MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shewanella amazonensis SB2B chromosome

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008700	TGCTAC	2	12	23444	23455	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008700	TTTGGT	2	12	33178	33189	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008700	CCTTAT	2	12	57264	57275	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008700	TGAAGG	2	12	59159	59170	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008700	GGATAA	2	12	80297	80308	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008700	GGCAGT	2	12	101567	101578	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008700	TTTTCA	2	12	222518	222529	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008700	CCTTAT	2	12	225461	225472	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008700	TGAAGG	2	12	227708	227719	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008700	GTTTCT	2	12	229854	229865	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008700	TCTTTT	2	12	275509	275520	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008700	CCTTAT	2	12	276990	277001	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008700	TGAAGG	2	12	278885	278896	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008700	CCTTAT	2	12	283933	283944	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008700	TGAAGG	2	12	285828	285839	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008700	GGCAAA	2	12	349665	349676	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008700	ATCCCA	2	12	382599	382610	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008700	CCTTAT	2	12	437183	437194	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008700	TGAAGG	2	12	439430	439441	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008700	TTTTGG	2	12	480096	480107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008700	TGGCAT	2	12	495219	495230	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008700	GCAGAT	2	12	510350	510361	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008700	CTTGTT	2	12	547418	547429	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008700	TGATAC	2	12	606206	606217	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008700	TCCGAA	2	12	630455	630466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008700	TTTTTG	2	12	636874	636885	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008700	GGGCGC	2	12	637799	637810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008700	TTTTTG	2	12	655302	655313	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008700	TCCAAC	7	42	681519	681560	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008700	ACGGCA	2	12	728992	729003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008700	TCCTGT	2	12	846741	846752	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008700	TTTTTG	2	12	859605	859616	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008700	TTTTAT	2	12	864057	864068	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008700	TGCAAC	2	12	918468	918479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008700	ATGCTG	2	12	978511	978522	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008700	CAATGG	2	12	1113631	1113642	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008700	GTTCAG	2	12	1205009	1205020	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008700	TTGAGC	2	12	1206560	1206571	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008700	TGTCAG	2	12	1208452	1208463	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008700	ATGGGT	2	12	1255052	1255063	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008700	TTTGGG	2	12	1261530	1261541	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008700	TGCGCA	2	12	1299510	1299521	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008700	CGATGG	2	12	1357083	1357094	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008700	ACGCAT	2	12	1377536	1377547	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008700	CTGGGG	2	12	1432944	1432955	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008700	TTTAAT	2	12	1473442	1473453	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008700	AGGGGA	2	12	1481931	1481942	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008700	CACTGC	2	12	1511396	1511407	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008700	CTTTGT	2	12	1523564	1523575	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008700	CAAAAA	2	12	1576582	1576593	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008700	GTAAAG	2	12	1653869	1653880	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008700	AAACCA	2	12	1668538	1668549	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008700	TGATAA	2	12	1687609	1687620	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008700	GAATGG	2	12	1691459	1691470	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008700	GAAACA	2	12	1731355	1731366	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008700	GGTGTT	2	12	1757041	1757052	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008700	CCTTAT	2	12	1868654	1868665	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008700	TGAAGG	2	12	1870902	1870913	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008700	CTATCA	2	12	1897130	1897141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008700	AACTAT	2	12	1954489	1954500	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008700	ATCGAA	2	12	1985255	1985266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008700	CATGCG	2	12	2000905	2000916	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008700	TTGGCA	2	12	2003799	2003810	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008700	GATTGG	2	12	2003941	2003952	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008700	GCGACA	2	12	2036840	2036851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008700	CTTTGT	2	12	2133970	2133981	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008700	TTTTTA	2	12	2162815	2162826	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008700	TAAATC	2	12	2175819	2175830	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008700	CAGGCA	2	12	2183803	2183814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008700	AAGTAA	2	12	2183899	2183910	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008700	CCAAGC	2	12	2267749	2267760	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008700	GGTCAC	2	12	2294441	2294452	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008700	GTTATC	2	12	2335026	2335037	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008700	AGGCCA	2	12	2490778	2490789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008700	TTTTTA	2	12	2493867	2493878	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008700	ACCAAT	2	12	2584942	2584953	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008700	CTCCCG	2	12	2592164	2592175	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_008700	CAAAAA	2	12	2592422	2592433	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008700	TAACAT	2	12	2677731	2677742	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008700	TTTAAT	2	12	2850533	2850544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008700	AGGCTT	2	12	2917349	2917360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008700	ATTTTG	2	12	2993810	2993821	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008700	CTTTGC	2	12	3077149	3077160	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008700	CCTTCA	2	12	3109196	3109207	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008700	ATAAGG	2	12	3111091	3111102	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008700	GGTGCT	2	12	3120969	3120980	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008700	GTGTTT	2	12	3195169	3195180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008700	CTTATC	2	12	3293501	3293512	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008700	AAATTT	2	12	3300919	3300930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008700	TAGATG	2	12	3301170	3301181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008700	CAATTG	2	12	3382420	3382431	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008700	CATGCG	2	12	3382894	3382905	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008700	ATGCGC	2	12	3383071	3383082	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008700	CGTAAA	2	12	3426489	3426500	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008700	GTTTTT	2	12	3429121	3429132	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008700	ATCGGG	2	12	3471794	3471805	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008700	AGCCAA	2	12	3485126	3485137	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008700	CAGGGC	2	12	3505440	3505451	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008700	GCTGCC	2	12	3530473	3530484	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008700	CAGACG	2	12	3573414	3573425	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008700	CTGTGC	2	12	3607344	3607355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008700	GCAAAA	2	12	3681978	3681989	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008700	TTTTAT	2	12	3699118	3699129	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008700	ATCGCC	2	12	3776704	3776715	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008700	TTAACG	2	12	3780228	3780239	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008700	TTCTCG	2	12	3829740	3829751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008700	GGTCAG	2	12	3831142	3831153	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008700	CTTGGG	2	12	3887100	3887111	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008700	TACGTC	2	12	3913228	3913239	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008700	TTGATT	2	12	3934593	3934604	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008700	TTTAAA	2	12	3934638	3934649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008700	CGATAG	2	12	3935087	3935098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008700	CGACTA	2	12	3938161	3938172	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008700	CTAAGG	2	12	3942805	3942816	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008700	CTTAAG	2	12	3979008	3979019	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008700	TCTTTT	2	12	4040176	4040187	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_008700	ACCCCG	2	12	4067489	4067500	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_008700	GGTTCA	2	12	4153771	4153782	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008700	CCAAAT	2	12	4195217	4195228	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008700	GTCAGG	2	12	4203482	4203493	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008700	GCAACA	2	12	4236059	4236070	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008700	CCTTCA	2	12	4279116	4279127	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008700	ATAAGG	2	12	4281011	4281022	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008700	ATCTAA	2	12	4299918	4299929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008700	GGGTAA	2	12	4305948	4305959	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.