MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 33

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	CTCTC	2	10	534	543	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_003384	AAAAT	2	10	2597	2606	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003384	TCGTG	2	10	22443	22452	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_003384	GTTTC	2	10	23769	23778	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_003384	ACCCT	2	10	31087	31096	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_003384	TTTAA	2	10	39399	39408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003384	TTGAA	2	10	42024	42033	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003384	ACTAC	2	10	43255	43264	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_003384	ATAAC	2	10	43419	43428	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_003384	TTTTG	2	10	53954	53963	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003384	ATGCG	2	10	54403	54412	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_003384	TAATC	2	10	55615	55624	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_003384	AAGAA	2	10	56602	56611	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003384	GTACT	2	10	99218	99227	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_003384	ATCCT	2	10	108738	108747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_003384	CCAAA	2	10	115031	115040	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003384	GCGAA	2	10	120375	120384	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_003384	ATTTT	2	10	128216	128225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003384	TCTGT	2	10	130842	130851	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_003384	GAATT	2	10	131066	131075	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003384	TTAAG	2	10	143012	143021	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003384	CAGGG	2	10	155301	155310	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_003384	CACGG	2	10	157449	157458	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_003384	GCGCG	2	10	157800	157809	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_003384	CGATG	2	10	158978	158987	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_003384	TTGGC	2	10	159470	159479	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_003384	TTTAA	2	10	162824	162833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003384	GGCCT	2	10	168630	168639	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_003384	TGGAT	2	10	174838	174847	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003384	ATTAT	2	10	177521	177530	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003384	GGTAA	2	10	177622	177631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003384	AATTC	2	10	198951	198960	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_003384	GTTCC	2	10	212258	212267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.