MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. CC9605

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007516	CGCTCC	2	12	36263	36274	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_007516	GGAAGG	2	12	97966	97977	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007516	TTCGTC	2	12	219457	219468	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007516	AGGGAG	2	12	313924	313935	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007516	GATGGG	2	12	328067	328078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007516	CTATAT	2	12	357414	357425	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_007516	TTGATC	2	12	359453	359464	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_007516	GACGAA	2	12	365050	365061	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_007516	ACGGTA	2	12	367078	367089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_007516	GCCAGC	2	12	447266	447277	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007516	GCAGCT	2	12	452338	452349	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_007516	CGCCGG	2	12	452577	452588	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_007516	ATCACC	2	12	479203	479214	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_007516	CTCCAG	2	12	510363	510374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007516	GCTGTT	2	12	520265	520276	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_007516	CTGTGA	2	12	526046	526057	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007516	ACCAAA	2	12	544216	544227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_007516	GTGGAG	2	12	631141	631152	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007516	AAGTCG	2	12	741522	741533	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007516	ACTTTT	2	12	748428	748439	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007516	TTCGCC	2	12	748596	748607	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007516	AATCCG	2	12	748890	748901	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007516	TGCCTT	2	12	752352	752363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007516	TTACTA	2	12	792237	792248	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007516	ACTAAC	2	12	801836	801847	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007516	GCCTGC	2	12	805274	805285	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_007516	CGCTGC	2	12	829205	829216	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007516	GACGAT	2	12	833465	833476	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007516	CGGCGT	2	12	844516	844527	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_007516	TCTGAA	2	12	849103	849114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_007516	GTTGGC	2	12	876444	876455	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_007516	TTCATG	4	24	896436	896459	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_007516	ATTGAG	2	12	908844	908855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007516	CTCGCC	2	12	916478	916489	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_007516	TTGGCG	2	12	916760	916771	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_007516	CTGCTT	2	12	920147	920158	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_007516	TCGGCA	2	12	999334	999345	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007516	ATGCCT	2	12	1007993	1008004	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007516	CGATTT	2	12	1008186	1008197	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_007516	CGATGC	2	12	1012077	1012088	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_007516	TTTTGT	2	12	1023327	1023338	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007516	TGGCGA	2	12	1028001	1028012	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_007516	CCGTCA	2	12	1030195	1030206	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007516	CTTGAG	2	12	1034903	1034914	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007516	AAAGCT	2	12	1095868	1095879	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_007516	ATAGAC	2	12	1152488	1152499	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_007516	AGGGAG	2	12	1156779	1156790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007516	CTACTC	2	12	1159498	1159509	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007516	GACCAG	2	12	1232707	1232718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007516	AAGACC	2	12	1335301	1335312	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007516	GTCAGC	2	12	1356319	1356330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007516	CGTCAC	2	12	1358343	1358354	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_007516	GGCAAG	2	12	1374805	1374816	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_007516	TCAAAC	2	12	1375164	1375175	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_007516	CTGATC	2	12	1376886	1376897	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007516	ACTTTC	2	12	1383815	1383826	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_007516	GACGAG	2	12	1383868	1383879	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_007516	GGGAGG	2	12	1388983	1388994	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007516	AGCCCT	2	12	1390251	1390262	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007516	GCTCAA	2	12	1395535	1395546	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007516	AAGTGG	2	12	1401980	1401991	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007516	GATGCC	2	12	1402615	1402626	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_007516	AAAGGT	2	12	1422256	1422267	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007516	CCCAAA	2	12	1423747	1423758	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007516	CCAGCA	2	12	1425371	1425382	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_007516	AAGTGA	2	12	1455891	1455902	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007516	TGGCAT	2	12	1503866	1503877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_007516	GCTCAG	2	12	1538691	1538702	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_007516	GCCAGC	2	12	1562297	1562308	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_007516	GCCAAG	2	12	1564538	1564549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_007516	AATTAA	2	12	1573101	1573112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007516	TCGAGC	2	12	1579252	1579263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007516	AGGACT	2	12	1581174	1581185	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_007516	CAAAAA	2	12	1591115	1591126	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_007516	AGCCAA	3	18	1613440	1613457	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_007516	GTCTTC	2	12	1628976	1628987	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007516	GGTGCT	2	12	1716387	1716398	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007516	CCCGAT	2	12	1799073	1799084	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007516	AGCAAA	2	12	1826962	1826973	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_007516	CCTCAC	2	12	1910270	1910281	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_007516	GTGCAC	2	12	1915444	1915455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007516	TTGCGT	2	12	1950885	1950896	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007516	TACTGC	2	12	1955607	1955618	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007516	CTGCAG	2	12	1955740	1955751	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007516	TCTCCA	2	12	1961046	1961057	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_007516	ACATTG	2	12	1971414	1971425	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007516	TGCTGA	2	12	2044090	2044101	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_007516	GCGACC	2	12	2081017	2081028	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007516	CCCGGC	2	12	2127091	2127102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_007516	TGACGA	2	12	2128780	2128791	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007516	GATGGT	2	12	2135643	2135654	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007516	CGGAAG	2	12	2191371	2191382	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007516	CGATTC	2	12	2215222	2215233	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_007516	GGAGTT	2	12	2250280	2250291	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007516	AACGCA	2	12	2265706	2265717	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007516	GCCATT	2	12	2265764	2265775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_007516	GACCCT	2	12	2285227	2285238	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007516	ATCAAC	2	12	2313775	2313786	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_007516	ATCAAC	2	12	2314158	2314169	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_007516	ATCAAT	2	12	2316284	2316295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007516	TCCACC	2	12	2317932	2317943	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_007516	AGCCGG	2	12	2351213	2351224	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007516	ACGCAG	2	12	2469444	2469455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.