MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 chromosome

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004347	TGATAT	2	12	23285	23296	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004347	ATCGCC	2	12	59787	59798	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_004347	AGGTGA	2	12	72002	72013	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004347	AGCACC	2	12	209541	209552	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_004347	AAGCGA	2	12	209643	209654	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_004347	TGCCTA	2	12	213419	213430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_004347	ATACGT	2	12	223303	223314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_004347	TTATCA	2	12	245452	245463	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_004347	TGAAGG	2	12	272857	272868	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004347	TGAAGA	2	12	279904	279915	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004347	TAAGCC	2	12	408319	408330	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_004347	AATGTG	2	12	444757	444768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004347	GCGATG	2	12	483596	483607	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_004347	ACGCTA	2	12	484289	484300	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_004347	TCAAAG	2	12	488831	488842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_004347	AACGAT	2	12	506980	506991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_004347	AATCAG	2	12	518257	518268	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_004347	ATCTGA	2	12	520302	520313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_004347	TGGCTA	2	12	528858	528869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_004347	GCATGT	2	12	531681	531692	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_004347	TAAGTA	2	12	545111	545122	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004347	TTTAAA	2	12	577999	578010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004347	AGGCTA	2	12	583236	583247	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_004347	CTTGAA	2	12	597470	597481	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_004347	TAAAGA	2	12	600656	600667	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004347	ACTAAA	2	12	629688	629699	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_004347	TATTCA	2	12	643156	643167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_004347	AAGATA	2	12	643384	643395	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004347	TAAAAC	2	12	643426	643437	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_004347	GCGAAA	2	12	657993	658004	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_004347	TTTAAA	2	12	670084	670095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004347	CATTTT	2	12	717987	717998	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_004347	TTACAC	2	12	769368	769379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_004347	CGCTTT	2	12	785038	785049	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_004347	TTTGGT	2	12	921504	921515	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004347	TTTTAG	2	12	934896	934907	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004347	AACCAA	2	12	946363	946374	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_004347	ATCCCA	2	12	949260	949271	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_004347	CATCTA	2	12	959179	959190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_004347	ATTTTT	2	12	965382	965393	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004347	AGCTTA	3	18	997784	997801	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_004347	AGATTG	2	12	997802	997813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004347	CAGTGC	2	12	998354	998365	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_004347	ACTAAT	2	12	998511	998522	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_004347	ATATTT	2	12	1003382	1003393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004347	GCCTGA	2	12	1013543	1013554	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_004347	TTCATT	2	12	1013751	1013762	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_004347	TTTGAT	2	12	1063644	1063655	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004347	GCATCA	2	12	1071510	1071521	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_004347	ATTCAA	2	12	1111496	1111507	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_004347	ATCCAT	2	12	1128517	1128528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_004347	CGCTAG	2	12	1139103	1139114	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_004347	ATTGGC	2	12	1155540	1155551	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_004347	TTGATT	2	12	1177158	1177169	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004347	GCAAAT	2	12	1177232	1177243	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_004347	GCGAGC	2	12	1190899	1190910	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_004347	TTTGTG	2	12	1262416	1262427	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004347	TGTAAT	2	12	1264662	1264673	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004347	CCAAAC	2	12	1291773	1291784	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_004347	CTATCA	2	12	1298732	1298743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_004347	GTTAAT	2	12	1328654	1328665	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004347	TTTGGT	2	12	1332086	1332097	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004347	TGAAGA	2	12	1335105	1335116	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004347	CCGATA	2	12	1371082	1371093	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_004347	GTAGCA	2	12	1411770	1411781	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_004347	AGGGCG	2	12	1425145	1425156	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_004347	ATTTTT	2	12	1442908	1442919	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004347	CACGAC	2	12	1454449	1454460	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_004347	TCATTC	2	12	1460725	1460736	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_004347	ATTCAT	2	12	1481399	1481410	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_004347	AAATTT	2	12	1482507	1482518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004347	TGGGGA	2	12	1487362	1487373	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004347	AAGTAA	2	12	1497913	1497924	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004347	CCATCC	2	12	1501661	1501672	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_004347	AGTAAG	2	12	1526909	1526920	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004347	CTAGAT	2	12	1535007	1535018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_004347	AATGAT	2	12	1548474	1548485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004347	TGTTAT	2	12	1548739	1548750	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004347	ACGTAA	2	12	1548759	1548770	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_004347	TTGTTT	2	12	1557535	1557546	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004347	CTTTCT	2	12	1593925	1593936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_004347	AAATAG	2	12	1604314	1604325	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004347	GGTTTA	2	12	1616017	1616028	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004347	TTTGGT	2	12	1616500	1616511	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004347	CCAACC	2	12	1630198	1630209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_004347	TAAGCT	2	12	1632064	1632075	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_004347	TTCGGT	5	30	1640391	1640420	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_004347	GGTTTC	2	12	1640424	1640435	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_004347	GGTTTT	2	12	1640436	1640447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004347	TCAATA	2	12	1642174	1642185	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_004347	AATTGA	2	12	1748548	1748559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004347	TTTACG	2	12	1753352	1753363	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_004347	CTGTTT	2	12	1762826	1762837	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_004347	AAAAGC	2	12	1773649	1773660	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_004347	TTCACT	2	12	1838022	1838033	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_004347	ACAAAT	2	12	1845222	1845233	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_004347	AACTCT	2	12	1847211	1847222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_004347	GCTGGG	2	12	1852945	1852956	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_004347	TTTCTA	2	12	1861548	1861559	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_004347	AAGCTG	2	12	1869614	1869625	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_004347	TGTTTG	2	12	1912498	1912509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004347	ACATCC	2	12	1925002	1925013	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_004347	TTAGGA	2	12	1931212	1931223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004347	GTTTGC	2	12	1931268	1931279	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_004347	TCAATA	2	12	1932961	1932972	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_004347	CTGTGT	2	12	1957179	1957190	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_004347	AATCAA	2	12	1984296	1984307	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_004347	GTAAAG	2	12	1996918	1996929	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004347	ATTTAG	2	12	2001257	2001268	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004347	GATGTG	2	12	2071061	2071072	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004347	TTAAGC	2	12	2101845	2101856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_004347	GATGCA	2	12	2104075	2104086	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_004347	AGGGCG	2	12	2174161	2174172	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004347	TAGACT	2	12	2178854	2178865	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_004347	GATAAC	2	12	2210872	2210883	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_004347	ATCTCT	2	12	2235660	2235671	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_004347	ATGTAT	2	12	2238935	2238946	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004347	TAATTT	2	12	2240439	2240450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004347	AGCTTA	2	12	2272063	2272074	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_004347	TTTTCG	2	12	2297723	2297734	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_004347	ACAGTC	2	12	2320873	2320884	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_004347	ATGCCC	2	12	2350566	2350577	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_004347	CCGATT	2	12	2381492	2381503	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_004347	CTTGGC	2	12	2399807	2399818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_004347	TTTGGT	2	12	2426360	2426371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004347	TTTCAA	2	12	2428363	2428374	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_004347	ATCACA	2	12	2432341	2432352	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_004347	GATAGA	2	12	2441929	2441940	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004347	CTTTTA	2	12	2471521	2471532	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_004347	ATCAAA	2	12	2476151	2476162	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_004347	ATCAAT	2	12	2476729	2476740	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_004347	AACAGC	2	12	2500841	2500852	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_004347	GATCGC	2	12	2520498	2520509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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143	NC_004347	AAAATA	2	12	2719651	2719662	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_004347	AACACA	2	12	4677247	4677258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
243	NC_004347	GGTCAC	2	12	4688249	4688260	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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245	NC_004347	CAAAAA	2	12	4705086	4705097	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_004347	CAGTTA	2	12	4728449	4728460	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
247	NC_004347	AGCCAA	2	12	4755380	4755391	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
248	NC_004347	ACTAAG	2	12	4766434	4766445	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
249	NC_004347	ATTAAG	2	12	4805359	4805370	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
250	NC_004347	GCAATC	2	12	4808976	4808987	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
251	NC_004347	AAAACA	2	12	4838886	4838897	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.