MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	GGGC	2	8	733	740	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2	NC_003384	ACGC	2	8	1181	1188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_003384	GCTG	2	8	1211	1218	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_003384	GAAT	2	8	1808	1815	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003384	TGGC	2	8	1837	1844	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_003384	TCAG	2	8	4584	4591	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_003384	AGTC	2	8	4830	4837	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_003384	GGAC	2	8	5793	5800	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_003384	AGCC	2	8	5815	5822	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_003384	ACAG	2	8	7287	7294	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_003384	GTAT	2	8	7928	7935	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003384	CTTA	2	8	11490	11497	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_003384	TTAA	2	8	14151	14158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003384	AATA	2	8	14188	14195	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003384	TTAA	2	8	15531	15538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003384	CTGT	2	8	15548	15555	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_003384	AAAT	2	8	15677	15684	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003384	GTTA	2	8	15991	15998	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003384	CATT	2	8	16485	16492	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_003384	TTTC	2	8	16497	16504	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_003384	GAAT	2	8	16510	16517	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003384	ATTA	2	8	16518	16525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003384	TAAA	2	8	18407	18414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003384	GAAC	2	8	18976	18983	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_003384	AGGA	2	8	19002	19009	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003384	AAGT	2	8	19721	19728	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003384	CTTT	2	8	20628	20635	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_003384	AATT	2	8	20668	20675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003384	TGGC	2	8	22392	22399	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_003384	GCCC	2	8	23308	23315	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
31	NC_003384	ATCC	2	8	28367	28374	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_003384	CCTG	2	8	29368	29375	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_003384	GTGG	2	8	29380	29387	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003384	GAGT	2	8	30669	30676	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003384	CATC	2	8	30825	30832	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_003384	AGGG	2	8	33834	33841	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003384	GCTC	2	8	36075	36082	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_003384	TAAT	2	8	39379	39386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003384	AAAT	2	8	39439	39446	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003384	GTGA	2	8	39507	39514	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003384	AATT	2	8	41659	41666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003384	GATT	2	8	41767	41774	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003384	TTGA	2	8	41999	42006	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003384	TTCG	2	8	43153	43160	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_003384	TGCT	2	8	43182	43189	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_003384	TCAT	2	8	43234	43241	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_003384	TGAA	2	8	43745	43752	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003384	TTGG	2	8	43773	43780	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003384	ATGA	2	8	43792	43799	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003384	TTTG	2	8	43816	43823	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003384	TGAA	2	8	43876	43883	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003384	TGAA	2	8	43919	43926	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003384	CTGG	2	8	44111	44118	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_003384	TTAA	2	8	44177	44184	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003384	GAAA	2	8	44292	44299	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003384	TGCC	2	8	54012	54019	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_003384	TGAA	2	8	54124	54131	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003384	AACC	2	8	54219	54226	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_003384	ATTG	2	8	55496	55503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003384	TTTA	2	8	59052	59059	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003384	TAAA	2	8	62218	62225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003384	AATT	2	8	64244	64251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003384	TTTG	2	8	64303	64310	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003384	ATGT	2	8	64315	64322	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003384	TTAT	2	8	64397	64404	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003384	CTGA	2	8	64558	64565	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_003384	GAAA	2	8	70558	70565	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003384	ATTT	2	8	72714	72721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003384	TTGG	2	8	77176	77183	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003384	TGCC	2	8	77380	77387	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_003384	CGGC	2	8	80743	80750	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_003384	TCAA	2	8	80752	80759	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_003384	CCAA	2	8	81081	81088	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_003384	CTAA	2	8	81165	81172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_003384	TGAA	2	8	82120	82127	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003384	TTTA	2	8	84083	84090	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003384	TAAC	2	8	84307	84314	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_003384	ATGA	2	8	84395	84402	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003384	TTCC	2	8	84436	84443	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_003384	GCGG	2	8	86853	86860	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
81	NC_003384	TTTA	2	8	93228	93235	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003384	TGCT	2	8	93311	93318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_003384	CGGT	2	8	93350	93357	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_003384	CCAC	2	8	98057	98064	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_003384	GTAA	2	8	100715	100722	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003384	CCTG	2	8	101774	101781	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_003384	TTTA	2	8	105720	105727	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003384	AAAT	2	8	105892	105899	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003384	TTTA	2	8	106344	106351	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003384	TAAT	2	8	107239	107246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003384	ATCC	2	8	107637	107644	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_003384	TCCC	2	8	108659	108666	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
93	NC_003384	GTAT	2	8	109924	109931	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003384	CAGC	2	8	118516	118523	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_003384	CAGC	2	8	118870	118877	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_003384	TCCG	2	8	119791	119798	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_003384	GCTG	2	8	119911	119918	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_003384	CTTG	2	8	120061	120068	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_003384	CTTT	2	8	120308	120315	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_003384	ATTG	2	8	122300	122307	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003384	TTTA	2	8	125903	125910	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003384	CTCC	2	8	125923	125930	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_003384	CGTT	2	8	126220	126227	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_003384	ATGC	2	8	126328	126335	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_003384	CAAG	2	8	127115	127122	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_003384	AAAC	2	8	127650	127657	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_003384	GGTG	2	8	128405	128412	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003384	GCTG	2	8	129476	129483	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_003384	TTCC	2	8	130201	130208	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_003384	GGCA	2	8	130920	130927	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_003384	ATCA	2	8	131969	131976	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_003384	GTCT	2	8	132079	132086	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_003384	TTTA	2	8	133247	133254	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003384	CTGT	2	8	141579	141586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_003384	TTGG	2	8	141704	141711	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003384	ATTT	2	8	142136	142143	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003384	AAAT	2	8	144347	144354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003384	AACA	2	8	144605	144612	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_003384	ACTC	2	8	148313	148320	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_003384	TTAA	2	8	148601	148608	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003384	TCCG	2	8	150625	150632	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_003384	CACT	2	8	152467	152474	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_003384	AATA	2	8	154321	154328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003384	AATA	2	8	154354	154361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003384	GCTT	2	8	155867	155874	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_003384	TAAA	2	8	157145	157152	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003384	GTCC	2	8	158005	158012	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_003384	GTCC	2	8	158081	158088	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_003384	CGGT	2	8	158819	158826	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_003384	TGCC	2	8	159420	159427	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_003384	GGGC	2	8	160478	160485	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
132	NC_003384	GCTC	2	8	160634	160641	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_003384	GATT	2	8	162804	162811	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003384	GCGG	2	8	162985	162992	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
135	NC_003384	TTTA	2	8	175330	175337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003384	CTCC	2	8	175350	175357	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_003384	TCAT	2	8	176434	176441	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_003384	CAAG	2	8	176607	176614	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_003384	TTGG	2	8	177578	177585	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003384	ATAA	2	8	177815	177822	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003384	ATAG	2	8	177824	177831	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003384	ATTA	2	8	182576	182583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003384	TTAA	2	8	182823	182830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003384	AATT	2	8	182980	182987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003384	AAAT	2	8	183068	183075	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003384	TGAA	2	8	185645	185652	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003384	GGAA	2	8	187511	187518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003384	GTTA	2	8	188361	188368	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_003384	ACCA	2	8	189072	189079	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_003384	GCAA	2	8	192237	192244	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_003384	GATT	2	8	199002	199009	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003384	AAGT	2	8	199273	199280	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_003384	TCAC	2	8	199338	199345	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_003384	TAGA	2	8	201162	201169	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_003384	TCAC	2	8	201296	201303	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
156	NC_003384	AACC	2	8	205698	205705	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_003384	GATG	2	8	210712	210719	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_003384	TTTC	2	8	212358	212365	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_003384	TTTC	2	8	212957	212964	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
160	NC_003384	GTCA	2	8	215492	215499	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_003384	CCTT	2	8	216715	216722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
162	NC_003384	TCCG	2	8	216840	216847	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.