG	2	12	4701715	4701726	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_014623	GAGCTG	2	12	4702810	4702821	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_014623	GGAGCT	2	12	4702944	4702955	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_014623	ACCGCG	2	12	4706492	4706503	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_014623	ATTTTT	2	12	4724704	4724715	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014623	GCGGCT	2	12	4890713	4890724	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_014623	CCCTCG	2	12	4893921	4893932	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_014623	ACACCC	2	12	4913564	4913575	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_014623	CTTCTC	2	12	4919248	4919259	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_014623	CTGGTG	2	12	4964170	4964181	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014623	GCCTCG	2	12	4966820	4966831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_014623	CACCCT	2	12	4973795	4973806	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_014623	GGCCAC	2	12	4976213	4976224	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014623	TGCGTG	2	12	5093008	5093019	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_014623	CACCCG	2	12	5169332	5169343	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_014623	TCGACG	2	12	5173163	5173174	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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137	NC_014623	CTTCTG	2	12	5295641	5295652	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_014623	TGTCGC	2	12	5362231	5362242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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140	NC_014623	ACCCAT	2	12	5451336	5451347	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
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145	NC_014623	TGGAAC	2	12	5720024	5720035	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_014623	GGTTCA	2	12	5734143	5734154	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_014623	CGGGCG	2	12	5984028	5984039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_014623	GTCATT	2	12	5995255	5995266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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150	NC_014623	GACACA	2	12	6100452	6100463	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_014623	TGGGGA	2	12	6117348	6117359	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014623	TTTGGT	2	12	6275264	6275275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_014623	TCGCGG	2	12	6442138	6442149	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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156	NC_014623	GGCGCA	2	12	6770139	6770150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_014623	CAGCGT	2	12	6825008	6825019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_014623	CGCAAG	2	12	6947021	6947032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_014623	GGGTGT	3	18	7140919	7140936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
163	NC_014623	GGCCCG	2	12	7153283	7153294	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
164	NC_014623	CGAGAA	2	12	7210358	7210369	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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168	NC_014623	TGGAGT	2	12	7348191	7348202	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_014623	GCCCCC	2	12	7401515	7401526	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
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231	NC_014623	GGCGCG	2	12	9388648	9388659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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233	NC_014623	GAGCTG	2	12	9417329	9417340	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
234	NC_014623	GCCGTT	2	12	9417393	9417404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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237	NC_014623	GGGGGA	2	12	9451265	9451276	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
238	NC_014623	GCCCGC	2	12	9539341	9539352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
239	NC_014623	CGGTGC	2	12	9564300	9564311	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
240	NC_014623	CCTCCC	2	12	9596399	9596410	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
241	NC_014623	CCGTGC	2	12	9692452	9692463	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
242	NC_014623	CCCACA	2	12	9711624	9711635	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
243	NC_014623	GTCCAT	2	12	9726676	9726687	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
244	NC_014623	GCCGTT	2	12	9784350	9784361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
245	NC_014623	CAAGGA	2	12	9884414	9884425	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_014623	CCCACT	2	12	9889095	9889106	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
247	NC_014623	TCCGGC	2	12	9903504	9903515	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
248	NC_014623	CCAGGG	2	12	9917490	9917501	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_014623	GAGCAG	2	12	9925410	9925421	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
250	NC_014623	CCGGGC	2	12	10025400	10025411	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
251	NC_014623	CTGGCC	2	12	10025546	10025557	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
252	NC_014623	CGGCCC	2	12	10062856	10062867	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
253	NC_014623	GGTCGA	2	12	10070573	10070584	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
254	NC_014623	GCGCCA	2	12	10103274	10103285	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
255	NC_014623	CTTCTG	2	12	10165236	10165247	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_014623	GCCGCT	2	12	10166539	10166550	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
257	NC_014623	CGCGCA	2	12	10183862	10183873	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
258	NC_014623	CCTCCC	2	12	10194117	10194128	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
259	NC_014623	CCGGGG	2	12	10225989	10226000	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_014623	GTGTCT	2	12	10228914	10228925	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
261	NC_014623	GCCACG	2	12	10239333	10239344	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.