MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Shewanella loihica PV-4 chromosome

Total Repeats: 11951

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
11501	NC_009092	GTAGA	2	10	4460870	4460879	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11502	NC_009092	GCG	2	6	4460937	4460942	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11503	NC_009092	CGCCA	2	10	4460946	4460955	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
11504	NC_009092	TCTCT	2	10	4460962	4460971	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11505	NC_009092	AAT	2	6	4463236	4463241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11506	NC_009092	TCT	3	9	4463273	4463281	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11507	NC_009092	CCTTA	2	10	4463387	4463396	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11508	NC_009092	CCG	2	6	4464097	4464102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11509	NC_009092	TCG	2	6	4464103	4464108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11510	NC_009092	GCG	2	6	4464109	4464114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11511	NC_009092	GC	4	8	4464122	4464129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11512	NC_009092	G	6	6	4465869	4465874	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
11513	NC_009092	TAT	2	6	4467165	4467170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11514	NC_009092	ATA	2	6	4467171	4467176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11515	NC_009092	TCT	2	6	4467196	4467201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11516	NC_009092	TC	4	8	4469746	4469753	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11517	NC_009092	TGT	2	6	4469768	4469773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11518	NC_009092	CAA	2	6	4469796	4469801	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11519	NC_009092	CAA	2	6	4469818	4469823	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11520	NC_009092	CAA	2	6	4469891	4469896	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11521	NC_009092	TGA	2	6	4469909	4469914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11522	NC_009092	AGCAA	2	10	4471234	4471243	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11523	NC_009092	GAAAA	2	10	4471254	4471263	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11524	NC_009092	CTC	2	6	4471773	4471778	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11525	NC_009092	A	6	6	4471876	4471881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11526	NC_009092	TGA	2	6	4475174	4475179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11527	NC_009092	ATT	2	6	4475181	4475186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11528	NC_009092	TTA	2	6	4475206	4475211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11529	NC_009092	TGC	2	6	4475228	4475233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11530	NC_009092	GGC	2	6	4475993	4475998	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11531	NC_009092	CGC	2	6	4476025	4476030	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11532	NC_009092	TA	3	6	4476084	4476089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11533	NC_009092	AGCT	2	8	4476102	4476109	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11534	NC_009092	GCC	2	6	4476124	4476129	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11535	NC_009092	GCA	2	6	4477536	4477541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11536	NC_009092	CAT	2	6	4477630	4477635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11537	NC_009092	TAA	2	6	4477741	4477746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11538	NC_009092	ATC	2	6	4479476	4479481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11539	NC_009092	GT	3	6	4479525	4479530	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11540	NC_009092	TAA	2	6	4479747	4479752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11541	NC_009092	TTA	2	6	4479788	4479793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11542	NC_009092	AG	3	6	4479795	4479800	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11543	NC_009092	CCA	2	6	4479814	4479819	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11544	NC_009092	CA	3	6	4480062	4480067	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11545	NC_009092	ATC	2	6	4480071	4480076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11546	NC_009092	CG	3	6	4480166	4480171	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11547	NC_009092	TGG	2	6	4480181	4480186	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11548	NC_009092	CTC	2	6	4480224	4480229	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11549	NC_009092	GGA	2	6	4481453	4481458	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11550	NC_009092	ATA	2	6	4482094	4482099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11551	NC_009092	A	6	6	4482101	4482106	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11552	NC_009092	CGC	2	6	4488965	4488970	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11553	NC_009092	CAGG	2	8	4488988	4488995	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11554	NC_009092	CG	3	6	4489019	4489024	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11555	NC_009092	CGG	2	6	4489118	4489123	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11556	NC_009092	TTGTTA	2	12	4490307	4490318	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11557	NC_009092	CCTT	2	8	4491152	4491159	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11558	NC_009092	AAGCAA	2	12	4491207	4491218	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11559	NC_009092	C	6	6	4491228	4491233	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
11560	NC_009092	T	6	6	4492103	4492108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11561	NC_009092	TCG	2	6	4492118	4492123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11562	NC_009092	GAA	2	6	4492132	4492137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11563	NC_009092	TGA	2	6	4494628	4494633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11564	NC_009092	GGC	2	6	4496515	4496520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11565	NC_009092	A	6	6	4496522	4496527	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11566	NC_009092	AAT	2	6	4496544	4496549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11567	NC_009092	GCC	2	6	4502636	4502641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11568	NC_009092	CTTAG	2	10	4502926	4502935	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11569	NC_009092	GGCTT	2	10	4502951	4502960	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11570	NC_009092	CCA	2	6	4503411	4503416	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11571	NC_009092	AAAC	2	8	4503435	4503442	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11572	NC_009092	AAAC	2	8	4503449	4503456	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11573	NC_009092	TCA	2	6	4504492	4504497	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11574	NC_009092	AAT	2	6	4504526	4504531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11575	NC_009092	GCG	2	6	4505424	4505429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11576	NC_009092	CGCGG	2	10	4505556	4505565	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11577	NC_009092	TAT	2	6	4509663	4509668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11578	NC_009092	T	6	6	4510657	4510662	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11579	NC_009092	CAT	2	6	4510676	4510681	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11580	NC_009092	T	7	7	4510787	4510793	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11581	NC_009092	TGA	2	6	4511487	4511492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11582	NC_009092	TC	3	6	4511496	4511501	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11583	NC_009092	CA	3	6	4511617	4511622	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11584	NC_009092	ATAA	2	8	4511641	4511648	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11585	NC_009092	AAC	2	6	4511714	4511719	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11586	NC_009092	AGG	2	6	4511729	4511734	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11587	NC_009092	CGC	2	6	4511808	4511813	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11588	NC_009092	TTA	2	6	4511828	4511833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11589	NC_009092	AAG	2	6	4512049	4512054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11590	NC_009092	TGA	2	6	4512129	4512134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11591	NC_009092	CGA	2	6	4512150	4512155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11592	NC_009092	GCA	2	6	4512191	4512196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11593	NC_009092	CCA	2	6	4512233	4512238	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11594	NC_009092	TCT	2	6	4513789	4513794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11595	NC_009092	TCG	2	6	4513832	4513837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11596	NC_009092	TTAG	2	8	4514275	4514282	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11597	NC_009092	GCA	2	6	4514779	4514784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11598	NC_009092	CGG	2	6	4514836	4514841	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11599	NC_009092	TAT	2	6	4519211	4519216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11600	NC_009092	TGG	2	6	4519248	4519253	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11601	NC_009092	TTA	2	6	4519290	4519295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11602	NC_009092	CCG	2	6	4519419	4519424	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11603	NC_009092	CAT	2	6	4519429	4519434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11604	NC_009092	GTG	2	6	4519490	4519495	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11605	NC_009092	GCT	2	6	4519501	4519506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11606	NC_009092	TACT	2	8	4520455	4520462	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11607	NC_009092	CTC	2	6	4522403	4522408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11608	NC_009092	A	6	6	4522456	4522461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11609	NC_009092	ATT	2	6	4522508	4522513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11610	NC_009092	AGG	2	6	4522522	4522527	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11611	NC_009092	TG	3	6	4522556	4522561	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11612	NC_009092	CAT	2	6	4522654	4522659	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11613	NC_009092	TAT	2	6	4524927	4524932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11614	NC_009092	CTT	2	6	4524945	4524950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11615	NC_009092	GC	3	6	4524987	4524992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11616	NC_009092	CAAA	2	8	4526273	4526280	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
11617	NC_009092	GAA	2	6	4526330	4526335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11618	NC_009092	A	6	6	4526456	4526461	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11619	NC_009092	CCTA	2	8	4528034	4528041	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11620	NC_009092	ATC	2	6	4528074	4528079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11621	NC_009092	CCA	2	6	4528120	4528125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11622	NC_009092	CCA	2	6	4528152	4528157	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11623	NC_009092	T	6	6	4528176	4528181	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11624	NC_009092	TAA	2	6	4528212	4528217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11625	NC_009092	TG	3	6	4528228	4528233	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11626	NC_009092	GA	3	6	4528779	4528784	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11627	NC_009092	GTA	2	6	4528851	4528856	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11628	NC_009092	ACC	2	6	4528906	4528911	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11629	NC_009092	GTC	2	6	4531629	4531634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.