MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	TAAGGA	2	12	16698	16709	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008533	GAAGTG	2	12	19786	19797	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008533	ACTAAT	2	12	19816	19827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008533	GATAGA	2	12	20405	20416	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008533	TCTTGT	2	12	21051	21062	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008533	AGTTGA	2	12	21714	21725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008533	TAAAAA	2	12	39489	39500	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008533	CATCTC	2	12	40983	40994	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008533	AGTTGA	2	12	41102	41113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008533	AAAAAT	2	12	57081	57092	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008533	TTCTAT	2	12	64660	64671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008533	TAAAAT	2	12	72891	72902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008533	TAAAAA	2	12	89905	89916	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008533	GCTTAT	2	12	104923	104934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008533	TTTGCT	2	12	136842	136853	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008533	ATAAAA	2	12	137233	137244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008533	TATCTC	2	12	140224	140235	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008533	ATAAAT	2	12	142131	142142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008533	TAAAAA	2	12	185496	185507	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008533	TTTTAC	2	12	187621	187632	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008533	TCTTAA	2	12	231738	231749	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008533	GGTTGC	2	12	248519	248530	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008533	TTTTTA	2	12	263289	263300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008533	TCTTTT	2	12	268008	268019	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008533	AGGAGT	2	12	300289	300300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008533	GAAAAA	2	12	305982	305993	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008533	ACAAGA	2	12	312657	312668	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008533	TCTATC	2	12	313302	313313	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008533	GCAGTT	2	12	349392	349403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008533	TGAAAA	2	12	440920	440931	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008533	GCTTGC	2	12	440942	440953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008533	CTTGAA	2	12	481749	481760	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008533	AGGATA	2	12	481943	481954	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008533	TGCTTT	2	12	487063	487074	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008533	GAAAGA	2	12	507361	507372	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008533	TCTTTT	2	12	519351	519362	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008533	AAAGTT	2	12	569895	569906	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008533	ACTTCT	2	12	586526	586537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008533	TAAGAT	2	12	627112	627123	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008533	AGTATT	2	12	628392	628403	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008533	AGGAGC	2	12	628404	628415	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008533	TCTAAG	2	12	628434	628445	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008533	AACATA	2	12	694977	694988	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008533	TCTTGT	2	12	731250	731261	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008533	TAAAAA	2	12	743680	743691	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008533	TTCGGG	2	12	766992	767003	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008533	CATCTC	2	12	769415	769426	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008533	AGTTGA	2	12	769534	769545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008533	TTAAAA	2	12	799864	799875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008533	TATAAA	2	12	803388	803399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008533	GCAATC	2	12	809589	809600	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008533	AAAAAG	2	12	855250	855261	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008533	ACCAAG	2	12	856113	856124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008533	ACAAAC	2	12	862629	862640	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008533	TTTTTA	2	12	875395	875406	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008533	CTATTT	2	12	886872	886883	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008533	AAAAAG	2	12	886921	886932	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008533	GATAGA	2	12	894288	894299	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008533	TTTTCT	2	12	897208	897219	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008533	ATCACT	2	12	906903	906914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008533	TAAAAA	2	12	927651	927662	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008533	TGTCAA	2	12	933268	933279	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008533	AATGGA	2	12	945207	945218	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008533	CAAAAG	2	12	947241	947252	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008533	CATCTC	2	12	979541	979552	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008533	AGTTGA	2	12	979660	979671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008533	CATCTC	2	12	999030	999041	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008533	AGTTGA	2	12	999149	999160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008533	AATTTT	2	12	1060754	1060765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008533	TTTTTG	2	12	1073222	1073233	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008533	GTTTGT	2	12	1082311	1082322	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008533	ACTTGA	2	12	1084131	1084142	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008533	TACTTC	2	12	1084170	1084181	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008533	TGAAAA	2	12	1101171	1101182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008533	AGAAAA	2	12	1143692	1143703	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008533	TAAAAA	2	12	1183057	1183068	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008533	AATCTA	2	12	1213296	1213307	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008533	TAGGTA	2	12	1231170	1231181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008533	TTGAAA	2	12	1242146	1242157	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008533	GATGGT	2	12	1270903	1270914	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008533	TTTTAT	2	12	1282190	1282201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008533	TTTCCT	2	12	1285681	1285692	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008533	TGCTTC	2	12	1339774	1339785	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008533	ACTAAA	2	12	1341114	1341125	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008533	AAATTT	2	12	1355875	1355886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008533	CCGTTT	2	12	1458577	1458588	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008533	GATTGC	2	12	1467041	1467052	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008533	TTAAAA	2	12	1514500	1514511	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008533	AACTTG	2	12	1551618	1551629	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008533	ATTTGA	2	12	1574665	1574676	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008533	TAATCA	2	12	1582624	1582635	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008533	CACTTC	2	12	1596310	1596321	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008533	AAAAAT	2	12	1607240	1607251	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008533	GAACAT	2	12	1619394	1619405	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008533	CTTTCT	2	12	1641704	1641715	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008533	TAGGCT	2	12	1642631	1642642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008533	TCATTA	2	12	1653085	1653096	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008533	TCAACT	2	12	1655474	1655485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008533	GAGATG	2	12	1655593	1655604	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008533	TAATCA	2	12	1673327	1673338	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008533	TCAACT	2	12	1679029	1679040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008533	TAAAAA	2	12	1698277	1698288	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008533	TATTAG	2	12	1700032	1700043	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008533	CACTTC	2	12	1700063	1700074	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008533	TCCTTA	2	12	1703151	1703162	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008533	CCAGAA	2	12	1730599	1730610	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008533	AGGACA	2	12	1782027	1782038	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008533	AAAAAT	2	12	1785543	1785554	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008533	TATTAG	2	12	1797583	1797594	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008533	CACTTC	2	12	1797614	1797625	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008533	TCCTTA	2	12	1800702	1800713	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008533	TCTATC	2	12	1810334	1810345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008533	ATGATT	2	12	1813680	1813691	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008533	CCCGAA	2	12	1858633	1858644	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_008533	TATTAG	2	12	1859508	1859519	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008533	CACTTC	2	12	1859539	1859550	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008533	TCCTTA	2	12	1862627	1862638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_008533	GTTTTT	2	12	1937096	1937107	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008533	TAAATT	2	12	1942892	1942903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008533	TCCAAC	2	12	1948311	1948322	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008533	ACCTTG	2	12	2003377	2003388	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008533	AGAAGT	2	12	2039254	2039265	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.