MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis 98HAH33

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009443	TGGAAG	2	12	21761	21772	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009443	AGTCTA	2	12	52234	52245	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009443	CAAATT	2	12	78855	78866	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009443	TGGAAG	2	12	92464	92475	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009443	TTCGGG	2	12	93401	93412	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009443	TAAGAT	2	12	136855	136866	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009443	ATACTC	2	12	139449	139460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009443	ACTAAG	2	12	150730	150741	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009443	ATTTTT	2	12	172618	172629	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009443	CTATAC	2	12	176854	176865	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009443	TGATTT	2	12	184005	184016	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009443	ATCTGC	2	12	216308	216319	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009443	AAAATT	2	12	217919	217930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009443	TTTTTC	2	12	255398	255409	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_009443	TAAAAA	2	12	324069	324080	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009443	TGGAAG	2	12	331334	331345	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009443	ATCTGC	2	12	354262	354273	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009443	TCTTTT	2	12	382764	382775	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009443	TAGCAG	2	12	388856	388867	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_009443	AAACTA	2	12	411728	411739	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009443	TGGAAG	2	12	425404	425415	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009443	CAAAAT	2	12	426902	426913	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_009443	ATTGTA	2	12	429270	429281	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009443	TAAAAA	2	12	445431	445442	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009443	TGTATT	2	12	449251	449262	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009443	AAATAC	2	12	460024	460035	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009443	AAAATC	2	12	485225	485236	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009443	ATCTGC	2	12	485273	485284	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_009443	ACCTAT	2	12	494126	494137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009443	AATATA	2	12	529800	529811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009443	TAGAAA	2	12	541224	541235	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009443	GACTGA	2	12	574567	574578	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009443	TGGAGT	2	12	578076	578087	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009443	AAGGAA	2	12	592350	592361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009443	GTTTTT	2	12	603192	603203	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009443	ATTTTT	2	12	619715	619726	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009443	ATCGGG	2	12	716657	716668	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009443	AAGAGT	2	12	752002	752013	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009443	CTTGCA	2	12	753153	753164	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009443	TTCGGG	2	12	753541	753552	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009443	TCCACG	2	12	755147	755158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_009443	CTCATT	2	12	788928	788939	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009443	TCCCAC	2	12	830698	830709	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_009443	TGACAA	2	12	837476	837487	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009443	TGATTT	2	12	852577	852588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009443	TTTATT	2	12	852853	852864	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009443	TATCAT	2	12	874302	874313	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009443	ATTTTT	2	12	881356	881367	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009443	ATAAAG	2	12	1082261	1082272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009443	TTTGAT	2	12	1082845	1082856	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009443	TGATTT	2	12	1139502	1139513	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009443	TTTATC	2	12	1177615	1177626	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009443	GCAGAT	2	12	1194531	1194542	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009443	TGATTT	2	12	1194578	1194589	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009443	TGATTT	2	12	1199006	1199017	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009443	AAATAT	2	12	1201508	1201519	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009443	GCAGAT	2	12	1208371	1208382	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009443	TGATTT	2	12	1208418	1208429	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009443	TTACAT	2	12	1214599	1214610	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009443	GTCTAT	2	12	1225331	1225342	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009443	TACCTG	2	12	1233715	1233726	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009443	CGAATC	2	12	1263047	1263058	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009443	TGATTT	2	12	1273708	1273719	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009443	AAAATC	2	12	1331521	1331532	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009443	CTTTAA	2	12	1368611	1368622	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009443	ACTTTT	2	12	1369946	1369957	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009443	CATCCC	2	12	1395641	1395652	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_009443	ATCAGA	2	12	1414716	1414727	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009443	GCAGAT	2	12	1414737	1414748	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009443	CCATCG	2	12	1426372	1426383	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009443	TATCAA	2	12	1438421	1438432	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009443	AAATAA	2	12	1441415	1441426	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009443	ATGAAG	2	12	1485225	1485236	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009443	AAAATC	2	12	1499530	1499541	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009443	ATCTGC	2	12	1499578	1499589	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009443	ATGAGT	2	12	1502356	1502367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009443	ATAAAA	2	12	1512867	1512878	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009443	AACACT	2	12	1548421	1548432	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009443	ATTTAT	2	12	1574938	1574949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009443	TGATTT	2	12	1581366	1581377	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009443	AAAATC	2	12	1591337	1591348	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009443	CAAAAT	2	12	1591983	1591994	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009443	ATAAAA	2	12	1597298	1597309	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009443	TGATTT	2	12	1599066	1599077	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009443	TCCCAG	2	12	1615385	1615396	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009443	TGATTT	2	12	1660381	1660392	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009443	AAAATC	2	12	1697190	1697201	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_009443	TTACCT	2	12	1723710	1723721	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009443	AATAGA	2	12	1797767	1797778	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009443	CTCCAC	2	12	1873862	1873873	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_009443	GAAAGC	2	12	1881625	1881636	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009443	TAGAAA	2	12	1885252	1885263	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009443	CAAAAA	2	12	1891681	1891692	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009443	TGATTT	2	12	1903973	1903984	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009443	TTTATT	2	12	1932821	1932832	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009443	TAGTGT	2	12	1973125	1973136	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009443	TAAGAT	2	12	1989033	1989044	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009443	GCAGAT	2	12	1999624	1999635	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009443	CAAATT	2	12	2008776	2008787	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009443	ATTTTT	2	12	2019049	2019060	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009443	TCATTT	2	12	2021974	2021985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009443	CTTTCT	2	12	2027136	2027147	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009443	CTATCT	2	12	2038690	2038701	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009443	AAAATC	2	12	2051909	2051920	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009443	GTATTA	2	12	2060802	2060813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.