MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 chromosome

Total Repeats: 230

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007384	TGCCGC	2	12	7108	7119	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_007384	GAAAAT	2	12	11389	11400	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007384	CGCTGG	2	12	56101	56112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007384	AAGGGA	2	12	92891	92902	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007384	CGCCAT	2	12	156872	156883	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007384	TTCAAT	2	12	169356	169367	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_007384	TCTCCC	2	12	178741	178752	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_007384	TCACCC	2	12	178792	178803	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_007384	GTAGTG	2	12	215301	215312	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007384	TTCTTT	2	12	331209	331220	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_007384	GAAATA	2	12	348761	348772	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007384	AAGAAA	2	12	349797	349808	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007384	GTCTGC	2	12	356355	356366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007384	AACAAT	2	12	390656	390667	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_007384	TATTGA	2	12	395312	395323	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007384	TTTTCA	2	12	464675	464686	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007384	TTTCAG	2	12	469402	469413	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_007384	CAGGCG	2	12	483515	483526	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007384	GATTAC	2	12	534005	534016	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007384	TGCAAA	2	12	572098	572109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_007384	TGGCGA	2	12	595562	595573	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_007384	ATTTTT	2	12	671210	671221	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007384	TTTACC	2	12	682122	682133	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007384	TCTTCC	3	18	765707	765724	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_007384	AATATT	2	12	809845	809856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007384	CAGAAA	2	12	821860	821871	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007384	AGATAA	2	12	868251	868262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007384	AAACTG	2	12	870012	870023	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_007384	AAAGAG	2	12	878147	878158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007384	TAACCG	2	12	878185	878196	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007384	GCGCTG	2	12	881150	881161	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_007384	TCACCA	2	12	930945	930956	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_007384	TAACCG	2	12	936642	936653	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007384	AAATAA	2	12	968881	968892	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007384	AAAGAT	2	12	1004288	1004299	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007384	GCGGCT	2	12	1012217	1012228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_007384	TGTCCA	2	12	1025869	1025880	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007384	CGCGAT	2	12	1047967	1047978	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007384	TAAGGA	2	12	1048912	1048923	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007384	ATAATG	2	12	1050326	1050337	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007384	CTGGCG	2	12	1079788	1079799	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007384	GTAGCT	2	12	1102613	1102624	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_007384	CGAAAT	2	12	1111299	1111310	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007384	CTGAGA	2	12	1148457	1148468	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_007384	CTATAG	2	12	1149047	1149058	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_007384	GGGGTA	2	12	1150690	1150701	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007384	CAAAAA	2	12	1162525	1162536	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_007384	TTTAGC	2	12	1239121	1239132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_007384	ACGCTT	2	12	1263402	1263413	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007384	ACTCGA	2	12	1263422	1263433	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007384	CAGGCT	2	12	1263554	1263565	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007384	GGCGCA	2	12	1269539	1269550	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_007384	ATAAGA	2	12	1275723	1275734	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007384	TGAATT	2	12	1290695	1290706	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007384	CATTAA	2	12	1297820	1297831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_007384	ATGGTC	2	12	1330446	1330457	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007384	TTGAAG	2	12	1333684	1333695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007384	GTACTG	2	12	1348262	1348273	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007384	GGCGGG	2	12	1348287	1348298	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007384	GACAGT	2	12	1370761	1370772	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_007384	TGCAAT	2	12	1396544	1396555	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007384	ACGTTG	2	12	1411783	1411794	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_007384	TATAAA	2	12	1426275	1426286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007384	AAAGAA	2	12	1430172	1430183	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007384	GTAATA	2	12	1449189	1449200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007384	GATGCC	2	12	1485454	1485465	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_007384	CTGTTC	2	12	1513182	1513193	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_007384	ATATTT	2	12	1533257	1533268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007384	CTTTTT	2	12	1547356	1547367	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007384	AGTCTT	2	12	1556276	1556287	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_007384	AAAACA	2	12	1556536	1556547	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_007384	TTATTT	2	12	1557168	1557179	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007384	TAAGTA	2	12	1570831	1570842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007384	CGCCAG	2	12	1578846	1578857	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007384	ATATTT	2	12	1667313	1667324	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007384	CATAAC	3	18	1710055	1710072	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007384	TAACGG	2	12	1720331	1720342	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007384	TATGAA	2	12	1723618	1723629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007384	ATCAAT	2	12	1734516	1734527	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_007384	ATATCA	2	12	1734550	1734561	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007384	GTTTTT	2	12	1735981	1735992	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007384	GCTTAT	2	12	1765231	1765242	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_007384	CGGTTA	2	12	1776318	1776329	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_007384	ATTTAT	2	12	1776453	1776464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007384	TTTTAT	2	12	1796561	1796572	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007384	GATCGT	2	12	1809469	1809480	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007384	TGAGCG	3	18	1811990	1812007	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_007384	TCATTT	2	12	1857164	1857175	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_007384	CAGTAG	2	12	1861851	1861862	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_007384	GATTCG	2	12	1877861	1877872	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_007384	CTGTTT	2	12	1878285	1878296	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_007384	CGCCCT	2	12	1933529	1933540	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_007384	AGTTAT	2	12	1942255	1942266	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007384	CTGTTT	2	12	1953378	1953389	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_007384	CTTTTC	2	12	1997412	1997423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007384	AAAAAC	2	12	2000374	2000385	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007384	TAACGC	2	12	2010384	2010395	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_007384	GATCAG	2	12	2024013	2024024	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_007384	ACCCCC	2	12	2027538	2027549	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
100	NC_007384	CTTTTG	2	12	2035758	2035769	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007384	GTGTAT	2	12	2093384	2093395	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007384	TGACTT	2	12	2115578	2115589	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_007384	ACGCTG	2	12	2130817	2130828	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_007384	ACAGAC	2	12	2134822	2134833	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_007384	GTACTG	2	12	2140721	2140732	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_007384	TTTTGT	2	12	2195472	2195483	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007384	TCCCCC	2	12	2225039	2225050	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
108	NC_007384	CGGAAC	2	12	2247488	2247499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_007384	GCTGTG	2	12	2271971	2271982	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_007384	TTTTTC	2	12	2279617	2279628	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_007384	CAGTAG	2	12	2285236	2285247	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_007384	TCTTCC	2	12	2336634	2336645	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_007384	CCCAGC	2	12	2351644	2351655	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_007384	GCCGCA	2	12	2352144	2352155	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_007384	CGCAGG	2	12	2405395	2405406	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_007384	CCATGC	2	12	2405965	2405976	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_007384	CAGCGT	2	12	2406457	2406468	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_007384	CCTGCG	2	12	2412950	2412961	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_007384	CGCCAT	2	12	2417067	2417078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_007384	GTCTTG	2	12	2448528	2448539	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_007384	TAAATG	2	12	2477899	2477910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007384	TGTCAC	2	12	2491526	2491537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_007384	ATAAGG	2	12	2494135	2494146	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007384	AGAAAA	2	12	2502583	2502594	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007384	CTGCAA	2	12	2523335	2523346	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_007384	TAAAAA	2	12	2537641	2537652	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007384	GTTGAC	2	12	2538001	2538012	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_007384	CTAGAG	2	12	2543113	2543124	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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130	NC_007384	AACATC	2	12	2578311	2578322	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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132	NC_007384	GTTAAC	2	12	2589421	2589432	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.