MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. CC9902 chromosome

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007513	CCGTT	2	10	29730	29739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007513	TGCTG	2	10	31796	31805	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007513	TTAGT	2	10	32810	32819	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007513	TGTTT	2	10	37164	37173	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007513	TGCTC	2	10	51356	51365	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007513	GGTTT	2	10	54402	54411	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007513	TTCAG	2	10	62120	62129	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007513	ACTTA	2	10	82583	82592	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007513	GGAAT	2	10	82864	82873	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007513	TTTTA	2	10	96491	96500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007513	ATCTT	2	10	127114	127123	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007513	TTTTC	2	10	129564	129573	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007513	AAAAC	2	10	141535	141544	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007513	GAATT	2	10	167478	167487	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007513	CGATC	2	10	186994	187003	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007513	ATTTG	2	10	201716	201725	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007513	TTGGC	2	10	258967	258976	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007513	TTGTC	2	10	326423	326432	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007513	AATCA	2	10	347088	347097	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007513	CTCAA	2	10	372658	372667	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007513	GTCGC	2	10	372995	373004	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007513	TCGTG	2	10	374325	374334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007513	ACTGA	2	10	375940	375949	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007513	GGGAG	2	10	376082	376091	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007513	AGCCA	2	10	377014	377023	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007513	GGTGG	2	10	377190	377199	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007513	AAGTG	2	10	400646	400655	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007513	TTTAG	2	10	411584	411593	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007513	GATTT	2	10	412971	412980	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007513	CTTTC	2	10	445942	445951	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_007513	TGGTT	2	10	448828	448837	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007513	TTGCC	2	10	449944	449953	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007513	AATCC	2	10	450396	450405	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007513	TTATT	2	10	451192	451201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007513	AAGTG	2	10	451645	451654	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007513	CCGAT	2	10	458107	458116	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_007513	CTTCA	2	10	458581	458590	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_007513	AGTTG	2	10	458999	459008	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007513	AACAG	2	10	463860	463869	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007513	CCATG	2	10	464716	464725	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007513	CTTTG	2	10	488062	488071	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007513	ATTCG	2	10	492685	492694	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007513	TTCAG	2	10	500760	500769	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_007513	ATTTG	2	10	512689	512698	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007513	GACAG	2	10	518689	518698	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_007513	CAAAG	2	10	520888	520897	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_007513	GTGAG	2	10	546530	546539	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007513	TCGCT	2	10	547728	547737	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007513	TTGTT	2	10	548019	548028	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007513	CCCCT	2	10	552881	552890	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_007513	CGCTC	2	10	584498	584507	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_007513	CCAAG	2	10	586762	586771	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_007513	TTCGA	2	10	587793	587802	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007513	CAACG	2	10	591847	591856	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007513	TTGCT	2	10	594541	594550	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007513	AATTT	2	10	595678	595687	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007513	TGGCC	2	10	610435	610444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_007513	CAGTC	2	10	610628	610637	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007513	TGCTC	2	10	719424	719433	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007513	TGATC	2	10	721001	721010	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007513	GCAAG	2	10	734188	734197	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007513	ATGGA	2	10	746496	746505	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007513	GCCAA	2	10	759974	759983	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_007513	GCGAA	2	10	760434	760443	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007513	CAATG	2	10	774019	774028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007513	CGCTC	2	10	774948	774957	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_007513	TGAGT	2	10	813212	813221	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007513	GTGAC	2	10	817593	817602	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007513	ATTTA	2	10	830492	830501	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007513	GCCAG	2	10	831614	831623	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_007513	TTGAG	2	10	932230	932239	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007513	TGCGT	2	10	932263	932272	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007513	TGTGG	2	10	935177	935186	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007513	CTCAA	2	10	942547	942556	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007513	TCTGT	2	10	947954	947963	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_007513	CACTG	2	10	948012	948021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_007513	AAATT	2	10	960245	960254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007513	AAAAT	2	10	962389	962398	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007513	TTGGC	2	10	965505	965514	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_007513	GGCCT	2	10	966705	966714	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007513	TCAAA	2	10	976207	976216	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007513	AATTT	2	10	977057	977066	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007513	TAAAT	2	10	977528	977537	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007513	ATTGA	2	10	979399	979408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007513	TCGAA	2	10	980118	980127	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007513	GATCA	2	10	994643	994652	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_007513	GGTGT	2	10	998769	998778	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007513	TGCAT	2	10	1000804	1000813	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_007513	AGTGG	2	10	1016731	1016740	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007513	CACCG	2	10	1123655	1123664	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_007513	AGCTG	2	10	1156866	1156875	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007513	GTTCA	2	10	1164756	1164765	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007513	TCCTG	2	10	1165730	1165739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007513	GTATT	2	10	1167459	1167468	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007513	TAATT	2	10	1171333	1171342	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007513	AAATC	2	10	1171384	1171393	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007513	TGGAG	2	10	1172852	1172861	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007513	GTTAA	2	10	1173307	1173316	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007513	GAATC	2	10	1191724	1191733	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007513	CCATC	2	10	1251051	1251060	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_007513	TTGGT	2	10	1269975	1269984	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007513	TTTGA	2	10	1270486	1270495	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007513	GGCAC	2	10	1303228	1303237	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007513	CAAGC	2	10	1303918	1303927	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_007513	AAGGC	2	10	1309191	1309200	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007513	AGATA	2	10	1341544	1341553	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007513	GCTGG	2	10	1381027	1381036	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_007513	AAACA	2	10	1381286	1381295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007513	AGAAA	2	10	1381336	1381345	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007513	CAGCC	2	10	1388560	1388569	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_007513	ATCGC	2	10	1391234	1391243	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_007513	AAAGC	2	10	1395252	1395261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007513	CAAAG	2	10	1396664	1396673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007513	ATCAA	2	10	1410683	1410692	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007513	TTGCT	2	10	1414112	1414121	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_007513	TGATT	2	10	1423317	1423326	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007513	ACATC	2	10	1427943	1427952	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_007513	TAGAG	2	10	1428231	1428240	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007513	GCTGA	2	10	1428478	1428487	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007513	GATGG	2	10	1429629	1429638	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007513	CAAAC	2	10	1431925	1431934	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_007513	CATGC	2	10	1432837	1432846	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007513	CAGTC	2	10	1443207	1443216	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_007513	TCGCT	2	10	1456073	1456082	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_007513	CATCA	2	10	1462765	1462774	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_007513	AAATT	2	10	1463456	1463465	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007513	GACCA	2	10	1464220	1464229	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_007513	GCCAC	2	10	1470546	1470555	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_007513	AACCA	2	10	1504925	1504934	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007513	CAAAA	2	10	1540436	1540445	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_007513	CCTCA	2	10	1540517	1540526	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_007513	CCTAG	2	10	1540531	1540540	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_007513	TCTCT	2	10	1540961	1540970	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_007513	AAAAC	2	10	1541987	1541996	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_007513	TCCAT	2	10	1546478	1546487	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_007513	GAATT	2	10	1546492	1546501	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007513	CCAAG	2	10	1547446	1547455	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007513	AACCC	2	10	1588491	1588500	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_007513	GCAGG	2	10	1627764	1627773	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007513	AATTT	2	10	1633327	1633336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007513	AAGCA	2	10	1633352	1633361	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007513	GATGA	2	10	1636218	1636227	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007513	ACAGA	2	10	1644787	1644796	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_007513	CTCCC	2	10	1668287	1668296	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
145	NC_007513	TGGCT	2	10	1686398	1686407	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007513	ACAAA	2	10	1730937	1730946	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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148	NC_007513	TTGAA	2	10	1752919	1752928	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007513	TGGCT	2	10	1775046	1775055	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_007513	CTCCC	2	10	1775978	1775987	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
151	NC_007513	CAGTT	2	10	1776121	1776130	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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160	NC_007513	ATCCA	2	10	1837400	1837409	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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163	NC_007513	GACAA	2	10	1909046	1909055	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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174	NC_007513	GAACT	2	10	2104125	2104134	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
175	NC_007513	GCCTC	2	10	2132219	2132228	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
176	NC_007513	CAGAC	2	10	2133888	2133897	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_007513	TCATT	2	10	2134983	2134992	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
178	NC_007513	CTTGC	2	10	2136918	2136927	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
179	NC_007513	AAAAC	2	10	2136993	2137002	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
180	NC_007513	CTCAA	2	10	2184628	2184637	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
181	NC_007513	CAATT	2	10	2201064	2201073	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.