MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	GGT	2	6	67	72	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009140	AAT	2	6	251	256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009140	CCA	2	6	2240	2245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009140	AGA	2	6	2304	2309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009140	ACG	2	6	2484	2489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009140	TGC	2	6	2504	2509	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009140	TTG	2	6	3110	3115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009140	GTG	2	6	3158	3163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009140	GTT	2	6	4731	4736	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009140	ACC	2	6	4797	4802	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_009140	GTT	2	6	4868	4873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009140	TAT	2	6	4888	4893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009140	GGT	2	6	4975	4980	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009140	GCT	2	6	5014	5019	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009140	ATC	2	6	5028	5033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009140	AAG	2	6	5034	5039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009140	TGG	2	6	5048	5053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009140	CAT	2	6	5252	5257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009140	TGG	2	6	5281	5286	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009140	AGG	2	6	6855	6860	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009140	AGG	2	6	13265	13270	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009140	CGG	2	6	15468	15473	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009140	TTG	2	6	16353	16358	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009140	CGA	2	6	16429	16434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009140	GAG	2	6	16445	16450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009140	GGC	2	6	18950	18955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009140	ATG	2	6	19002	19007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009140	GAT	2	6	19070	19075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009140	GAT	2	6	19873	19878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009140	CAC	2	6	19887	19892	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_009140	CCT	2	6	20098	20103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_009140	AAT	2	6	20120	20125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009140	AAT	2	6	20252	20257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009140	GGT	2	6	20356	20361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009140	ATC	2	6	20371	20376	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009140	GAC	2	6	22488	22493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009140	TCA	2	6	22504	22509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009140	GAG	2	6	22512	22517	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009140	CGG	2	6	22538	22543	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009140	GCC	2	6	22559	22564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_009140	TTG	2	6	22743	22748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009140	CAG	2	6	25410	25415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009140	CAA	2	6	25428	25433	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009140	TTG	3	9	25440	25448	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009140	CGA	2	6	26746	26751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009140	GGC	2	6	27200	27205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009140	TGC	2	6	29708	29713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009140	TGA	2	6	31539	31544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009140	TAA	4	12	32406	32417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009140	GGT	2	6	33144	33149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009140	AGG	2	6	35160	35165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009140	AGC	2	6	35488	35493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009140	CGG	2	6	35518	35523	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009140	GAA	2	6	36210	36215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009140	CCG	2	6	36218	36223	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_009140	CGC	2	6	36353	36358	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_009140	GCA	2	6	36394	36399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009140	TGT	2	6	36427	36432	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009140	ATT	2	6	36478	36483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009140	CAT	2	6	36488	36493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009140	ATA	2	6	36497	36502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009140	ATG	2	6	36704	36709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009140	ACT	2	6	37166	37171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009140	CTG	2	6	37273	37278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_009140	GAA	2	6	37346	37351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009140	TGA	2	6	42322	42327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009140	GGT	2	6	42335	42340	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009140	AGC	2	6	45412	45417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009140	CCT	2	6	45558	45563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_009140	TAA	2	6	45574	45579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009140	CGA	2	6	46374	46379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009140	GGA	2	6	53312	53317	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009140	ATC	2	6	53991	53996	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009140	TGA	2	6	54082	54087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009140	GTT	2	6	54206	54211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009140	GGA	2	6	54256	54261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009140	GGC	2	6	54653	54658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009140	GCC	2	6	54663	54668	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_009140	AGA	2	6	54761	54766	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009140	ATA	2	6	59112	59117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009140	AGT	2	6	59126	59131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009140	TAA	2	6	59154	59159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009140	CAA	2	6	59279	59284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009140	AGT	2	6	59545	59550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009140	TCA	2	6	59568	59573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009140	CGA	2	6	59646	59651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009140	AAG	2	6	59679	59684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009140	TGC	2	6	59709	59714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009140	TTG	2	6	59732	59737	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009140	TGA	2	6	59793	59798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009140	TCA	2	6	59887	59892	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009140	GAA	2	6	59911	59916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009140	AGA	2	6	59968	59973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009140	ACT	2	6	60047	60052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009140	TAC	2	6	60069	60074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009140	AGT	2	6	60090	60095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009140	CCG	2	6	60245	60250	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_009140	GAT	2	6	60286	60291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009140	GCT	2	6	60317	60322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_009140	TTG	2	6	60418	60423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009140	GTG	2	6	60450	60455	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009140	GGA	2	6	60458	60463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009140	CAG	2	6	60492	60497	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009140	CAT	2	6	60525	60530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009140	CAC	2	6	60647	60652	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_009140	ATC	2	6	60690	60695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009140	TTC	2	6	60777	60782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009140	GTG	2	6	67285	67290	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009140	CTG	2	6	67352	67357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009140	TAA	2	6	67433	67438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009140	ATT	2	6	67506	67511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009140	GAG	2	6	67531	67536	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009140	AGA	2	6	67635	67640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009140	TCA	2	6	67674	67679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009140	CGC	2	6	67715	67720	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_009140	ACA	2	6	68761	68766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009140	AGC	2	6	70059	70064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009140	GAA	2	6	70128	70133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009140	ATT	2	6	70161	70166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009140	ACC	2	6	70171	70176	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_009140	TGC	2	6	70213	70218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009140	TAA	2	6	70228	70233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009140	TGA	2	6	70272	70277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009140	TTA	2	6	70283	70288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009140	ATT	2	6	70365	70370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009140	TGC	2	6	70373	70378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009140	AAC	2	6	70452	70457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_009140	CAT	3	9	70478	70486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009140	CTT	2	6	70555	70560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009140	ATA	2	6	70744	70749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009140	AGT	2	6	70758	70763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009140	ATC	2	6	72051	72056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009140	TTA	2	6	72096	72101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009140	GCA	2	6	72111	72116	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009140	GGT	2	6	72153	72158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009140	AAT	2	6	72163	72168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009140	TTC	2	6	72196	72201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_009140	TAA	2	6	72224	72229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009140	CTG	2	6	72263	72268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009140	CCT	2	6	73539	73544	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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273	NC_009140	AAT	2	6	171448	171453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_009140	CAG	2	6	171462	171467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
275	NC_009140	CTT	2	6	171936	171941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
276	NC_009140	CAT	2	6	172137	172142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
277	NC_009140	CTC	2	6	172180	172185	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
278	NC_009140	CTG	2	6	172191	172196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_009140	TTG	2	6	172416	172421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_009140	CAT	2	6	172426	172431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_009140	AGA	2	6	172476	172481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
282	NC_009140	AAC	2	6	172524	172529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_009140	AAG	2	6	174306	174311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
284	NC_009140	TGG	3	9	174496	174504	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
285	NC_009140	AGA	2	6	174546	174551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
286	NC_009140	GCG	2	6	174568	174573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
287	NC_009140	CCT	2	6	175303	175308	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
288	NC_009140	TCC	2	6	176302	176307	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.