MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601 chromosome

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011147	CGCTGA	2	12	19156	19167	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011147	CTGGGC	2	12	19253	19264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_011147	TCTTAA	2	12	23236	23247	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_011147	TGTGGT	2	12	74830	74841	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011147	AAAGAA	2	12	75143	75154	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011147	CAGGCG	2	12	98659	98670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_011147	CGGGTG	2	12	118313	118324	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011147	AATGCT	2	12	122939	122950	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_011147	AAGAGG	2	12	130126	130137	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011147	GGATAA	2	12	135767	135778	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011147	TAAAAT	2	12	214353	214364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011147	ATAAAT	2	12	215043	215054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011147	TATGCG	2	12	229227	229238	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_011147	AAGCAA	2	12	229369	229380	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_011147	CAATAT	2	12	234085	234096	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011147	TATCGG	2	12	331636	331647	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_011147	CTGTAG	2	12	388105	388116	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011147	GGTGAA	2	12	408558	408569	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011147	CTGACG	2	12	410230	410241	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011147	CTGGTA	2	12	411354	411365	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011147	CGGATA	2	12	412376	412387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_011147	GGTACA	2	12	413678	413689	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011147	CGACGG	2	12	414334	414345	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_011147	GTCATC	2	12	414589	414600	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011147	GACAGC	2	12	416015	416026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_011147	TTGCCT	2	12	424337	424348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011147	TTAGGT	2	12	424608	424619	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011147	CTGGTG	2	12	440125	440136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011147	GTGAAT	2	12	453586	453597	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011147	CCAGCG	2	12	457653	457664	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_011147	CAGCGG	2	12	458440	458451	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011147	ATGAAA	2	12	517861	517872	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011147	ACTTAC	2	12	527173	527184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011147	CATCGC	2	12	551787	551798	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_011147	TTTTCT	2	12	571501	571512	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011147	TTAATG	2	12	608236	608247	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011147	TGAAGG	2	12	678023	678034	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011147	GCCGCA	2	12	692370	692381	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011147	TGATGC	2	12	696888	696899	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011147	TGCGCC	2	12	697257	697268	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_011147	TGGATA	2	12	745429	745440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011147	GATAAA	2	12	767715	767726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011147	CATAAA	2	12	797547	797558	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011147	TAAACG	2	12	798750	798761	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_011147	AGGTTG	2	12	801642	801653	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011147	TTGTTA	2	12	813454	813465	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011147	CTGCGC	2	12	824064	824075	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_011147	GGTCGC	2	12	824253	824264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011147	CCAGAA	2	12	824354	824365	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_011147	AATAAC	2	12	850245	850256	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_011147	GTCGCC	2	12	852172	852183	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_011147	TGGTAA	2	12	869220	869231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011147	TGATTT	2	12	895762	895773	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011147	TTTGAA	2	12	897551	897562	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011147	CGAATC	2	12	905793	905804	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_011147	TATCAA	2	12	991822	991833	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011147	GTGCTG	2	12	1015552	1015563	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_011147	TACCTG	2	12	1027278	1027289	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011147	TGAAGA	2	12	1076909	1076920	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011147	TTAACA	2	12	1136383	1136394	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011147	AGCCAA	2	12	1141105	1141116	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011147	CGCTCC	2	12	1143056	1143067	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_011147	ATAAAG	2	12	1167262	1167273	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011147	CGCAGA	2	12	1223697	1223708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011147	CATTTC	2	12	1233085	1233096	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011147	ACTATA	2	12	1236302	1236313	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011147	TGAAGA	2	12	1245627	1245638	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011147	TACAGA	2	12	1252714	1252725	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011147	CTCTTG	2	12	1252962	1252973	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_011147	TTAATG	2	12	1354826	1354837	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011147	CTTCCG	2	12	1357723	1357734	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011147	TTTGTC	2	12	1368597	1368608	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011147	CACTGC	2	12	1370190	1370201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_011147	CAAAAA	2	12	1422089	1422100	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011147	TCATGA	2	12	1456446	1456457	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011147	ATGGCG	2	12	1469290	1469301	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011147	CATTAA	2	12	1542657	1542668	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011147	AAGACT	2	12	1546124	1546135	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011147	ATGCCG	2	12	1550903	1550914	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_011147	CGCCAG	2	12	1552341	1552352	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_011147	CAGCGC	2	12	1552638	1552649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011147	GCGAGC	2	12	1561339	1561350	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_011147	GCGCTT	2	12	1632201	1632212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_011147	TCCCCT	2	12	1636327	1636338	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_011147	TAAACC	2	12	1655251	1655262	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011147	GTTTTT	2	12	1669015	1669026	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011147	AAATAA	2	12	1747955	1747966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011147	ATAATT	2	12	1751527	1751538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011147	CAGCTC	2	12	1765085	1765096	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_011147	CCGCAG	2	12	1773519	1773530	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_011147	GGCTTC	2	12	1804403	1804414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011147	TACTCA	2	12	1816057	1816068	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_011147	TAAACG	2	12	1818478	1818489	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011147	ATATTT	2	12	1856620	1856631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011147	TCAACC	2	12	1862712	1862723	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_011147	AGACGA	2	12	1898888	1898899	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_011147	GCCAGA	2	12	1899190	1899201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011147	CGTCAT	2	12	1936968	1936979	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011147	TGACGC	2	12	1948373	1948384	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_011147	ACGATG	2	12	1958596	1958607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011147	TTTTCA	2	12	1995984	1995995	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_011147	CTTATC	2	12	1997029	1997040	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011147	CAGCGA	2	12	2026438	2026449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_011147	TAAAAT	2	12	2028515	2028526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011147	CGGCAT	2	12	2038680	2038691	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011147	GTTAAT	2	12	2076553	2076564	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011147	TATTTT	2	12	2076797	2076808	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011147	TAAAAA	2	12	2136250	2136261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011147	ATTTGC	2	12	2233744	2233755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_011147	ACGTTA	2	12	2245975	2245986	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011147	ATTGCA	2	12	2277110	2277121	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011147	TGACCA	2	12	2306241	2306252	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_011147	TGGCGC	2	12	2322358	2322369	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_011147	CGCCTG	2	12	2328493	2328504	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_011147	TTAAAT	2	12	2370198	2370209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011147	CACAGC	2	12	2422469	2422480	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_011147	AATATC	2	12	2473335	2473346	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011147	TGGGTT	2	12	2514195	2514206	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011147	TGAGAA	2	12	2533073	2533084	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011147	TTCATC	2	12	2541072	2541083	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_011147	ATTTAA	2	12	2542665	2542676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011147	ATGATA	2	12	2543187	2543198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011147	CCGATA	2	12	2587171	2587182	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_011147	CGACAC	2	12	2594372	2594383	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_011147	AAAATA	2	12	2665420	2665431	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011147	CAAAAC	2	12	2694516	2694527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_011147	GTGAAA	2	12	2694606	2694617	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011147	AGAAAA	2	12	2694701	2694712	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011147	GCAAGC	2	12	2705880	2705891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_011147	GAACAG	2	12	2726642	2726653	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_011147	CTTTGC	2	12	2727529	2727540	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011147	ATCTTA	2	12	2740812	2740823	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_011147	CAATAA	2	12	2754349	2754360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_011147	CGAAGA	2	12	2766935	2766946	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011147	CCATCG	4	24	2856723	2856746	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
136	NC_011147	TTGATA	2	12	2857778	2857789	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011147	ACAGCG	2	12	2890344	2890355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_011147	CCAGCA	2	12	2890365	2890376	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011147	TTGAGC	2	12	2891150	2891161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_011147	GATTAT	2	12	2902096	2902107	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011147	GGCGTC	2	12	2928156	2928167	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011147	GCGATC	2	12	2954213	2954224	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_011147	CCACCG	2	12	2998464	2998475	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_011147	TTTTAT	2	12	2999898	2999909	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011147	GGTAAA	2	12	3009742	3009753	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011147	TGCCAC	2	12	3082419	3082430	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
147	NC_011147	AACCGG	2	12	3084474	3084485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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149	NC_011147	AAACGA	2	12	3139270	3139281	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_011147	CCAGCG	2	12	3225256	3225267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
155	NC_011147	ATTCAA	2	12	3226135	3226146	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_011147	TTATTT	2	12	3228334	3228345	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011147	AACCCT	2	12	3255896	3255907	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
158	NC_011147	TAAGCG	2	12	3273332	3273343	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_011147	TGTTAT	2	12	3316905	3316916	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_011147	TGCCAG	2	12	3326392	3326403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_011147	AGGGTA	2	12	3327236	3327247	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011147	TGTCGC	2	12	3398917	3398928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_011147	ATTTCT	2	12	3437441	3437452	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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174	NC_011147	ATTATA	2	12	3663977	3663988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_011147	TAAATA	2	12	3743207	3743218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_011147	CCGCGC	2	12	3770857	3770868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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226	NC_011147	AAGCGC	2	12	4561499	4561510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.