MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii NGR234 chromosome

Total Repeats: 435

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012587	GTTCC	2	10	7719	7728	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012587	GTGCC	2	10	11097	11106	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012587	GAAGT	2	10	14777	14786	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012587	TGCCA	2	10	24120	24129	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012587	TAAAA	2	10	27500	27509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012587	TTGCA	2	10	32950	32959	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012587	CCGAC	2	10	33076	33085	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_012587	GGAGC	2	10	41629	41638	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012587	TCCGA	2	10	42171	42180	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012587	GGCCC	2	10	65176	65185	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_012587	GACGG	2	10	75242	75251	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012587	GGAAG	2	10	83043	83052	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012587	CCGGC	2	10	83631	83640	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_012587	GGGGA	2	10	89596	89605	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012587	GGGGA	2	10	103947	103956	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012587	CTGCC	2	10	124567	124576	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_012587	GGCAG	2	10	124738	124747	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012587	TCTGG	2	10	141201	141210	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012587	GGAGT	2	10	158132	158141	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012587	ATTGC	2	10	162191	162200	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012587	TCATG	2	10	162223	162232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012587	CGAGG	2	10	181616	181625	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012587	GCATT	2	10	183119	183128	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012587	TCGCA	2	10	189469	189478	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_012587	GGCTG	2	10	189670	189679	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012587	GCGTT	2	10	200333	200342	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012587	GGGTT	2	10	201291	201300	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012587	ATCGG	2	10	225192	225201	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012587	TCGCC	2	10	257314	257323	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_012587	TCAGT	2	10	260992	261001	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012587	CGCGA	2	10	271420	271429	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_012587	GTCGG	2	10	286307	286316	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012587	GTTCG	2	10	287374	287383	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012587	TTCGA	2	10	293109	293118	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012587	TCCGG	2	10	293359	293368	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012587	GCTTC	2	10	302067	302076	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_012587	ACATC	2	10	304026	304035	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012587	CGCGC	2	10	306280	306289	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_012587	ATCAG	2	10	308072	308081	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012587	TGCGA	2	10	309787	309796	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012587	GCTTC	2	10	326607	326616	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012587	TGGGC	2	10	338231	338240	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012587	GGATG	2	10	342571	342580	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012587	CGCAA	2	10	347130	347139	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_012587	GCAGC	2	10	347146	347155	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_012587	CCTTC	2	10	348687	348696	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_012587	GAGGG	2	10	348885	348894	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012587	TAATC	2	10	358998	359007	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012587	GCAAC	2	10	359027	359036	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012587	GCATG	2	10	363445	363454	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012587	GCGGT	2	10	363819	363828	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012587	GTACG	2	10	366608	366617	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012587	AGCGC	2	10	367887	367896	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_012587	ATCCT	2	10	391229	391238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012587	ATTGC	2	10	393256	393265	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012587	TCCCG	2	10	398738	398747	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_012587	GCGGA	2	10	403368	403377	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012587	CGCTC	2	10	403386	403395	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_012587	ATGGA	2	10	405979	405988	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012587	AAACA	2	10	415488	415497	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012587	CTGCC	2	10	418489	418498	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_012587	GAATG	2	10	426887	426896	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012587	GCCGC	2	10	428772	428781	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_012587	CAAGG	2	10	443494	443503	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012587	GTGCG	2	10	470880	470889	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012587	CTTCG	2	10	479052	479061	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_012587	TCGCT	2	10	507010	507019	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012587	GAACA	2	10	518240	518249	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012587	CAGGG	2	10	538799	538808	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012587	CCGCG	2	10	573959	573968	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_012587	GCCGC	2	10	607446	607455	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_012587	CTTGC	2	10	612346	612355	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_012587	CTGCC	2	10	614364	614373	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_012587	GGCAG	2	10	614537	614546	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012587	GTTGA	2	10	621853	621862	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012587	GACTG	2	10	660234	660243	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012587	CGCTG	2	10	661089	661098	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_012587	GCCGC	2	10	688473	688482	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_012587	TCTCT	2	10	706951	706960	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_012587	TGACG	2	10	711825	711834	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012587	CGGTT	2	10	730580	730589	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012587	TCCAA	2	10	734693	734702	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012587	CGAAA	2	10	745627	745636	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012587	TCCGC	2	10	745714	745723	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_012587	AGCGA	2	10	745790	745799	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012587	GCCGA	2	10	756614	756623	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012587	AAGGA	2	10	757672	757681	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012587	TCCCC	2	10	759497	759506	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
89	NC_012587	AATTT	2	10	775088	775097	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012587	CGAGA	2	10	785664	785673	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012587	CCGGC	2	10	788654	788663	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_012587	CCGGC	2	10	789111	789120	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_012587	TGCCG	2	10	805406	805415	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_012587	CTGAC	2	10	872113	872122	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_012587	GACAC	2	10	872230	872239	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_012587	CTCGT	2	10	874441	874450	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_012587	CATTA	2	10	878937	878946	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_012587	CCGTC	2	10	879252	879261	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_012587	TCGGG	2	10	882203	882212	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012587	TCCGT	2	10	882498	882507	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_012587	CAATG	2	10	887460	887469	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012587	ACGCG	2	10	888509	888518	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_012587	AACAG	2	10	900628	900637	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012587	TTGGC	2	10	907423	907432	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012587	CCGAT	2	10	908727	908736	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_012587	TTTTG	2	10	908821	908830	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012587	GAGAG	2	10	908877	908886	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012587	AGTGC	2	10	919568	919577	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012587	CTGGC	2	10	919768	919777	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_012587	CGCTC	2	10	927321	927330	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_012587	GAAAA	2	10	932829	932838	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012587	CGCCC	2	10	940908	940917	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
113	NC_012587	AAAAG	2	10	942739	942748	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012587	GGGCC	2	10	969062	969071	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_012587	CTGCC	2	10	991256	991265	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
116	NC_012587	ACTAG	2	10	992955	992964	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012587	GGCAG	2	10	993093	993102	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_012587	CGACC	2	10	1000823	1000832	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_012587	CTTTG	2	10	1027350	1027359	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012587	TGCGT	2	10	1035619	1035628	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_012587	CTGCC	2	10	1051433	1051442	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_012587	GGCAG	2	10	1051596	1051605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012587	ATCCG	2	10	1065789	1065798	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_012587	AAGAG	2	10	1083164	1083173	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012587	TGAAG	2	10	1093306	1093315	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012587	ATGCT	2	10	1094131	1094140	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012587	GGAAA	2	10	1096029	1096038	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012587	TTTCA	2	10	1099113	1099122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_012587	GCGCA	2	10	1127154	1127163	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_012587	AGAGG	2	10	1135054	1135063	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012587	CGGCA	2	10	1157810	1157819	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_012587	CCGTC	2	10	1161383	1161392	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
133	NC_012587	TTGCG	2	10	1165653	1165662	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012587	AATGG	2	10	1168854	1168863	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012587	CGAAA	2	10	1174552	1174561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012587	ACGCC	2	10	1186111	1186120	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_012587	AGCGG	2	10	1186460	1186469	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012587	CAAAA	2	10	1188289	1188298	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012587	CAGAG	2	10	1188626	1188635	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_012587	CCAAA	2	10	1188706	1188715	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_012587	TCGTT	2	10	1193212	1193221	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012587	ACCGG	2	10	1196746	1196755	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_012587	CGGCT	2	10	1197228	1197237	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_012587	AAACC	2	10	1204485	1204494	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_012587	ATCGC	2	10	1206024	1206033	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_012587	TCCAA	2	10	1210889	1210898	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_012587	CTTGG	2	10	1212027	1212036	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_012587	GCCGG	2	10	1225606	1225615	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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160	NC_012587	TTCGA	2	10	1316214	1316223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_012587	GGCAG	2	10	1318597	1318606	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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254	NC_012587	GGCGC	2	10	2190457	2190466	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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260	NC_012587	ACGCG	2	10	2253124	2253133	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
261	NC_012587	TTGAA	2	10	2269942	2269951	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
262	NC_012587	AGGAG	2	10	2277694	2277703	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
263	NC_012587	CGATA	2	10	2313096	2313105	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
264	NC_012587	CTCCG	2	10	2314341	2314350	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
265	NC_012587	GGTTG	2	10	2318072	2318081	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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267	NC_012587	GCCCA	2	10	2343625	2343634	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
268	NC_012587	CCTGC	2	10	2343757	2343766	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
269	NC_012587	GCCGA	2	10	2344981	2344990	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
270	NC_012587	AAGCC	2	10	2349998	2350007	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
271	NC_012587	GGCGC	2	10	2359846	2359855	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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273	NC_012587	CAAGC	2	10	2367673	2367682	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
274	NC_012587	TTCGA	2	10	2371783	2371792	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
275	NC_012587	CGGCG	2	10	2431976	2431985	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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277	NC_012587	AAATG	2	10	2436870	2436879	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
278	NC_012587	GACGG	2	10	2439970	2439979	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
279	NC_012587	CGAGG	2	10	2462222	2462231	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
280	NC_012587	AAAAC	2	10	2481782	2481791	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_012587	TGACG	2	10	2527114	2527123	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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403	NC_012587	TTCGG	2	10	3630481	3630490	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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417	NC_012587	CATGC	2	10	3799465	3799474	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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420	NC_012587	TCGCG	2	10	3808995	3809004	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
421	NC_012587	TTGCA	2	10	3815432	3815441	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
422	NC_012587	GAGCT	2	10	3835156	3835165	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
423	NC_012587	GGATT	2	10	3846859	3846868	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
424	NC_012587	GGGCA	2	10	3854698	3854707	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
425	NC_012587	GGGCC	2	10	3870003	3870012	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
426	NC_012587	CGTGC	2	10	3892463	3892472	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
427	NC_012587	CTGCC	2	10	3905473	3905482	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
428	NC_012587	GGCAG	2	10	3905647	3905656	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
429	NC_012587	CTCGC	2	10	3908269	3908278	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
430	NC_012587	TCCGC	2	10	3910218	3910227	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
431	NC_012587	GAAAT	2	10	3914664	3914673	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
432	NC_012587	CTCCA	2	10	3920118	3920127	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
433	NC_012587	ACTCC	2	10	3922493	3922502	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
434	NC_012587	AGCGC	2	10	3925662	3925671	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
435	NC_012587	ACGGG	2	10	3925675	3925684	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.