MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 chromosome

Total Repeats: 593

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003197	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_003197	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003197	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_003197	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003197	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003197	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003197	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003197	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_003197	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003197	TTTTA	2	10	35223	35232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003197	TAAAA	2	10	44191	44200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003197	AGCGC	2	10	57234	57243	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_003197	ATTTG	2	10	75439	75448	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003197	AAGCG	2	10	81697	81706	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_003197	TAAAA	2	10	95763	95772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003197	GCGCT	2	10	97923	97932	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003197	AGCGC	2	10	97990	97999	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_003197	AAGCG	2	10	109297	109306	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_003197	TAATT	2	10	116724	116733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003197	ATTTT	2	10	116750	116759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003197	TAGTG	2	10	126805	126814	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003197	GGTTT	2	10	134164	134173	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003197	CCCAA	2	10	138178	138187	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_003197	TTGTT	2	10	139525	139534	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003197	CGCGG	2	10	158661	158670	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_003197	CTATA	2	10	189365	189374	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_003197	TATTG	2	10	196426	196435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003197	GCTTC	2	10	203907	203916	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_003197	GCGCT	2	10	212400	212409	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_003197	CGCGT	2	10	212452	212461	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_003197	CTGTC	2	10	229847	229856	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_003197	ATATA	2	10	230561	230570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003197	TGCTC	2	10	246049	246058	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_003197	GTCTG	2	10	257109	257118	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_003197	GCGCT	2	10	279966	279975	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_003197	TGTGT	2	10	286361	286370	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003197	AATGA	2	10	288072	288081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003197	GCTTC	2	10	290914	290923	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_003197	AGCGA	2	10	292546	292555	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_003197	AAATT	2	10	296824	296833	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003197	ACAAA	2	10	298111	298120	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_003197	TTGTT	2	10	311087	311096	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003197	GGCCT	2	10	317561	317570	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_003197	AATGC	2	10	329617	329626	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_003197	TATGT	2	10	329701	329710	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003197	TCTGT	2	10	348170	348179	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_003197	CGGGG	2	10	370124	370133	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
48	NC_003197	AAAAT	2	10	371294	371303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003197	AATGT	2	10	378213	378222	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003197	TGAAA	2	10	378497	378506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003197	GATGC	2	10	390159	390168	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_003197	CGCTT	2	10	401647	401656	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_003197	CCCGT	2	10	408368	408377	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_003197	CGTTT	2	10	408695	408704	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_003197	CTTTG	2	10	417923	417932	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_003197	TACGG	2	10	418930	418939	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_003197	GCTAA	2	10	435553	435562	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_003197	ACAAT	2	10	441712	441721	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_003197	TTAAT	2	10	442578	442587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003197	AACGC	2	10	458707	458716	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_003197	CTTTT	2	10	471995	472004	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_003197	GCGCC	2	10	473573	473582	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_003197	ACGAT	2	10	483296	483305	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_003197	GCAAC	2	10	487785	487794	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_003197	TTTGC	2	10	490069	490078	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_003197	GTTTT	2	10	501392	501401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003197	ACTAA	2	10	505521	505530	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_003197	GAAGA	2	10	508095	508104	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003197	ATGCG	2	10	508528	508537	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_003197	GCGCT	2	10	522200	522209	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_003197	CAGGT	2	10	524463	524472	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_003197	TGTTA	2	10	526321	526330	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003197	TTCAA	2	10	539639	539648	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_003197	TTTAT	2	10	582352	582361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003197	AAAAT	2	10	591083	591092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003197	AGGGA	2	10	604690	604699	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003197	CTTCA	2	10	613544	613553	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_003197	CTTTT	2	10	624054	624063	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_003197	GTCGC	2	10	638776	638785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_003197	TGCGG	2	10	638971	638980	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_003197	TGTAA	2	10	661154	661163	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003197	TTGAT	2	10	670366	670375	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003197	CATTT	2	10	671165	671174	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003197	TTATT	2	10	691962	691971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003197	TTTGT	2	10	691988	691997	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003197	TTCAA	2	10	695867	695876	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_003197	ATAAG	2	10	697096	697105	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003197	GCATA	2	10	711772	711781	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_003197	GTCCC	2	10	728887	728896	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_003197	GGCGG	2	10	744113	744122	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_003197	GCGCT	2	10	761450	761459	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_003197	GTTCT	2	10	781162	781171	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_003197	AATAA	2	10	795880	795889	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003197	AGCGC	2	10	801295	801304	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_003197	TAAAA	2	10	808915	808924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003197	AGTTG	2	10	815867	815876	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003197	GGCGA	2	10	818916	818925	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_003197	GGCGA	2	10	819328	819337	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_003197	TGCGC	2	10	820023	820032	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_003197	ATAAA	2	10	823014	823023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003197	TAGAT	2	10	823614	823623	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003197	ACCGG	2	10	824886	824895	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_003197	CCGCG	2	10	831813	831822	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_003197	GCGCT	2	10	836289	836298	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_003197	TATGG	2	10	841616	841625	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003197	ATTCT	2	10	854836	854845	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_003197	CGCGC	2	10	855134	855143	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_003197	AAATG	2	10	894683	894692	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003197	ACCGC	2	10	901943	901952	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_003197	CAGGG	2	10	924886	924895	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_003197	ATTTT	2	10	926016	926025	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003197	GTCAG	2	10	933100	933109	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_003197	CAAAT	2	10	954353	954362	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_003197	GCGCT	2	10	957832	957841	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_003197	AGCGC	2	10	958846	958855	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_003197	GTTGG	2	10	967900	967909	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003197	ATGTT	2	10	975025	975034	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003197	GTTAA	2	10	976518	976527	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003197	CTTTT	2	10	976753	976762	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_003197	AGGCG	2	10	1022133	1022142	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_003197	TTGTA	2	10	1026878	1026887	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003197	CCCTA	2	10	1045157	1045166	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_003197	AAATC	2	10	1049495	1049504	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_003197	AAAAT	2	10	1050854	1050863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003197	GAGTT	2	10	1062622	1062631	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003197	TTTTC	2	10	1075531	1075540	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_003197	TTAGG	2	10	1084860	1084869	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003197	TTTGA	2	10	1091133	1091142	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003197	CAACC	2	10	1114834	1114843	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_003197	CAGGG	2	10	1118997	1119006	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_003197	TATTG	2	10	1143427	1143436	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003197	TTTTC	2	10	1157601	1157610	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_003197	TTATT	2	10	1158441	1158450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003197	TTCTT	2	10	1160374	1160383	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_003197	CCAGA	2	10	1160913	1160922	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_003197	AGTCA	2	10	1177370	1177379	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_003197	ATCAC	2	10	1188107	1188116	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_003197	TACTT	2	10	1188120	1188129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_003197	GCGCT	2	10	1192236	1192245	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_003197	AGCGC	2	10	1193978	1193987	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_003197	TCTGC	2	10	1209140	1209149	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_003197	CAAAC	2	10	1209461	1209470	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_003197	GCGAG	2	10	1209662	1209671	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_003197	ACGCG	2	10	1211487	1211496	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_003197	CAGAG	2	10	1216208	1216217	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_003197	ACGAT	2	10	1218011	1218020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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