MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 chromosome

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011080	TCTTAA	2	12	23197	23208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011080	TGTGGT	2	12	74848	74859	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011080	AAAGAA	2	12	75162	75173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011080	GTTGAA	2	12	118040	118051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011080	AATGCT	2	12	123176	123187	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_011080	AAGAGG	2	12	130366	130377	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011080	GGATAA	2	12	136006	136017	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011080	CCTGCT	2	12	319682	319693	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_011080	ATAGAT	2	12	341933	341944	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011080	CTGTTG	2	12	344001	344012	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_011080	AGATGA	2	12	355391	355402	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011080	TTCTCA	2	12	363379	363390	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011080	TGGCTG	2	12	374457	374468	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_011080	CTCATT	2	12	382652	382663	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011080	AAGGCG	2	12	423337	423348	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011080	GTGATA	2	12	482170	482181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_011080	CAGGCG	2	12	544548	544559	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_011080	AGCGCC	2	12	550276	550287	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011080	TGCAAT	2	12	595705	595716	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_011080	TAACGT	2	12	628500	628511	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011080	TGCAAA	2	12	648328	648339	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_011080	TTTTTA	2	12	754078	754089	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011080	CAAAAA	2	12	813719	813730	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011080	TGAAAA	2	12	904379	904390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011080	ATTTTT	2	12	911001	911012	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011080	TCATCG	2	12	951862	951873	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_011080	GATGAC	2	12	973482	973493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011080	AAAATC	2	12	1066081	1066092	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011080	ACCCAA	2	12	1066256	1066267	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_011080	AAAGCA	2	12	1069154	1069165	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_011080	GTTTTT	2	12	1072902	1072913	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011080	CTTTTT	2	12	1073232	1073243	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_011080	TAAATG	2	12	1103951	1103962	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011080	ATCTCG	2	12	1104417	1104428	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011080	AAAAAT	2	12	1123466	1123477	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011080	AAGAGA	2	12	1129509	1129520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011080	TTTTTG	2	12	1177608	1177619	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011080	TGAGTA	2	12	1179776	1179787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011080	TAATTA	2	12	1244305	1244316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011080	AAAAAC	2	12	1327431	1327442	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_011080	TACAGA	2	12	1329204	1329215	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011080	GGTTTA	2	12	1340564	1340575	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011080	GGACAT	2	12	1370499	1370510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_011080	CGCTCG	2	12	1445855	1445866	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_011080	AGTCTT	2	12	1460757	1460768	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_011080	TAAAAA	2	12	1626132	1626143	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011080	ATATTT	2	12	1628127	1628138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011080	CCACGC	2	12	1647511	1647522	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_011080	CATCAC	2	12	1649137	1649148	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_011080	CATTAA	2	12	1665564	1665575	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_011080	TTCCCC	2	12	1668478	1668489	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_011080	AGTATA	2	12	1689625	1689636	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011080	TTTATG	2	12	1715491	1715502	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011080	TATTTA	2	12	1719621	1719632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011080	TTATTT	2	12	1723139	1723150	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011080	ACTGCC	2	12	1724814	1724825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_011080	TATAGT	2	12	1796226	1796237	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011080	TCTGCG	2	12	1808825	1808836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_011080	CAACGG	2	12	1849111	1849122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_011080	TATGGG	2	12	1860349	1860360	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011080	TTGGCT	2	12	1893402	1893413	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011080	TGTTAA	2	12	1898125	1898136	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011080	TCAACG	2	12	1934232	1934243	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011080	TAAAAA	2	12	1957961	1957972	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011080	AGTAAA	2	12	1959400	1959411	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011080	CAGGTA	2	12	2009449	2009460	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011080	TAAAGC	2	12	2027757	2027768	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011080	GATTCG	2	12	2142687	2142698	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011080	AATCAG	2	12	2152726	2152737	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_011080	CATATA	2	12	2152932	2152943	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011080	GTTATT	2	12	2199853	2199864	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011080	ATAACA	2	12	2236681	2236692	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011080	ACATAA	2	12	2236899	2236910	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011080	TGTTTA	2	12	2244885	2244896	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011080	TTTATC	2	12	2274707	2274718	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011080	CCTTCA	2	12	2369031	2369042	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_011080	CATTAA	2	12	2438664	2438675	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011080	AGAAAA	2	12	2475401	2475412	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011080	GTAAGT	2	12	2514767	2514778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011080	TTTTCA	2	12	2524076	2524087	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011080	CAAGTG	2	12	2541185	2541196	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011080	GCTACA	2	12	2658457	2658468	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_011080	GCAAGG	10	60	2730917	2730976	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_011080	TTGGGT	2	12	2769541	2769552	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011080	TTTGTT	2	12	2782454	2782465	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011080	CAAAAC	2	12	2849791	2849802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_011080	GTGAAA	2	12	2849882	2849893	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011080	CTTTGC	2	12	2892809	2892820	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_011080	AAATAG	2	12	2903297	2903308	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011080	CAATAA	2	12	2919627	2919638	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011080	ATTAAA	2	12	3022602	3022613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011080	TCAAAA	2	12	3055749	3055760	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_011080	GATTAT	2	12	3073127	3073138	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011080	GCGATC	2	12	3125262	3125273	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011080	TAAACG	2	12	3148471	3148482	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011080	CCACCG	2	12	3169489	3169500	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_011080	TTCTGC	2	12	3179201	3179212	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011080	GGTAAA	2	12	3179982	3179993	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011080	GTTATA	2	12	3225572	3225583	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011080	TAAAAA	2	12	3225700	3225711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011080	TTCAGT	2	12	3242373	3242384	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_011080	TTGCAG	2	12	3312948	3312959	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011080	AGTTGT	2	12	3363634	3363645	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011080	AATGAT	2	12	3369302	3369313	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011080	TAACCA	2	12	3407383	3407394	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_011080	AACCCT	2	12	3433526	3433537	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011080	TAAGCG	2	12	3452249	3452260	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_011080	TGTTAT	2	12	3496729	3496740	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011080	CTATCG	2	12	3611217	3611228	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011080	GTGAGC	2	12	3613172	3613183	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011080	TCAGCG	2	12	3613488	3613499	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_011080	CACCAG	2	12	3614143	3614154	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_011080	CCGATG	2	12	3614211	3614222	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_011080	GGACGC	2	12	3614785	3614796	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_011080	TTCTAT	2	12	3614996	3615007	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011080	CTTAAT	2	12	3753475	3753486	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011080	TAAAAA	2	12	3807484	3807495	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011080	GCGATC	2	12	3820301	3820312	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_011080	ATTATA	2	12	3852774	3852785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011080	CGGTGG	2	12	3917637	3917648	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011080	GCATTA	2	12	3922909	3922920	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011080	ACATGA	2	12	3934661	3934672	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_011080	CCTGCG	2	12	4116082	4116093	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_011080	TCAGAT	2	12	4165802	4165813	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_011080	GCTTTG	2	12	4205282	4205293	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_011080	CCATGC	2	12	4205821	4205832	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_011080	TTTGTT	2	12	4206433	4206444	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011080	TATCAA	2	12	4210585	4210596	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011080	TTTTAA	2	12	4222851	4222862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011080	TGGGCG	2	12	4262509	4262520	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_011080	TTTTAC	2	12	4298490	4298501	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_011080	AGCGTT	2	12	4324907	4324918	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_011080	TTTTGT	2	12	4347983	4347994	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011080	TTTTGA	2	12	4392086	4392097	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011080	TAACCA	2	12	4433677	4433688	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011080	GTCTTT	2	12	4496078	4496089	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_011080	TGTAAG	2	12	4496181	4496192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011080	TTTTCA	2	12	4498705	4498716	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_011080	TGAACT	2	12	4504716	4504727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_011080	CGCGTT	2	12	4504852	4504863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_011080	TCAGGT	2	12	4550875	4550886	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_011080	GAGGGG	2	12	4552656	4552667	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011080	GCAGAA	2	12	4557732	4557743	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_011080	TTATGA	2	12	4565615	4565626	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011080	CCCCAT	2	12	4574089	4574100	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_011080	TTGATT	2	12	4585366	4585377	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011080	ATTCTG	2	12	4595626	4595637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_011080	TTTTTA	2	12	4596375	4596386	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011080	GAGATA	2	12	4613616	4613627	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011080	TTTTCC	2	12	4678615	4678626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_011080	TGATAT	2	12	4732757	4732768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011080	GTGATT	2	12	4749406	4749417	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011080	AATGAT	2	12	4779160	4779171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011080	TTATCA	2	12	4780541	4780552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_011080	TTTAAT	2	12	4799818	4799829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_011080	AGCGCC	2	12	4804440	4804451	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
157	NC_011080	AAGCGC	2	12	4807338	4807349	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_011080	GTAAAA	2	12	4822277	4822288	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.