MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007385	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007385	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007385	GCGA	2	8	244	251	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007385	GTAG	2	8	968	975	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007385	AATT	2	8	2345	2352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007385	AAAT	2	8	2362	2369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007385	TAAG	2	8	4810	4817	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007385	TAAA	2	8	4907	4914	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007385	ATTG	2	8	8389	8396	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007385	CATT	2	8	10119	10126	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007385	ATTG	2	8	11895	11902	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007385	TTGA	2	8	15628	15635	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007385	CAAC	2	8	15806	15813	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007385	ACTA	2	8	15926	15933	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_007385	AAAC	2	8	17710	17717	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_007385	ACGA	2	8	17764	17771	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007385	ATGA	2	8	18525	18532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007385	AAGT	2	8	19386	19393	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007385	TCAG	2	8	19859	19866	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007385	CAGA	2	8	25839	25846	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007385	CCGT	2	8	26350	26357	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007385	ATTC	2	8	26493	26500	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_007385	TGCA	2	8	26560	26567	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007385	GCCA	2	8	29628	29635	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007385	AATG	2	8	31106	31113	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007385	CAGT	2	8	31269	31276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_007385	CCAC	2	8	33640	33647	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_007385	AGAT	2	8	38108	38115	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007385	TTTA	2	8	38140	38147	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007385	ATAC	2	8	40938	40945	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_007385	CGCC	2	8	44010	44017	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_007385	ATTA	2	8	44704	44711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007385	ATCA	2	8	46403	46410	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_007385	TCTG	2	8	48891	48898	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_007385	AGGA	2	8	49328	49335	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007385	GTAA	2	8	49855	49862	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007385	CCTC	2	8	53331	53338	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
39	NC_007385	TACT	2	8	53434	53441	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007385	AATA	2	8	53532	53539	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007385	AACT	2	8	53546	53553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007385	AACC	2	8	55510	55517	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_007385	TGAA	2	8	58928	58935	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007385	CTGT	2	8	58999	59006	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007385	TGTA	2	8	63064	63071	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007385	GATA	2	8	63227	63234	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007385	CTGT	2	8	63390	63397	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007385	CTTA	2	8	67025	67032	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007385	ATAC	2	8	67286	67293	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_007385	TCCT	2	8	69117	69124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007385	CAGA	2	8	69554	69561	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007385	GGAA	2	8	71984	71991	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007385	CTGG	2	8	74922	74929	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_007385	GCAG	2	8	76627	76634	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007385	TGAA	2	8	76775	76782	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007385	TAAG	2	8	76870	76877	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007385	CTAT	2	8	76898	76905	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007385	TCGG	2	8	76915	76922	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_007385	GACG	2	8	77153	77160	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007385	GTTC	2	8	77200	77207	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_007385	AAAT	2	8	78459	78466	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007385	TGTA	2	8	80005	80012	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007385	CAAT	2	8	89548	89555	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_007385	AATT	2	8	103779	103786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007385	TCAT	2	8	108902	108909	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_007385	CTTT	2	8	109208	109215	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007385	GTTT	2	8	109331	109338	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007385	TCTG	2	8	110135	110142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007385	AGGA	2	8	110572	110579	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007385	ATCG	2	8	110616	110623	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_007385	CATC	2	8	110655	110662	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_007385	ATTG	2	8	110715	110722	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007385	CTGA	2	8	114148	114155	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_007385	GACA	2	8	114789	114796	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007385	GTTT	2	8	115072	115079	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007385	CCTG	2	8	117246	117253	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_007385	ATTG	2	8	121027	121034	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007385	CTTA	2	8	122068	122075	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007385	TCAA	2	8	122188	122195	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007385	GCAG	2	8	122409	122416	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007385	TCGT	2	8	122497	122504	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007385	AGAA	2	8	125809	125816	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007385	AGGA	2	8	135930	135937	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007385	CTTC	2	8	137433	137440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007385	ATTC	2	8	139055	139062	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_007385	TAAA	2	8	140147	140154	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007385	CTGG	2	8	143784	143791	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_007385	CCGT	2	8	143821	143828	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007385	TCCT	2	8	143893	143900	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_007385	CAGA	2	8	144330	144337	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_007385	GACG	2	8	145634	145641	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007385	GTGA	2	8	145718	145725	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007385	TTAC	2	8	146087	146094	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007385	TAAA	2	8	155104	155111	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007385	TCCT	2	8	155206	155213	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_007385	CAGA	2	8	155643	155650	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007385	GTGG	2	8	162577	162584	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007385	TCCT	2	8	165031	165038	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007385	CAGA	2	8	165468	165475	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_007385	TCCT	2	8	173644	173651	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_007385	CAGA	2	8	174081	174088	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_007385	GTGG	2	8	176299	176306	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007385	GCCT	2	8	176449	176456	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_007385	GCTG	2	8	176457	176464	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_007385	TCAT	2	8	178325	178332	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007385	ATAA	2	8	178595	178602	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007385	CGTT	2	8	179757	179764	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007385	GCCA	2	8	179796	179803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_007385	AGGC	2	8	179853	179860	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007385	TGGC	2	8	180524	180531	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007385	GCTC	2	8	180724	180731	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_007385	TACA	2	8	181699	181706	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007385	GACA	2	8	181969	181976	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007385	CCGA	2	8	182008	182015	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007385	CCCG	2	8	182121	182128	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
116	NC_007385	ATAA	2	8	183123	183130	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007385	CATA	2	8	184783	184790	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_007385	TTCG	2	8	187564	187571	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007385	TGAT	2	8	188051	188058	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007385	CCAG	2	8	189257	189264	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_007385	TCTG	2	8	190302	190309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007385	AGGA	2	8	190739	190746	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007385	ATAA	2	8	193392	193399	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007385	AATA	2	8	197000	197007	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007385	TATT	2	8	197051	197058	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007385	AACA	2	8	206770	206777	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007385	TGAT	2	8	208240	208247	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007385	CCAG	2	8	209446	209453	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_007385	TATC	2	8	211570	211577	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007385	TTGA	2	8	211886	211893	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007385	CAAC	2	8	212064	212071	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_007385	TGAT	2	8	212780	212787	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007385	AGGT	2	8	212869	212876	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007385	AATA	2	8	212945	212952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007385	TTAA	2	8	212993	213000	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.