MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	AGCG	2	8	487	494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_004349	CATG	2	8	1791	1798	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_004349	GTTA	2	8	1892	1899	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004349	CACT	2	8	2177	2184	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_004349	ATTA	2	8	2561	2568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004349	AACG	2	8	6971	6978	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004349	AATT	2	8	9368	9375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004349	TAAT	2	8	9414	9421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004349	TGGG	2	8	12047	12054	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004349	CGGG	2	8	12099	12106	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11	NC_004349	GAAA	2	8	17662	17669	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004349	AGGC	2	8	17726	17733	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_004349	AAGA	2	8	17879	17886	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004349	CAAC	2	8	18322	18329	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_004349	ATTT	2	8	18728	18735	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004349	TGTC	2	8	22703	22710	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_004349	TAAA	2	8	24713	24720	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004349	ATAA	2	8	27744	27751	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004349	TCGG	2	8	28218	28225	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_004349	GCAA	2	8	28267	28274	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_004349	ACCA	2	8	32100	32107	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_004349	TTAG	2	8	37937	37944	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004349	ATGC	2	8	38026	38033	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_004349	TTCC	2	8	38758	38765	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_004349	TGAT	2	8	42807	42814	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004349	AAAT	2	8	43391	43398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004349	ATTA	2	8	43585	43592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004349	TCTT	2	8	43654	43661	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_004349	TTCA	2	8	44386	44393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_004349	GTAA	2	8	44788	44795	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004349	TTGC	2	8	46233	46240	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_004349	GAAT	2	8	46525	46532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004349	ATTA	2	8	48257	48264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004349	CTAA	2	8	48415	48422	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_004349	GAAA	2	8	48452	48459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004349	ACTT	2	8	49631	49638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_004349	TAGC	2	8	49664	49671	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_004349	TTGT	2	8	49695	49702	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004349	TAGC	2	8	49706	49713	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_004349	TATC	2	8	49714	49721	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_004349	AGCT	2	8	50801	50808	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_004349	ATTA	2	8	50817	50824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004349	CTGG	2	8	51518	51525	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_004349	ACTG	2	8	52190	52197	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_004349	CATA	2	8	52219	52226	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_004349	CGGA	2	8	52387	52394	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_004349	AATT	2	8	52664	52671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004349	TAAT	2	8	56322	56329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004349	AAAT	2	8	58689	58696	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004349	ATTT	3	12	59583	59594	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004349	CATC	2	8	60199	60206	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_004349	AATT	2	8	60252	60259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004349	ATTA	2	8	60274	60281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004349	AATT	2	8	61863	61870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004349	TTAT	2	8	62608	62615	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004349	GCCA	2	8	65852	65859	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_004349	GATA	2	8	67179	67186	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004349	CTAT	2	8	67911	67918	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_004349	AAAT	2	8	68764	68771	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004349	AAGA	2	8	68983	68990	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004349	TTAC	2	8	69008	69015	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_004349	AACA	2	8	71039	71046	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_004349	CCAG	2	8	71167	71174	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_004349	TTCA	2	8	71212	71219	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_004349	GTTG	2	8	71318	71325	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004349	TGCA	2	8	71479	71486	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_004349	ATTG	2	8	71612	71619	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004349	GAAT	2	8	71924	71931	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004349	GAAC	2	8	73075	73082	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_004349	ATTT	2	8	76975	76982	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004349	AGAC	2	8	79490	79497	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_004349	AAAT	2	8	81740	81747	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004349	ACTG	2	8	82507	82514	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_004349	CATA	2	8	82536	82543	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_004349	CGGA	2	8	82704	82711	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_004349	AACA	2	8	82873	82880	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_004349	CTGG	2	8	85042	85049	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_004349	TTAT	2	8	87363	87370	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004349	TAAT	2	8	87399	87406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004349	TGTC	2	8	87442	87449	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_004349	TAAT	2	8	87577	87584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004349	AGGC	2	8	87653	87660	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_004349	CAAA	2	8	87681	87688	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_004349	GATG	2	8	88527	88534	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004349	ACTT	2	8	89926	89933	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_004349	TCAT	2	8	90059	90066	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_004349	ACTG	2	8	98914	98921	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_004349	TGAT	2	8	98928	98935	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004349	GGAA	2	8	106137	106144	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004349	GCTC	2	8	106203	106210	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_004349	CAAG	2	8	106342	106349	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_004349	ACTG	2	8	106399	106406	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_004349	GACA	2	8	107598	107605	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_004349	AAAC	2	8	107714	107721	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_004349	ACCC	2	8	107743	107750	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_004349	AAAT	2	8	108938	108945	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004349	TTAA	2	8	108991	108998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004349	ACAA	2	8	109100	109107	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_004349	ATTA	2	8	109988	109995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004349	AAAC	2	8	110603	110610	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_004349	TTCA	2	8	110856	110863	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_004349	GTTG	2	8	111190	111197	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004349	GATA	2	8	112555	112562	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004349	TTAG	2	8	113093	113100	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004349	AACT	2	8	118134	118141	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_004349	TGAT	2	8	118291	118298	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004349	ATCA	2	8	118356	118363	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_004349	TTTA	2	8	118666	118673	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004349	CTCC	2	8	118944	118951	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_004349	CCTC	2	8	118952	118959	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_004349	ATTT	2	8	118977	118984	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004349	TACC	2	8	119427	119434	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_004349	AATC	2	8	119937	119944	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_004349	AATT	2	8	120042	120049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004349	TGAT	2	8	121825	121832	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004349	GGCA	2	8	122123	122130	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_004349	TCGG	2	8	122502	122509	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_004349	GCGT	2	8	122664	122671	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_004349	GTAG	2	8	122876	122883	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004349	TGGA	2	8	123425	123432	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004349	CAGT	2	8	123503	123510	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_004349	GTCG	2	8	124294	124301	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_004349	GCTA	2	8	124454	124461	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_004349	GCTG	2	8	124889	124896	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_004349	AGTT	2	8	130691	130698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004349	GACA	2	8	131928	131935	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_004349	TTTC	2	8	134284	134291	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_004349	TTCC	2	8	134387	134394	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_004349	AGAC	2	8	136353	136360	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_004349	ATTA	2	8	147207	147214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004349	TCAG	2	8	148012	148019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_004349	ATTG	2	8	150253	150260	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004349	ACTT	2	8	151270	151277	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_004349	ATGA	2	8	151543	151550	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004349	CATA	2	8	151597	151604	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_004349	CTTT	2	8	151810	151817	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004349	ATTG	2	8	151959	151966	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004349	CATC	2	8	152016	152023	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_004349	CTGT	2	8	152588	152595	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_004349	TTTA	2	8	154010	154017	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004349	GAGC	2	8	161476	161483	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.