MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi C strain RKS4594 chromosome

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012125	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012125	AGCGAC	2	12	26508	26519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012125	ACGGTG	2	12	28233	28244	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012125	TGTGGT	2	12	69117	69128	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012125	AAAGAA	2	12	69434	69445	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012125	CGGGTG	2	12	110785	110796	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012125	TCGCCG	2	12	112925	112936	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_012125	GGTTCA	2	12	113226	113237	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012125	AATGCT	2	12	115412	115423	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012125	AAGAGG	2	12	122602	122613	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012125	GGATAA	2	12	128560	128571	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012125	TGGCGC	2	12	275827	275838	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_012125	TCAGAT	2	12	290493	290504	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012125	TATCGG	2	12	313053	313064	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012125	GCAACT	2	12	338476	338487	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_012125	AGATGA	2	12	345410	345421	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012125	TTCTCA	2	12	353395	353406	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_012125	TGGCTG	2	12	364645	364656	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012125	CTCATT	2	12	372841	372852	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012125	GGCGCT	2	12	416535	416546	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012125	GCGCAG	2	12	416881	416892	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012125	GTGATA	2	12	472357	472368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012125	TGCTAT	2	12	522588	522599	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012125	CAGGCG	2	12	534707	534718	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_012125	AGCGCC	2	12	540436	540447	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_012125	TGCAAT	2	12	585866	585877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_012125	ATCACC	2	12	618366	618377	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012125	TAACGT	2	12	623073	623084	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012125	TGCAAA	2	12	635304	635315	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012125	TGCGGC	2	12	671424	671435	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_012125	CGGGGG	2	12	671807	671818	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_012125	CGTTGG	2	12	672110	672121	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012125	TTTTTA	2	12	740202	740213	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012125	GGGGCG	2	12	760373	760384	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012125	CAAAAA	2	12	787156	787167	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012125	TTATTT	2	12	804974	804985	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012125	GAGGCA	2	12	845603	845614	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_012125	GTCGCT	2	12	846001	846012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_012125	TGAAAA	2	12	877188	877199	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012125	ATAAAT	2	12	905059	905070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012125	CTTAAA	2	12	905378	905389	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012125	CATCGT	2	12	953199	953210	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012125	GATGAC	2	12	974819	974830	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_012125	ATCCAA	2	12	1070894	1070905	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012125	CTGTAG	2	12	1176828	1176839	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_012125	CGCAGC	2	12	1201110	1201121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_012125	TTAATT	2	12	1214555	1214566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012125	ATGAAA	2	12	1314098	1314109	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012125	ACTTAC	2	12	1323410	1323421	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012125	CGCGAG	2	12	1335766	1335777	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012125	GAACAG	2	12	1374069	1374080	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_012125	TTAATG	2	12	1440511	1440522	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012125	TGAAGG	2	12	1513053	1513064	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012125	AATGCG	2	12	1581704	1581715	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_012125	TGGATA	2	12	1584920	1584931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012125	GGAGCA	2	12	1600957	1600968	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012125	ATCAGC	2	12	1601658	1601669	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_012125	GATAAA	2	12	1607203	1607214	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012125	TAGCCA	2	12	1634337	1634348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012125	CATAAA	2	12	1637206	1637217	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012125	GTTGAA	2	12	1641329	1641340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012125	TAGTGA	2	12	1648478	1648489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012125	TTGTTA	2	12	1655459	1655470	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012125	CCAGCG	2	12	1658374	1658385	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_012125	AATAAC	2	12	1692285	1692296	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_012125	CTGATT	2	12	1727866	1727877	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012125	TTTGAA	2	12	1729660	1729671	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012125	CGAATC	2	12	1737903	1737914	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012125	TTTTAT	2	12	1755199	1755210	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012125	ACGCTG	2	12	1817790	1817801	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012125	TATCAA	2	12	1829811	1829822	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012125	GCTTTA	2	12	1847286	1847297	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_012125	TACCTG	2	12	1865587	1865598	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012125	CATGTT	2	12	1877475	1877486	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012125	GTGAAA	2	12	1877632	1877643	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012125	TGAAGA	2	12	1916915	1916926	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012125	ATGGTG	2	12	1972162	1972173	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012125	TTAACA	2	12	1977044	1977055	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012125	AGCCAA	2	12	1981768	1981779	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012125	CGCTCC	2	12	1983719	1983730	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_012125	CATGAG	2	12	2005036	2005047	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012125	AAAGCG	2	12	2005391	2005402	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_012125	GCCGTT	2	12	2025900	2025911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012125	CGCAGA	2	12	2066064	2066075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012125	CATTTC	2	12	2075453	2075464	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012125	ACTATA	2	12	2078670	2078681	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012125	TGAAGA	2	12	2087986	2087997	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012125	TGGCAG	2	12	2150009	2150020	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012125	ACATAA	2	12	2159330	2159341	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012125	TTAATG	2	12	2209079	2209090	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012125	ATAAAA	2	12	2218130	2218141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012125	AATATC	2	12	2223632	2223643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_012125	TGGGCG	2	12	2227115	2227126	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_012125	GCTATC	2	12	2248583	2248594	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012125	CAAAAA	2	12	2277825	2277836	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012125	TTATTG	2	12	2306350	2306361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012125	AAGACT	2	12	2404783	2404794	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012125	TGTTAT	2	12	2406830	2406841	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012125	GCGAGC	2	12	2420011	2420022	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_012125	AATAAA	2	12	2428199	2428210	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012125	CATAAA	2	12	2481132	2481143	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012125	ATGTCC	2	12	2505811	2505822	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_012125	GCGCTT	2	12	2512540	2512551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012125	AAAATC	2	12	2514167	2514178	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012125	TAATGC	2	12	2518770	2518781	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_012125	CTTCAC	2	12	2524632	2524643	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012125	TAAACC	2	12	2535551	2535562	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012125	GTTTTT	2	12	2548681	2548692	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012125	TTATAA	2	12	2654348	2654359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012125	ATAATG	2	12	2655876	2655887	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012125	TACTCA	2	12	2697817	2697828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012125	TAAACG	2	12	2700237	2700248	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012125	CGAGAT	2	12	2731312	2731323	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012125	CATTTA	2	12	2731778	2731789	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012125	TTGGGT	2	12	2768250	2768261	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012125	TTTGTT	2	12	2779217	2779228	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012125	TATTTT	2	12	2779412	2779423	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012125	AATCTG	2	12	2795907	2795918	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_012125	TGAAGA	2	12	2820269	2820280	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012125	TACCGC	2	12	2828567	2828578	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_012125	ACCGCC	2	12	2834751	2834762	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_012125	CACCGC	2	12	2835128	2835139	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_012125	CCAACG	2	12	2835991	2836002	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_012125	CGATAC	2	12	2836922	2836933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012125	TACACC	2	12	2837610	2837621	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_012125	AAACGG	2	12	2861142	2861153	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_012125	CAATAA	2	12	2878200	2878211	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_012125	CACGCC	2	12	2887965	2887976	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_012125	TAAGAC	2	12	2904071	2904082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_012125	CCATCA	2	12	2920208	2920219	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_012125	CGGCAA	2	12	2920268	2920279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_012125	TTGAGT	2	12	3021710	3021721	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012125	GATTAT	2	12	3028666	3028677	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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136	NC_012125	GGTAAA	2	12	3134170	3134181	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012125	TTTTTA	2	12	3182257	3182268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012125	TTCAGT	2	12	3190744	3190755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_012125	AGTTGT	2	12	3314595	3314606	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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141	NC_012125	TAACCA	2	12	3358317	3358328	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_012125	AACCCT	2	12	3385807	3385818	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_012125	TGTTAT	2	12	3447726	3447737	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012125	CTGCGC	2	12	3491283	3491294	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
145	NC_012125	AATCTG	2	12	3499911	3499922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_012125	TGTCGC	2	12	3529772	3529783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_012125	GCCATC	2	12	3568215	3568226	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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149	NC_012125	GACCTC	2	12	3617129	3617140	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
150	NC_012125	AATATT	2	12	3648045	3648056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012125	ATTTTC	2	12	3708073	3708084	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_012125	CTTAAT	2	12	3715965	3715976	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_012125	TAAAAA	2	12	3769961	3769972	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012125	GCGATC	2	12	3785338	3785349	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_012125	CAGCCG	2	12	3789781	3789792	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_012125	ATTATA	2	12	3817695	3817706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012125	ATCAAC	2	12	3828729	3828740	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_012125	GCATTA	2	12	3886912	3886923	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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164	NC_012125	TCAGAT	2	12	4079554	4079565	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.