MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476 chromosome

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011083	TCTTAA	2	12	23204	23215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011083	TGTGGT	2	12	70315	70326	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011083	AAAGAA	2	12	70630	70641	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011083	CGGGTG	2	12	111965	111976	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_011083	AATGCT	2	12	116591	116602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_011083	AAGAGG	2	12	123781	123792	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011083	GGATAA	2	12	129422	129433	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011083	TAAAAT	2	12	217769	217780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011083	ATAAAT	2	12	218459	218470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011083	CAATAT	2	12	237518	237529	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_011083	AGCGAA	2	12	299631	299642	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011083	TTAAAT	2	12	357304	357315	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011083	AGATGA	2	12	358896	358907	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011083	TTCTCA	2	12	366884	366895	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011083	TGGCTG	2	12	417549	417560	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011083	CTCATT	2	12	425319	425330	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011083	GTGATA	2	12	524898	524909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011083	TGCTAT	2	12	575144	575155	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011083	CAGGCG	2	12	587400	587411	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_011083	AGCGCC	2	12	593128	593139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_011083	TAACGT	2	12	672523	672534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_011083	TGCAAA	2	12	692350	692361	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_011083	TTTTTA	2	12	797887	797898	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011083	AGGGAA	2	12	857237	857248	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011083	CAAAAA	2	12	857517	857528	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_011083	TGAAAA	2	12	949494	949505	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011083	CATCGT	2	12	994797	994808	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_011083	GATGAC	2	12	1016426	1016437	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011083	TTTTGC	2	12	1058417	1058428	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_011083	AAAGAT	2	12	1095405	1095416	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011083	GTTTTT	2	12	1118509	1118520	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011083	TATTTT	2	12	1146206	1146217	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011083	ATCTCG	2	12	1148670	1148681	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_011083	AAAAAT	2	12	1167719	1167730	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011083	AAGAGA	2	12	1173762	1173773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011083	CGTTTA	2	12	1179743	1179754	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_011083	TGAGTA	2	12	1182165	1182176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011083	TAATTA	2	12	1246865	1246876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011083	AAAAAC	2	12	1329990	1330001	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_011083	GGTTTA	2	12	1343829	1343840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011083	GATTTT	2	12	1365220	1365231	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011083	CGCTCG	2	12	1451632	1451643	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_011083	ATAACA	2	12	1464810	1464821	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011083	AGTCTT	2	12	1466857	1466868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_011083	TTTTAC	2	12	1522028	1522039	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011083	CCAGCG	2	12	1676459	1676470	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_011083	CCACGC	2	12	1700027	1700038	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_011083	CATCAC	2	12	1701653	1701664	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_011083	TTTTCA	2	12	1703603	1703614	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_011083	CATTAA	2	12	1718079	1718090	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_011083	TTCCCC	2	12	1720991	1721002	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_011083	TTTATG	2	12	1767240	1767251	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011083	TATTTA	2	12	1771370	1771381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011083	TTATTT	2	12	1774888	1774899	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011083	ACTGCC	2	12	1776563	1776574	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_011083	TTTTAT	2	12	1800567	1800578	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011083	TATAGT	2	12	1847682	1847693	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011083	TCTGCG	2	12	1860287	1860298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011083	TTGGCT	2	12	1942845	1942856	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011083	TGTTAA	2	12	1947565	1947576	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011083	TCAACG	2	12	1983671	1983682	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011083	CAGGTA	2	12	2052847	2052858	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_011083	TAAAGC	2	12	2071155	2071166	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011083	GATTCG	2	12	2181627	2181638	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_011083	AATCAG	2	12	2191666	2191677	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_011083	GTTATT	2	12	2236032	2236043	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011083	ATAACA	2	12	2272860	2272871	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011083	ACATAA	2	12	2273078	2273089	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011083	TGTTTA	2	12	2281064	2281075	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011083	TTTATC	2	12	2311071	2311082	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011083	TCCAGT	2	12	2379054	2379065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011083	ATTTTC	2	12	2379417	2379428	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011083	ACAAAT	2	12	2407549	2407560	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011083	CCTTCA	2	12	2414831	2414842	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011083	AGAAAA	2	12	2521201	2521212	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011083	ATTTTT	2	12	2549490	2549501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011083	TCTTTA	2	12	2562470	2562481	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011083	TATTTT	2	12	2562967	2562978	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011083	GTAAGT	2	12	2572928	2572939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011083	TTTTCA	2	12	2582946	2582957	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011083	CAAGTG	2	12	2599951	2599962	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011083	CTCAAC	2	12	2678233	2678244	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_011083	CCTGCG	2	12	2684635	2684646	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011083	AACTGG	2	12	2685009	2685020	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_011083	GCTGTC	2	12	2686958	2686969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011083	CTCGCC	2	12	2687594	2687605	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_011083	CGATGA	2	12	2689139	2689150	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011083	CCGTCG	2	12	2689395	2689406	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011083	TATCCG	2	12	2691481	2691492	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_011083	CAGCGT	2	12	2693618	2693629	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_011083	TCAGCG	2	12	2694238	2694249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_011083	TTCACC	2	12	2695293	2695304	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_011083	CGGTGA	2	12	2696890	2696901	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011083	GGCTGC	2	12	2697055	2697066	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011083	GCTACA	2	12	2715087	2715098	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_011083	TTTGTT	2	12	2788319	2788330	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011083	ACAAAA	2	12	2804591	2804602	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_011083	CGACAT	2	12	2853455	2853466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011083	CGCAGG	2	12	2853714	2853725	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_011083	AAAGGC	2	12	2860347	2860358	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011083	TAAGGG	2	12	2873872	2873883	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011083	CACTGA	2	12	2880004	2880015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011083	CAAGAG	2	12	2887016	2887027	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011083	CAATAA	2	12	2917497	2917508	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011083	ATTAAA	2	12	3020613	3020624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011083	CCATCG	2	12	3022793	3022804	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011083	CTCGGT	5	30	3052631	3052660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_011083	GATTAT	2	12	3069122	3069133	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011083	CCTGTT	2	12	3069735	3069746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011083	GCGATC	2	12	3123563	3123574	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011083	CCACCG	2	12	3167852	3167863	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_011083	AATGAA	2	12	3185386	3185397	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011083	TTCAGT	2	12	3245405	3245416	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011083	AGTTGT	2	12	3366461	3366472	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011083	AATGAT	2	12	3402332	3402343	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011083	TAACCA	2	12	3440637	3440648	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_011083	AACCCT	2	12	3466780	3466791	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_011083	TGTTAT	2	12	3529085	3529096	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011083	ACAAAA	2	12	3580998	3581009	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_011083	TTTCCC	2	12	3705513	3705524	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_011083	TAAAAA	2	12	3845869	3845880	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011083	GCGATC	2	12	3861041	3861052	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011083	ATTATA	2	12	3893348	3893359	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011083	GTGTTC	2	12	3963692	3963703	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_011083	GCATTA	2	12	3966545	3966556	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_011083	TAAATA	2	12	3973687	3973698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011083	ACATGA	2	12	3979496	3979507	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_011083	GCTTTG	2	12	4249023	4249034	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011083	CCATGC	2	12	4249562	4249573	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_011083	TTTGTT	2	12	4250174	4250185	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011083	TATCAA	2	12	4254326	4254337	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_011083	AAATAT	2	12	4266397	4266408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011083	TTTTAA	2	12	4266593	4266604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011083	TTTTAC	2	12	4311247	4311258	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_011083	AGCGTT	2	12	4330086	4330097	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_011083	TTTTGT	2	12	4353249	4353260	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011083	TTTTGA	2	12	4397312	4397323	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011083	TAACCA	2	12	4438460	4438471	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_011083	GTCTTT	2	12	4500866	4500877	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_011083	TGTAAG	2	12	4500969	4500980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_011083	CGCGTT	2	12	4509634	4509645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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144	NC_011083	TCAGGT	2	12	4555664	4555675	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_011083	TTATGA	2	12	4562172	4562183	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011083	GAAAAA	2	12	4562221	4562232	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011083	GAGAAA	2	12	4566925	4566936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011083	TGACGG	2	12	4566960	4566971	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_011083	TAATTT	2	12	4577832	4577843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011083	CCTGAA	2	12	4579469	4579480	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_011083	TTTATC	2	12	4618758	4618769	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_011083	TTGATT	2	12	4639798	4639809	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_011083	TTTTTA	2	12	4651135	4651146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011083	GAGATA	2	12	4668379	4668390	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_011083	TTATCA	2	12	4841678	4841689	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_011083	TTTAAT	2	12	4860955	4860966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_011083	AGCGCC	2	12	4865577	4865588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
165	NC_011083	AAGCGC	2	12	4868465	4868476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.