MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 chromosome

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012469	TTCGT	2	10	11518	11527	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012469	TTATT	2	10	12650	12659	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012469	CTTAG	2	10	14125	14134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012469	ATTTT	2	10	16118	16127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012469	AATTA	2	10	16171	16180	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012469	CTGAA	2	10	18492	18501	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012469	CTTTT	2	10	19412	19421	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012469	TGAAA	2	10	23451	23460	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012469	TCGTG	2	10	36702	36711	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012469	GTTAA	2	10	37423	37432	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012469	GGGAG	2	10	37941	37950	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012469	AGGGA	2	10	40152	40161	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012469	TTGAA	2	10	40356	40365	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012469	CTTTT	2	10	43910	43919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012469	AAAAG	2	10	49637	49646	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012469	AGAGG	2	10	62541	62550	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012469	TTATT	2	10	83006	83015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012469	ATTCA	2	10	88922	88931	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012469	TTATC	2	10	91444	91453	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012469	TATCA	2	10	94689	94698	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012469	GAAAG	2	10	96545	96554	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012469	GCGGT	2	10	97786	97795	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012469	ATAAA	2	10	105781	105790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012469	TAACC	2	10	105879	105888	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_012469	GGTAT	2	10	112163	112172	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012469	CTTAG	2	10	113128	113137	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012469	ATTAT	2	10	115139	115148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012469	CTATT	2	10	115155	115164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012469	TTATT	2	10	115267	115276	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012469	GGCTT	2	10	126055	126064	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012469	AAATG	2	10	127524	127533	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012469	AAACT	2	10	135529	135538	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012469	AAATT	2	10	136538	136547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012469	AGGAT	2	10	136569	136578	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012469	GCTTT	2	10	137882	137891	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012469	TATTG	2	10	137919	137928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012469	TAAAA	2	10	143744	143753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012469	ATTAA	2	10	147410	147419	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012469	ACATG	2	10	154318	154327	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012469	GAAAA	2	10	154910	154919	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012469	ATGTT	2	10	165625	165634	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012469	ACAAA	2	10	166139	166148	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012469	TTTTC	2	10	167551	167560	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012469	CTAAG	2	10	183880	183889	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012469	TGAAA	2	10	184082	184091	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012469	ATTTC	2	10	185608	185617	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012469	CCCTG	2	10	192858	192867	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_012469	ACAAA	2	10	208868	208877	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012469	ATGAT	2	10	220973	220982	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012469	AAGGA	2	10	233387	233396	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012469	GTTCA	2	10	235021	235030	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012469	ATCGA	2	10	239576	239585	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012469	AAGAT	2	10	245247	245256	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012469	ATTCT	2	10	248971	248980	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_012469	CTATC	2	10	250193	250202	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012469	CTTTT	2	10	263997	264006	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012469	CTTAA	2	10	266354	266363	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012469	AAGCC	2	10	279954	279963	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_012469	AATAG	2	10	281500	281509	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012469	TGATA	2	10	290632	290641	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012469	AGAAT	2	10	309289	309298	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012469	TTGAA	2	10	310260	310269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012469	GTTAA	2	10	313330	313339	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012469	TTTAA	2	10	314889	314898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012469	TTTAT	2	10	317977	317986	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012469	TAAAG	2	10	322951	322960	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012469	CTTTT	2	10	326633	326642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012469	AGAAC	2	10	330856	330865	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012469	AAATA	2	10	341618	341627	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012469	TAAGT	2	10	342603	342612	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012469	TGCTT	2	10	355223	355232	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012469	TATAC	2	10	360141	360150	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012469	ATAAA	2	10	387324	387333	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012469	TTCTG	2	10	407529	407538	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012469	GACTG	2	10	446541	446550	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012469	CTGAC	2	10	454227	454236	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012469	TCCAG	2	10	454252	454261	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_012469	ATATA	2	10	455201	455210	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012469	AAATA	2	10	457488	457497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012469	AGAAA	2	10	457509	457518	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012469	TTGTC	2	10	463122	463131	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012469	ATACT	3	15	463346	463360	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012469	CTGGT	2	10	469858	469867	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012469	GAAAG	2	10	472654	472663	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012469	TCTTT	2	10	472896	472905	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012469	TTTAT	2	10	477245	477254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012469	ATTTA	2	10	477358	477367	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012469	AAGAG	2	10	489098	489107	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012469	CAGGG	2	10	492426	492435	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012469	TGAAA	2	10	497758	497767	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012469	CTATT	2	10	499828	499837	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012469	AATAA	2	10	505081	505090	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012469	CTTTT	2	10	506349	506358	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012469	TAAAA	2	10	506362	506371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012469	TGTTT	2	10	509234	509243	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012469	CTTTC	2	10	513825	513834	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_012469	ATAAA	2	10	516205	516214	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012469	AGCGA	2	10	519341	519350	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012469	TTGCC	2	10	523080	523089	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_012469	ATTCA	2	10	523670	523679	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012469	TACTG	2	10	524443	524452	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012469	ATATA	2	10	524460	524469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012469	CTAAG	2	10	528525	528534	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012469	TTCTT	2	10	528732	528741	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012469	CTAAG	2	10	532886	532895	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012469	GATAA	2	10	533116	533125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012469	AAATG	2	10	538401	538410	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012469	TGGTT	2	10	538504	538513	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012469	AAAAG	2	10	539174	539183	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012469	GTATA	3	15	539243	539257	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012469	TATAA	2	10	551631	551640	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012469	CTTTT	2	10	554447	554456	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_012469	TTTTA	2	10	554528	554537	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012469	GGGTT	2	10	558850	558859	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012469	GATTA	2	10	559263	559272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012469	GATGG	2	10	559356	559365	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012469	CAAAT	2	10	560169	560178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_012469	TTTTA	2	10	563815	563824	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012469	TTTAT	2	10	568056	568065	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012469	AGGAA	2	10	570135	570144	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012469	ATAAA	2	10	578121	578130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012469	TGTCT	2	10	578608	578617	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012469	TTAGT	2	10	582499	582508	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012469	ATATA	2	10	590091	590100	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012469	TAGTA	2	10	593321	593330	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012469	CATTT	2	10	594774	594783	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012469	TAAAA	2	10	603043	603052	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012469	ACTTC	2	10	631302	631311	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_012469	AAACA	2	10	631718	631727	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_012469	ATATA	2	10	634547	634556	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012469	GAAAA	2	10	672637	672646	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012469	GTTAT	2	10	672676	672685	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012469	CGTAG	2	10	687871	687880	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012469	GTTTG	2	10	688169	688178	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012469	CTTAG	2	10	689102	689111	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012469	CTTAG	2	10	694176	694185	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_012469	CTTTT	2	10	700752	700761	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012469	AGGGG	2	10	716859	716868	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012469	CCCTG	2	10	716945	716954	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_012469	TTCAC	2	10	717959	717968	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_012469	ATGGA	2	10	738645	738654	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012469	TTATT	2	10	740940	740949	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012469	CTAAG	2	10	749684	749693	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_012469	TCAAA	2	10	749828	749837	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_012469	AAAAT	2	10	750307	750316	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012469	AATTG	2	10	750895	750904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012469	CATTT	2	10	763959	763968	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_012469	TTAAG	2	10	765584	765593	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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150	NC_012469	TTCAA	2	10	774360	774369	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.