MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingopyxis alaskensis RB2256 chromosome

Total Repeats: 423

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008048	GCGCC	2	10	24560	24569	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_008048	CCAAC	2	10	24755	24764	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_008048	GCGCG	2	10	31665	31674	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_008048	AGGGG	2	10	36005	36014	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008048	GGGAG	2	10	36080	36089	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008048	GAGTC	2	10	79561	79570	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008048	TGCCG	2	10	79614	79623	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_008048	GCTCG	2	10	80218	80227	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008048	ACCCA	2	10	83159	83168	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_008048	ATGTG	2	10	90937	90946	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008048	CGCAT	2	10	97212	97221	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_008048	TCGCT	2	10	98746	98755	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_008048	TGAAG	2	10	107119	107128	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008048	TGGGC	2	10	121149	121158	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008048	TCCCC	2	10	121225	121234	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_008048	GTGCT	2	10	131683	131692	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008048	TCGCC	2	10	139154	139163	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_008048	CCCCA	2	10	142626	142635	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
19	NC_008048	CGTAC	2	10	147121	147130	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_008048	ATGCC	2	10	148944	148953	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008048	CCCCT	2	10	150615	150624	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
22	NC_008048	AGGGG	2	10	150627	150636	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008048	TCGCT	2	10	151975	151984	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_008048	GCGCC	2	10	165350	165359	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
25	NC_008048	AGGGG	2	10	167480	167489	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008048	CCTTT	2	10	167538	167547	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008048	TGCGG	2	10	169126	169135	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008048	CGCAT	2	10	175850	175859	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_008048	GCCTT	2	10	185182	185191	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_008048	GAGCG	2	10	200417	200426	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008048	TTGCC	2	10	213978	213987	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008048	GCTTC	2	10	215118	215127	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_008048	CGAAC	2	10	217425	217434	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_008048	GCCCC	2	10	221310	221319	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
35	NC_008048	AGGAA	2	10	223664	223673	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008048	TGGGG	2	10	227753	227762	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008048	GCCGG	2	10	275653	275662	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008048	GAGCG	2	10	289435	289444	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008048	AGCGA	2	10	290246	290255	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_008048	TCGCT	2	10	290309	290318	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_008048	CTTGC	2	10	295419	295428	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008048	GGGCC	2	10	295736	295745	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_008048	GCCCC	2	10	311860	311869	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
44	NC_008048	TTGAT	2	10	340185	340194	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008048	CCCCA	2	10	340398	340407	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_008048	GCTTC	2	10	341871	341880	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_008048	GCTTC	2	10	379147	379156	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008048	GCGCC	2	10	381522	381531	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_008048	GCGCC	2	10	381557	381566	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_008048	ATCGC	2	10	384965	384974	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_008048	GCTGA	2	10	408292	408301	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008048	GCACT	2	10	420900	420909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008048	GCTAA	2	10	424044	424053	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008048	GAGCT	2	10	427263	427272	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008048	AAAAG	2	10	428900	428909	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008048	CTGCA	2	10	440641	440650	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_008048	ACTTT	2	10	464709	464718	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008048	GTCAA	2	10	465138	465147	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008048	GGGGA	2	10	469798	469807	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008048	GGCCA	2	10	480489	480498	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008048	AGGGA	2	10	482449	482458	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008048	GGCGG	2	10	483264	483273	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008048	CGGCG	2	10	488080	488089	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
64	NC_008048	GAACC	2	10	506948	506957	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008048	CCCCA	2	10	518669	518678	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_008048	TGCAC	2	10	521932	521941	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_008048	GCCGC	2	10	531431	531440	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_008048	CCCCT	2	10	539842	539851	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_008048	AGGGG	2	10	539854	539863	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008048	GCGCC	2	10	558552	558561	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_008048	GCAAG	2	10	559402	559411	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_008048	AGGGG	2	10	562685	562694	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008048	TGGGG	2	10	562696	562705	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008048	CATGT	2	10	562729	562738	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008048	CGCGG	2	10	565300	565309	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008048	TCGCT	2	10	568650	568659	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_008048	GGGCT	2	10	570362	570371	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008048	ATCCC	2	10	571844	571853	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_008048	GGTTT	2	10	578569	578578	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008048	CCTAA	2	10	580140	580149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_008048	GCGCC	2	10	594232	594241	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_008048	TCCCC	2	10	599082	599091	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
83	NC_008048	AGGGG	2	10	599095	599104	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008048	CCAAG	2	10	600393	600402	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_008048	CAGCG	2	10	602321	602330	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_008048	CGGGC	2	10	603780	603789	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_008048	GCCGG	2	10	611744	611753	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
88	NC_008048	GCGCG	2	10	611755	611764	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008048	GGCCG	2	10	618432	618441	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_008048	AGCCG	2	10	638749	638758	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_008048	CGGCG	2	10	639138	639147	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_008048	TGCAG	2	10	639648	639657	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008048	GATCG	2	10	656452	656461	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_008048	GCTTC	2	10	656630	656639	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_008048	GAAAC	2	10	662019	662028	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008048	CCGAG	2	10	674509	674518	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_008048	AGGGG	2	10	677966	677975	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008048	TGGGG	2	10	677977	677986	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008048	CCCCA	2	10	678015	678024	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
100	NC_008048	CCCCT	2	10	678060	678069	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
101	NC_008048	GAAGG	2	10	678070	678079	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008048	AATCA	2	10	686575	686584	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_008048	CGGCC	2	10	708941	708950	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_008048	GCGTG	2	10	712588	712597	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008048	GCTTC	2	10	713891	713900	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008048	CGGCT	2	10	721740	721749	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_008048	GGCGG	2	10	734504	734513	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008048	CGGCC	2	10	746622	746631	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
109	NC_008048	TCCGC	2	10	761548	761557	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_008048	AATCC	2	10	786607	786616	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_008048	GCTTC	2	10	790264	790273	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_008048	CGCAC	2	10	795138	795147	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_008048	GGGCC	2	10	795148	795157	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_008048	TGGGG	2	10	809690	809699	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008048	CCGGC	2	10	817803	817812	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
116	NC_008048	CGCGC	2	10	819089	819098	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
117	NC_008048	CCTGG	2	10	824099	824108	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_008048	GTCTC	2	10	824448	824457	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_008048	CCGGA	2	10	830031	830040	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_008048	TCGGG	2	10	832932	832941	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008048	GCGCG	2	10	843658	843667	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_008048	TCCTC	2	10	880293	880302	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_008048	GCGGG	2	10	895523	895532	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
124	NC_008048	CTCTC	2	10	914884	914893	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_008048	TTGTT	2	10	926987	926996	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008048	GATCG	2	10	936253	936262	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008048	CGGGC	2	10	960539	960548	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_008048	GCGAC	2	10	968199	968208	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_008048	CCAGA	2	10	968377	968386	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_008048	CGCCT	2	10	970593	970602	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_008048	CGTCG	2	10	986408	986417	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_008048	TCGTT	2	10	990946	990955	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_008048	GCTTC	2	10	992282	992291	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_008048	GCGCG	2	10	1001433	1001442	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_008048	CGGCC	2	10	1024223	1024232	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_008048	CCGTG	2	10	1028978	1028987	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_008048	CCCCT	2	10	1031746	1031755	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
138	NC_008048	AGGGG	2	10	1031758	1031767	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008048	TGGGG	2	10	1031769	1031778	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008048	CCCCG	2	10	1031807	1031816	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
141	NC_008048	TGGGG	2	10	1061920	1061929	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008048	GCGGT	2	10	1064018	1064027	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
143	NC_008048	GGGCG	2	10	1067004	1067013	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
144	NC_008048	GAGCG	2	10	1067158	1067167	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
145	NC_008048	AGAGG	2	10	1073176	1073185	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008048	GCTTC	2	10	1073227	1073236	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_008048	CTAAG	2	10	1074331	1074340	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_008048	CGCGC	2	10	1075432	1075441	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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163	NC_008048	CGCTG	2	10	1188017	1188026	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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169	NC_008048	GCGTC	2	10	1261336	1261345	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_008048	GGCGC	2	10	1272434	1272443	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
173	NC_008048	CCCCT	2	10	1281795	1281804	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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175	NC_008048	GCGCG	2	10	1291266	1291275	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_008048	TGCAC	2	10	2042329	2042338	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
263	NC_008048	CAGCG	2	10	2044267	2044276	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
264	NC_008048	GGTTC	2	10	2048472	2048481	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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268	NC_008048	CGCGC	2	10	2107292	2107301	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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270	NC_008048	GCCCG	2	10	2108962	2108971	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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272	NC_008048	AGGGG	2	10	2116189	2116198	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
273	NC_008048	GTGGG	2	10	2116233	2116242	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
274	NC_008048	CCCCA	2	10	2116272	2116281	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
275	NC_008048	CCCCT	2	10	2116283	2116292	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
276	NC_008048	AGGGG	2	10	2116295	2116304	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
277	NC_008048	CATAG	2	10	2123069	2123078	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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279	NC_008048	GAAGC	2	10	2147819	2147828	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
280	NC_008048	CCGGC	2	10	2148150	2148159	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
281	NC_008048	GCGCG	3	15	2151148	2151162	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
282	NC_008048	GGTCC	2	10	2156079	2156088	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
283	NC_008048	GCTCT	2	10	2172606	2172615	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_008048	TCCGG	2	10	2180614	2180623	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
285	NC_008048	CGGAC	2	10	2182901	2182910	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
286	NC_008048	ATGCC	2	10	2187020	2187029	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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409	NC_008048	TTGCC	2	10	3212026	3212035	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
410	NC_008048	CTTAG	2	10	3228073	3228082	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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412	NC_008048	AGGGG	2	10	3230755	3230764	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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421	NC_008048	GGCAA	2	10	3311942	3311951	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
422	NC_008048	GCCGC	2	10	3314160	3314169	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
423	NC_008048	GCGCG	2	10	3321153	3321162	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.