MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylothermus marinus F1 chromosome

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009033	GATCT	2	10	31378	31387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009033	TATTT	2	10	36551	36560	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009033	AATTA	2	10	38662	38671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009033	AATTT	2	10	47186	47195	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009033	TTTAT	2	10	47828	47837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009033	TGTAT	2	10	58917	58926	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009033	TCTAT	2	10	64445	64454	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009033	TTTTA	2	10	64634	64643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009033	CTTTT	2	10	74074	74083	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009033	TTGGG	2	10	92505	92514	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009033	ATTAT	2	10	95952	95961	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009033	TATAT	2	10	105259	105268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009033	ATTAT	2	10	115538	115547	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009033	ATCAA	2	10	115587	115596	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009033	TACAT	2	10	129075	129084	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_009033	TTTCT	2	10	146763	146772	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009033	TCTAT	2	10	153495	153504	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_009033	ATTAT	2	10	176082	176091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009033	AAATG	2	10	178742	178751	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009033	CCATT	2	10	193492	193501	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009033	CCCAA	2	10	219478	219487	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_009033	ATATT	2	10	231642	231651	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009033	TAATA	2	10	255964	255973	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009033	CTCAT	2	10	274251	274260	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_009033	CTATT	2	10	295356	295365	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009033	CCCAC	2	10	303525	303534	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
27	NC_009033	AATTA	3	15	303614	303628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009033	TATAT	2	10	304248	304257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009033	AACAA	2	10	322069	322078	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009033	ATAAA	2	10	329565	329574	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009033	TTCTT	2	10	336821	336830	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009033	TATAG	2	10	346056	346065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009033	CCCAA	2	10	346719	346728	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_009033	TCATC	2	10	357727	357736	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009033	ATACT	2	10	357979	357988	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009033	ATATT	2	10	369279	369288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009033	AGATT	2	10	390652	390661	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009033	TAGCC	2	10	394385	394394	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_009033	AAAAT	2	10	395418	395427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009033	CCCGA	2	10	395504	395513	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_009033	AGAAA	2	10	396753	396762	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009033	TGGTG	2	10	401292	401301	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009033	ATAGT	2	10	403040	403049	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009033	CTTCT	2	10	404941	404950	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_009033	TAATT	2	10	404969	404978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009033	CAAAC	2	10	427087	427096	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_009033	TATTT	2	10	429608	429617	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009033	ACCTA	2	10	434538	434547	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_009033	TATCT	2	10	436422	436431	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009033	CCCAA	2	10	440016	440025	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_009033	AATAA	2	10	440794	440803	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009033	TAAAA	2	10	440809	440818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009033	TTTAT	2	10	446451	446460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009033	CAAGA	2	10	470987	470996	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009033	ATATA	2	10	507221	507230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009033	ATTAT	2	10	509488	509497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009033	CCTTG	2	10	511459	511468	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009033	GTTTT	2	10	512832	512841	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009033	GGTTT	2	10	512970	512979	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009033	AAATT	2	10	524540	524549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009033	TATAT	2	10	538465	538474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009033	CAAAA	2	10	543429	543438	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009033	TGGTG	2	10	544168	544177	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009033	CTTCT	2	10	555946	555955	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_009033	AATAA	2	10	556902	556911	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009033	TAGAG	2	10	558636	558645	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009033	TAGCC	2	10	563842	563851	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009033	ATATT	2	10	565837	565846	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009033	CTAGC	2	10	569494	569503	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_009033	TAAGT	2	10	572738	572747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009033	TTATT	2	10	592688	592697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009033	TAGCT	2	10	593785	593794	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_009033	CTATC	2	10	596785	596794	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_009033	CACGA	2	10	597169	597178	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009033	TAATA	2	10	598171	598180	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009033	GACTA	2	10	598301	598310	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_009033	TAGGA	2	10	599367	599376	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009033	TTCAT	2	10	602709	602718	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009033	TATTT	2	10	603051	603060	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009033	GGTGA	2	10	611200	611209	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009033	GTAGA	2	10	622633	622642	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009033	ATTTA	2	10	625850	625859	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009033	TTAAC	2	10	627251	627260	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009033	TTGGG	2	10	627427	627436	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009033	TAGAT	2	10	627825	627834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009033	GTTTA	2	10	633376	633385	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009033	ATTTT	2	10	633388	633397	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009033	TTGGG	2	10	644281	644290	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009033	ATTAT	2	10	644368	644377	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009033	TTGGG	2	10	646736	646745	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009033	CATTA	2	10	646822	646831	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_009033	TTGTA	2	10	647192	647201	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009033	CTAAC	2	10	656659	656668	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009033	AAACA	2	10	669465	669474	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009033	ATAAA	2	10	673833	673842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009033	TTTAA	2	10	676453	676462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009033	AGGTA	2	10	678578	678587	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009033	AGAGG	2	10	683628	683637	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009033	TGGTT	2	10	688139	688148	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009033	TGCTA	2	10	688382	688391	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_009033	TATAT	2	10	688965	688974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009033	AGTGT	2	10	690278	690287	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009033	TAAAT	2	10	693517	693526	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009033	CCGGG	2	10	693669	693678	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009033	ATACC	2	10	711614	711623	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_009033	TATTT	2	10	719179	719188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009033	AAGAA	2	10	719189	719198	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009033	CCCAA	2	10	736420	736429	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_009033	ATGCT	2	10	745093	745102	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009033	ATAAA	2	10	752401	752410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009033	CAGCA	2	10	758935	758944	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_009033	ACACT	2	10	767160	767169	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_009033	TAGCA	2	10	770283	770292	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_009033	TATAT	2	10	771667	771676	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009033	TTTAG	2	10	783755	783764	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009033	ATATT	2	10	790990	790999	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009033	AGAAA	2	10	808265	808274	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009033	CCCCG	2	10	851375	851384	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
119	NC_009033	ATGTT	2	10	852329	852338	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009033	TTTAA	2	10	859688	859697	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009033	GGTGG	2	10	864156	864165	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009033	ATATT	2	10	864260	864269	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009033	AGGTT	2	10	866495	866504	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009033	ATCTA	2	10	869741	869750	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_009033	ATGTG	2	10	873504	873513	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009033	AAATC	2	10	873701	873710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_009033	ATAAC	2	10	873721	873730	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009033	AATTA	2	10	878664	878673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009033	GAGCT	2	10	883485	883494	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009033	GGTAT	2	10	890885	890894	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009033	AAATA	2	10	908089	908098	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009033	TTAAT	2	10	908138	908147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009033	AGGCT	2	10	911849	911858	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009033	ATTTA	2	10	914114	914123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009033	AATAA	2	10	919056	919065	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009033	TCTAT	2	10	926803	926812	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009033	AACAA	2	10	928115	928124	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009033	TATAA	2	10	932780	932789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009033	AGGGG	2	10	936046	936055	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009033	CCCCT	2	10	936390	936399	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
141	NC_009033	TGGTT	2	10	936434	936443	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009033	TCTTT	2	10	944208	944217	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_009033	TATAA	2	10	948513	948522	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009033	ACCCA	2	10	948601	948610	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
145	NC_009033	GTTTT	2	10	949680	949689	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009033	ATTCT	2	10	950834	950843	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009033	TATCT	2	10	950857	950866	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_009033	TATTT	2	10	975834	975843	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009033	AAATA	2	10	984724	984733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009033	ATGTA	2	10	996578	996587	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009033	GTAGT	2	10	1009296	1009305	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009033	ATAGT	2	10	1022205	1022214	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009033	TGAAA	2	10	1036720	1036729	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009033	GAGAA	2	10	1036921	1036930	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009033	TTATA	2	10	1056433	1056442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009033	TTTCT	2	10	1091283	1091292	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_009033	ACAAT	2	10	1098133	1098142	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
158	NC_009033	GGCTA	2	10	1101822	1101831	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_009033	CTCTT	2	10	1116405	1116414	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_009033	AATAG	2	10	1117232	1117241	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_009033	ATATG	2	10	1117378	1117387	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009033	GCCCC	2	10	1117435	1117444	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
163	NC_009033	CTCCC	2	10	1118961	1118970	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
164	NC_009033	GGCTC	2	10	1119515	1119524	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
165	NC_009033	CGTAG	2	10	1121870	1121879	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NC_009033	ACCCC	2	10	1122396	1122405	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
167	NC_009033	ATTGC	2	10	1122771	1122780	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_009033	TTGTT	2	10	1149911	1149920	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_009033	GATTA	2	10	1177253	1177262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009033	TAGTT	2	10	1180995	1181004	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_009033	GAATA	2	10	1209695	1209704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_009033	AACGT	2	10	1245414	1245423	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_009033	TATTT	2	10	1245876	1245885	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_009033	TAATA	2	10	1250170	1250179	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_009033	TTATA	2	10	1264638	1264647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_009033	AACAG	2	10	1264685	1264694	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
177	NC_009033	AATAA	2	10	1267827	1267836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_009033	ATAAA	2	10	1278041	1278050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_009033	TAATT	2	10	1279788	1279797	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_009033	TAGCA	2	10	1286332	1286341	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
181	NC_009033	TTTAA	2	10	1286343	1286352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_009033	ATATT	2	10	1289599	1289608	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_009033	AAATA	2	10	1316185	1316194	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_009033	TTTTA	2	10	1331551	1331560	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_009033	TATGG	2	10	1331562	1331571	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
186	NC_009033	CCCAA	2	10	1334100	1334109	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
187	NC_009033	TTCTA	2	10	1334813	1334822	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
188	NC_009033	ATACT	2	10	1336263	1336272	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
189	NC_009033	AATTA	2	10	1344085	1344094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_009033	AAATA	2	10	1361592	1361601	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_009033	ACCAA	2	10	1398801	1398810	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
192	NC_009033	GTTTT	2	10	1419058	1419067	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
193	NC_009033	ATTTT	2	10	1423372	1423381	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_009033	TAATA	2	10	1429492	1429501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_009033	TCTAT	2	10	1436860	1436869	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_009033	TTGGG	2	10	1477273	1477282	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
197	NC_009033	AAAAT	2	10	1477944	1477953	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_009033	CCCAA	2	10	1482495	1482504	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
199	NC_009033	TTTTA	2	10	1489776	1489785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_009033	AGCAG	2	10	1494228	1494237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
201	NC_009033	TCCTA	2	10	1500521	1500530	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
202	NC_009033	TATAG	2	10	1502162	1502171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
203	NC_009033	TCACT	2	10	1508403	1508412	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
204	NC_009033	GTTTC	2	10	1517987	1517996	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
205	NC_009033	AGTAA	2	10	1518034	1518043	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
206	NC_009033	GGATA	2	10	1521574	1521583	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
207	NC_009033	ATATT	2	10	1521670	1521679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_009033	TTATT	2	10	1538618	1538627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
209	NC_009033	ATATT	2	10	1553932	1553941	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.