MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium medicae WSM419 plasmid pSMED02

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009621	AGGCG	2	10	40210	40219	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009621	CGAGC	2	10	48356	48365	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009621	CCGAT	2	10	50532	50541	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_009621	CGGAA	2	10	73969	73978	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009621	CCGCC	2	10	74029	74038	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_009621	GCTTT	2	10	77564	77573	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009621	GGGCC	2	10	77817	77826	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_009621	GCCGG	2	10	88059	88068	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_009621	CCGTT	2	10	119184	119193	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009621	CAATT	2	10	125674	125683	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009621	CGCAG	2	10	143336	143345	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009621	GCGCG	2	10	143470	143479	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009621	AGCCA	2	10	159015	159024	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_009621	GGGCC	2	10	161536	161545	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_009621	TCTGC	2	10	166308	166317	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009621	CGAAA	2	10	179046	179055	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009621	AGGAA	2	10	181200	181209	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009621	TCGGT	2	10	182534	182543	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009621	ATTTC	2	10	190294	190303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_009621	CCGCT	2	10	196759	196768	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_009621	GGCCC	2	10	211343	211352	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_009621	CGGCA	2	10	228831	228840	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009621	GGGGC	2	10	238236	238245	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009621	ACGCG	2	10	238426	238435	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_009621	CGCAG	2	10	241886	241895	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_009621	CAGGG	2	10	254767	254776	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009621	CGGCC	2	10	260206	260215	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_009621	TCCAC	2	10	260486	260495	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_009621	AAGGA	2	10	263912	263921	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009621	GTCGA	2	10	268285	268294	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009621	AGTTT	2	10	269570	269579	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009621	GCGTC	2	10	269621	269630	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_009621	CCGGC	2	10	271204	271213	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_009621	GCCGA	2	10	271262	271271	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009621	TGGCA	2	10	307979	307988	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009621	TTGAT	2	10	315664	315673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009621	GAATT	2	10	340286	340295	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009621	GCGTA	2	10	340334	340343	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009621	TCGAA	2	10	341905	341914	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009621	CGGAC	2	10	365744	365753	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_009621	AACGG	2	10	373043	373052	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_009621	GCCGC	2	10	376605	376614	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
43	NC_009621	TTCCG	2	10	384173	384182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_009621	AAGGG	2	10	386704	386713	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009621	GGGGA	2	10	392389	392398	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009621	TTTAG	2	10	398543	398552	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009621	GCGCT	2	10	398693	398702	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_009621	CCTTC	2	10	408052	408061	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_009621	GTTAG	2	10	410172	410181	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009621	CGAGA	2	10	410317	410326	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009621	CGGCA	2	10	412819	412828	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_009621	AAATG	2	10	414840	414849	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009621	TGATC	2	10	416511	416520	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009621	CGCGG	2	10	434350	434359	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_009621	CGGCC	2	10	475623	475632	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_009621	TAGCT	2	10	477531	477540	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009621	AACGA	2	10	511643	511652	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009621	GGCAG	2	10	512329	512338	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_009621	TGCCT	2	10	512584	512593	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_009621	CCCAT	2	10	512749	512758	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_009621	GATTC	2	10	518977	518986	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_009621	GCTTG	2	10	540603	540612	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009621	CGTCT	2	10	552932	552941	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009621	AGCTG	2	10	553769	553778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_009621	GGCAG	2	10	557025	557034	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009621	GATCG	2	10	557072	557081	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_009621	TTTCC	2	10	572785	572794	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009621	GAGGT	2	10	591414	591423	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009621	TGCTC	2	10	591488	591497	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009621	CGAAG	2	10	592099	592108	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_009621	CGTTG	2	10	596489	596498	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009621	TGGGG	2	10	598625	598634	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009621	TGGTG	2	10	602069	602078	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009621	CGAGC	2	10	603811	603820	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009621	GATCG	2	10	605047	605056	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009621	TGCCG	2	10	626373	626382	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_009621	GGCGT	2	10	634164	634173	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009621	ACGCT	2	10	638053	638062	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_009621	TCCGC	2	10	640659	640668	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_009621	TGCCG	2	10	641679	641688	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_009621	TTCAA	2	10	643742	643751	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009621	CGTGC	2	10	648547	648556	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_009621	GCGTG	2	10	648573	648582	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009621	CAGAT	5	25	669857	669881	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_009621	CAGGA	2	10	670953	670962	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009621	GCCAC	2	10	680274	680283	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_009621	GCGGA	2	10	680636	680645	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009621	GCATT	2	10	689229	689238	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009621	CGTTC	2	10	702070	702079	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009621	TGTGA	2	10	705242	705251	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009621	CGCTG	2	10	722865	722874	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_009621	CAAGG	2	10	723094	723103	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_009621	TCCGT	2	10	723583	723592	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009621	AGGCG	2	10	726739	726748	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009621	GCAGC	2	10	727466	727475	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_009621	GAATT	2	10	729921	729930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009621	CGAAA	2	10	731622	731631	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009621	ACTGT	2	10	743618	743627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009621	GGTCG	2	10	756350	756359	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009621	TCCGG	2	10	768435	768444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009621	GCGAT	2	10	768690	768699	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009621	CCCGT	2	10	773699	773708	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_009621	GGCCT	2	10	774731	774740	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_009621	CGATC	2	10	785819	785828	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009621	CGTGA	2	10	800224	800233	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009621	CAAGT	2	10	802045	802054	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009621	CAGCG	2	10	812738	812747	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009621	CGAAA	2	10	829778	829787	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_009621	TCCCC	2	10	842866	842875	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
110	NC_009621	GCCCG	2	10	901258	901267	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_009621	GCACC	2	10	905826	905835	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_009621	CGTGG	2	10	905962	905971	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009621	CGCTA	2	10	907615	907624	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_009621	GAGCA	2	10	907659	907668	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009621	TGGAC	2	10	908087	908096	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_009621	ACAGA	2	10	908572	908581	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_009621	CTGGC	2	10	908646	908655	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_009621	TTGAG	2	10	910423	910432	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009621	CCTCG	2	10	910475	910484	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_009621	CGACA	2	10	923019	923028	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_009621	GCGCC	2	10	924537	924546	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_009621	CCCCT	2	10	924736	924745	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
123	NC_009621	GCCGC	2	10	928830	928839	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_009621	GCCCG	2	10	935005	935014	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_009621	CCTCA	2	10	935165	935174	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_009621	AAAGC	2	10	939505	939514	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_009621	GCGAC	2	10	940026	940035	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009621	CAGGA	2	10	940337	940346	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_009621	GTCGA	2	10	952870	952879	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009621	CGTCG	2	10	955763	955772	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_009621	TCGTG	2	10	964789	964798	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009621	GGCGC	2	10	966559	966568	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_009621	CATCG	2	10	966669	966678	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_009621	AAATG	2	10	967416	967425	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009621	ACGCC	2	10	970432	970441	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_009621	CTCGC	2	10	973873	973882	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_009621	TCCAC	2	10	976784	976793	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
138	NC_009621	CTCAC	2	10	976944	976953	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_009621	GGACA	2	10	984714	984723	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_009621	GCCCG	2	10	993768	993777	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
141	NC_009621	CTGTC	2	10	993882	993891	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_009621	CCTCA	2	10	993914	993923	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
143	NC_009621	GTTCA	2	10	994534	994543	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_009621	AAAGC	2	10	996031	996040	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009621	GCGAC	2	10	996552	996561	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_009621	CAGGA	2	10	996863	996872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009621	GGCAC	2	10	999428	999437	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_009621	GCCGG	2	10	999941	999950	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
149	NC_009621	CAGCA	2	10	1000191	1000200	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_009621	CGAAC	2	10	1001607	1001616	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_009621	CATGC	2	10	1001931	1001940	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_009621	GTCGA	2	10	1003203	1003212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_009621	CGTCG	2	10	1006096	1006105	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
154	NC_009621	CCGGT	2	10	1006922	1006931	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_009621	AAACG	2	10	1010076	1010085	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_009621	TCGGA	2	10	1010805	1010814	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_009621	TCTCC	2	10	1013467	1013476	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
158	NC_009621	TTGCT	2	10	1013905	1013914	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_009621	CCCTC	2	10	1015781	1015790	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
160	NC_009621	GGGAA	2	10	1019038	1019047	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
161	NC_009621	AGTCG	2	10	1019946	1019955	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_009621	GATCT	2	10	1027693	1027702	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_009621	GGCCG	2	10	1049404	1049413	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
164	NC_009621	GCGGT	2	10	1050190	1050199	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
165	NC_009621	CAGGA	2	10	1052318	1052327	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NC_009621	GTGAG	2	10	1059288	1059297	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_009621	TCGGA	2	10	1059317	1059326	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
168	NC_009621	GTTCC	2	10	1059989	1059998	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
169	NC_009621	AGCTT	2	10	1061470	1061479	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_009621	TACGG	2	10	1062041	1062050	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
171	NC_009621	CCTCC	2	10	1065557	1065566	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
172	NC_009621	ACGAT	2	10	1070122	1070131	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_009621	GTCAG	2	10	1087314	1087323	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_009621	GCGTC	2	10	1089176	1089185	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
175	NC_009621	ACGAC	2	10	1092497	1092506	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
176	NC_009621	CGGTC	2	10	1093940	1093949	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
177	NC_009621	ACCCT	2	10	1095151	1095160	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
178	NC_009621	GAAAC	2	10	1095725	1095734	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
179	NC_009621	AGCGA	2	10	1123910	1123919	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_009621	GGAAA	2	10	1129703	1129712	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
181	NC_009621	GATCT	2	10	1130377	1130386	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_009621	CAACG	2	10	1134299	1134308	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
183	NC_009621	GCCGA	2	10	1134741	1134750	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
184	NC_009621	TTCAT	2	10	1134884	1134893	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_009621	GGCGC	2	10	1140194	1140203	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
186	NC_009621	GCCTT	2	10	1148753	1148762	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
187	NC_009621	TCGCA	2	10	1152954	1152963	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
188	NC_009621	CGCTC	2	10	1157649	1157658	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
189	NC_009621	GCAGC	3	15	1158516	1158530	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
190	NC_009621	ACTAG	2	10	1158856	1158865	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
191	NC_009621	GATCG	2	10	1159843	1159852	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
192	NC_009621	GATCG	2	10	1160115	1160124	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
193	NC_009621	GGAAA	2	10	1163844	1163853	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
194	NC_009621	TTGAA	2	10	1164006	1164015	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
195	NC_009621	TGCGG	2	10	1179108	1179117	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
196	NC_009621	GCCTT	2	10	1184206	1184215	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_009621	GCGGT	4	20	1188957	1188976	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
198	NC_009621	ATAGA	2	10	1194921	1194930	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_009621	CCGGT	2	10	1238075	1238084	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
200	NC_009621	ATGCG	2	10	1240129	1240138	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
201	NC_009621	TGGCC	2	10	1240358	1240367	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
202	NC_009621	GGGTC	2	10	1240565	1240574	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
203	NC_009621	GCGCT	2	10	1242216	1242225	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
204	NC_009621	GAGAT	2	10	1244303	1244312	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
205	NC_009621	TGATC	2	10	1245139	1245148	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.