MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	ATGAA	2	10	1870	1879	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004349	AAAAT	2	10	11883	11892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004349	GGCGT	2	10	12693	12702	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_004349	CCAAA	2	10	22513	22522	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_004349	AGATT	2	10	26067	26076	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004349	TCGCT	2	10	28231	28240	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_004349	CAGAC	2	10	32318	32327	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_004349	AATCT	2	10	35845	35854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_004349	TCAGA	2	10	35884	35893	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004349	TTAGT	2	10	43033	43042	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004349	TAGTT	2	10	44503	44512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004349	CTTTG	2	10	46359	46368	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_004349	CCAAC	2	10	63096	63105	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_004349	TGATC	2	10	65599	65608	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_004349	TTTTC	2	10	87148	87157	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_004349	TCTAT	2	10	87265	87274	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_004349	AATAA	2	10	94516	94525	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004349	AATAA	2	10	100439	100448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004349	CTGAG	2	10	106159	106168	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_004349	TCACG	2	10	107801	107810	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_004349	AAATT	2	10	108914	108923	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004349	CAAAC	2	10	110552	110561	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_004349	CATCA	2	10	112630	112639	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_004349	ATTTT	2	10	112797	112806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004349	CTGAT	2	10	117227	117236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_004349	GATCA	2	10	118252	118261	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_004349	CGTTG	2	10	119233	119242	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_004349	AGAGC	2	10	121921	121930	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_004349	TATCT	2	10	126342	126351	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_004349	TTTAA	2	10	134770	134779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004349	ATTAC	2	10	136220	136229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_004349	TATAG	2	10	147223	147232	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004349	TTATC	2	10	148967	148976	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004349	ATGGC	2	10	150282	150291	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_004349	AACTA	2	10	161340	161349	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.