MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella flexneri 5 str. 8401 chromosome

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008258	GCTGCC	13	78	7105	7182	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008258	GAAAAT	2	12	10678	10689	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008258	TCTCCC	2	12	155997	156008	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_008258	TCACCC	2	12	156048	156059	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_008258	GTAGTG	2	12	190983	190994	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008258	CTGCGC	2	12	203502	203513	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008258	TGGCGC	2	12	203779	203790	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008258	GTGATG	2	12	231857	231868	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008258	ATCCAG	2	12	235018	235029	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008258	ACCCGT	2	12	287250	287261	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008258	CTGTTT	2	12	309917	309928	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008258	TAAGCG	2	12	316388	316399	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008258	AGGAAA	2	12	316944	316955	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008258	TGGTCA	2	12	326286	326297	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008258	TATCGA	2	12	348301	348312	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008258	TACCAA	2	12	353726	353737	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008258	GGTCGC	2	12	420372	420383	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008258	CCAGAA	2	12	420565	420576	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008258	GGAACG	2	12	421524	421535	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008258	TGACGG	2	12	439985	439996	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008258	CAGGCG	2	12	465503	465514	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008258	CAGGAA	2	12	493682	493693	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008258	ATGGAA	2	12	503970	503981	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008258	GGCAGC	2	12	531368	531379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008258	TATGGA	2	12	532995	533006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008258	GCTGAT	2	12	533798	533809	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008258	TCCAGT	2	12	533844	533855	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008258	TGCAAA	2	12	558693	558704	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008258	GAAAAA	2	12	565733	565744	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008258	CATGAA	2	12	572329	572340	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008258	TGACGT	2	12	671673	671684	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008258	GCGCGA	2	12	671862	671873	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008258	CCCGAC	2	12	673419	673430	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_008258	GCGGGC	2	12	675149	675160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008258	GGTAAA	2	12	677019	677030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008258	TATTTT	2	12	692303	692314	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008258	AAAAAC	2	12	740975	740986	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008258	AATATT	2	12	799565	799576	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008258	CGTTGT	2	12	825433	825444	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008258	AAAGAT	2	12	859832	859843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008258	AAAGAG	2	12	861492	861503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008258	TAACCG	2	12	861530	861541	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008258	TGGCCC	2	12	876874	876885	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008258	CATCGT	2	12	877449	877460	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008258	GGCTGG	2	12	906143	906154	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008258	CCTGCG	2	12	906816	906827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008258	ATGTTG	2	12	906836	906847	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008258	TAACCG	2	12	908291	908302	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008258	ACAGGC	2	12	937844	937855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008258	GTGGCA	2	12	956827	956838	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008258	GCATCG	2	12	957095	957106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008258	AAAGAT	2	12	979305	979316	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008258	TAAGGA	2	12	1026605	1026616	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008258	ATAATG	2	12	1028019	1028030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008258	CAGCGG	2	12	1071596	1071607	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008258	ATGGAA	2	12	1081708	1081719	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008258	TTCACT	2	12	1084251	1084262	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008258	ATCAGC	2	12	1086482	1086493	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008258	GTTTTT	2	12	1097773	1097784	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008258	TTACTC	2	12	1100399	1100410	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008258	TAACGC	2	12	1115337	1115348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008258	AAATGC	2	12	1167432	1167443	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008258	TATTGA	2	12	1195881	1195892	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008258	ATAAAG	2	12	1205144	1205155	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008258	ATCGTA	2	12	1226446	1226457	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008258	ACGCTT	2	12	1240499	1240510	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008258	CAGGCT	2	12	1242458	1242469	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008258	CGACAT	2	12	1248025	1248036	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008258	CTTATT	2	12	1302158	1302169	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008258	CAAAAG	2	12	1309492	1309503	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008258	CGGGGG	2	12	1317711	1317722	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008258	CTGATC	2	12	1321237	1321248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008258	GAAACA	2	12	1354346	1354357	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008258	CTATAA	2	12	1365467	1365478	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008258	TTCCAT	2	12	1379457	1379468	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008258	CAGGCG	2	12	1385801	1385812	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008258	TATCGG	2	12	1412846	1412857	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008258	ATGGAA	2	12	1414381	1414392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008258	ACGTTG	2	12	1452506	1452517	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008258	ATGGAA	2	12	1455516	1455527	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008258	AAAGAA	2	12	1470888	1470899	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008258	TGATAT	2	12	1494959	1494970	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008258	TTCCAT	2	12	1501685	1501696	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008258	CGTCAG	2	12	1578251	1578262	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008258	TGACCA	2	12	1581797	1581808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008258	AAAAAC	2	12	1583399	1583410	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008258	ATTTAA	2	12	1586879	1586890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008258	CCGCTG	2	12	1596931	1596942	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008258	AAGCGA	2	12	1608596	1608607	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008258	TGAATA	2	12	1658235	1658246	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008258	GCGAAG	2	12	1669679	1669690	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008258	ATGGAA	2	12	1673624	1673635	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008258	TATTTT	2	12	1673852	1673863	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008258	ATACTT	2	12	1720267	1720278	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008258	AAAATA	2	12	1733909	1733920	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008258	TTCCAT	2	12	1734352	1734363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008258	TGTTTT	2	12	1735318	1735329	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008258	TTCCAT	2	12	1751845	1751856	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008258	CATAAC	2	12	1760606	1760617	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008258	GAACTT	2	12	1761883	1761894	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008258	GCGCTG	2	12	1766348	1766359	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008258	TTCCAT	2	12	1766706	1766717	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008258	TAACGG	2	12	1770978	1770989	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_008258	TATGAA	2	12	1774265	1774276	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008258	CGTAAA	2	12	1812961	1812972	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008258	CCTGCA	2	12	1886244	1886255	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008258	ACTGTC	2	12	1902019	1902030	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008258	CAGTAC	2	12	1918081	1918092	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008258	GCAAAA	2	12	1929236	1929247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008258	ATCCGC	2	12	1929523	1929534	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008258	ACCCAG	2	12	1931087	1931098	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008258	TAACTT	2	12	1947041	1947052	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008258	TAACTA	2	12	1949901	1949912	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_008258	AAGAAC	2	12	1985429	1985440	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008258	AATTCA	2	12	1991599	1991610	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008258	ACTCGA	2	12	1997013	1997024	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008258	TCTTAT	2	12	2005279	2005290	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008258	CTGCGC	2	12	2022145	2022156	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008258	CCCCTG	2	12	2045388	2045399	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_008258	TTTTTC	2	12	2053872	2053883	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008258	ATTTTT	2	12	2077600	2077611	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008258	ATGGAA	2	12	2097648	2097659	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008258	TATAAA	2	12	2112588	2112599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008258	ACGGCA	2	12	2120828	2120839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_008258	GTTCGC	2	12	2129031	2129042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008258	GTTTAG	2	12	2151768	2151779	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008258	CTCCCA	2	12	2161564	2161575	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_008258	TGCCAG	2	12	2180079	2180090	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008258	GAAAAA	2	12	2207891	2207902	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008258	ATACCG	2	12	2208275	2208286	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008258	TTTTTC	2	12	2218285	2218296	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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245	NC_008258	TGAAAA	2	12	4382964	4382975	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
246	NC_008258	TTCAAT	2	12	4447530	4447541	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_008258	TTTTTA	2	12	4465533	4465544	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_008258	TTTAAT	2	12	4496200	4496211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_008258	GTGATT	2	12	4501517	4501528	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
250	NC_008258	CGGTGT	2	12	4514814	4514825	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_008258	ATAGAT	2	12	4514941	4514952	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
252	NC_008258	TTTTCA	2	12	4529313	4529324	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
253	NC_008258	AGTAAA	2	12	4563307	4563318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.