MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187115	TATCGA	2	12	5314	5325	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246498
2	NT_187115	CGTCAG	2	12	11386	11397	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246506
3	NT_187115	AGCCGC	2	12	11619	11630	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246506
4	NT_187115	GGGCTG	2	12	12827	12838	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409246507
5	NT_187115	CGGCAA	2	12	15206	15217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409246509
6	NT_187115	GATGCC	2	12	16499	16510	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246510
7	NT_187115	GTCAAA	2	12	17183	17194	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409246510
8	NT_187115	GATTTC	2	12	22918	22929	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409246516
9	NT_187115	AGGCGC	2	12	25735	25746	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409246519
10	NT_187115	GCCATC	2	12	26975	26986	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246520
11	NT_187115	TGGCGT	2	12	27438	27449	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409246520
12	NT_187115	AGTGAA	2	12	28097	28108	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409246520
13	NT_187115	ACGTTT	2	12	28182	28193	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409246521
14	NT_187115	GAAGCG	2	12	31006	31017	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409246526
15	NT_187115	AATAAA	2	12	42526	42537	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	409246537
16	NT_187115	ATCCTT	2	12	45432	45443	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	409246542
17	NT_187115	TTCGTT	2	12	46583	46594	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	409246545
18	NT_187115	TCCTGT	2	12	49611	49622	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409246547
19	NT_187115	ATCAAC	2	12	54336	54347	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	409246552
20	NT_187115	TTCACA	2	12	55069	55080	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409246553
21	NT_187115	ATGACT	2	12	55383	55394	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246553
22	NT_187115	AATATT	2	12	55587	55598	50 %	50 %	0 %	0 %	409246553
23	NT_187115	CGCTTC	2	12	56835	56846	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409246554
24	NT_187115	ACAGCA	2	12	62540	62551	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409246559
25	NT_187115	TATCGC	2	12	69406	69417	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409246567
26	NT_187115	CTTTCC	2	12	69660	69671	0 %	50 %	0 %	50 %	409246567
27	NT_187115	CCATCG	2	12	78018	78029	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246575
28	NT_187115	TTGATA	2	12	78971	78982	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	409246576
29	NT_187115	GCGCTG	2	12	81580	81591	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246578
30	NT_187115	GGCCTG	2	12	82143	82154	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246578
31	NT_187115	CTCTTT	2	12	86094	86105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409246582
32	NT_187115	CTGGCG	2	12	91194	91205	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246587
33	NT_187115	CCCATT	2	12	91308	91319	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	409246587
34	NT_187115	CGCCAG	2	12	92147	92158	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246588
35	NT_187115	CGCTGC	2	12	93609	93620	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409246591
36	NT_187115	CGGACG	2	12	98728	98739	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409246596
37	NT_187115	CGCCAG	2	12	100527	100538	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246599
38	NT_187115	CAGCTC	2	12	102757	102768	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246603
39	NT_187115	CGATGT	2	12	104424	104435	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409246604
40	NT_187115	GCCTGC	2	12	112102	112113	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409246618
41	NT_187115	CAGCGC	2	12	114391	114402	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246620
42	NT_187115	CACGAT	2	12	115327	115338	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409246621
43	NT_187115	TTGAGT	2	12	119845	119856	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	409246623
44	NT_187115	TGCCTT	2	12	129402	129413	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409246635
45	NT_187115	CAGGTC	2	12	131507	131518	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246636
46	NT_187115	AAATTA	2	12	134226	134237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409246639
47	NT_187115	TGACGA	2	12	134695	134706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409246639
48	NT_187115	AAAGTC	2	12	134930	134941	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409246639
49	NT_187115	ATGAGC	2	12	135473	135484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409246639
50	NT_187115	GGATCT	2	12	142547	142558	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409246647
51	NT_187115	GGCGTC	2	12	153308	153319	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246654
52	NT_187115	CTCCGG	2	12	153571	153582	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409246655
53	NT_187115	CGCTTC	2	12	153901	153912	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409246655
54	NT_187115	GGTAAA	2	12	160230	160241	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409246661
55	NT_187115	GTACCG	2	12	164185	164196	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246665
56	NT_187115	CACTTC	2	12	164237	164248	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	409246665
57	NT_187115	TGGTCA	2	12	172695	172706	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409246672
58	NT_187115	CGACAT	2	12	173208	173219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409246673
59	NT_187115	GCGCAG	2	12	174569	174580	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409246675
60	NT_187115	CGATAT	2	12	175273	175284	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246675
61	NT_187115	GGCGCT	2	12	176774	176785	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246678
62	NT_187115	TGGAGA	2	12	182278	182289	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	409246682
63	NT_187115	GATCGC	2	12	183662	183673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246683
64	NT_187115	CGTTAA	2	12	184377	184388	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246683
65	NT_187115	CGTTCG	2	12	190495	190506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409246685
66	NT_187115	CAATAA	2	12	190945	190956	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	409246686
67	NT_187115	CTTCGC	2	12	191274	191285	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409246687
68	NT_187115	GCCCCC	2	12	195080	195091	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	409246689
69	NT_187115	ATCGCC	2	12	195765	195776	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246690
70	NT_187115	GCGCCA	2	12	196828	196839	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246693
71	NT_187115	GTGCCG	2	12	197184	197195	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246693
72	NT_187115	CGTTCA	2	12	199973	199984	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409246695
73	NT_187115	TCGGCG	2	12	200819	200830	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246696
74	NT_187115	ACGCTG	2	12	202755	202766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246699
75	NT_187115	ACGTTC	2	12	203323	203334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409246699
76	NT_187115	CGACGC	2	12	218435	218446	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409246714
77	NT_187115	TAGCGT	2	12	219143	219154	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409246714
78	NT_187115	CACGAC	15	90	222991	223080	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409246719
79	NT_187115	CCGGAG	2	12	224035	224046	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409246720
80	NT_187115	CAGTAT	2	12	224294	224305	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246720
81	NT_187115	TCATCC	2	12	224473	224484	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	409246720
82	NT_187115	ACGTCC	2	12	227249	227260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246724
83	NT_187115	GGCGGT	2	12	227449	227460	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409246724
84	NT_187115	GGTAAA	2	12	233182	233193	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409246731
85	NT_187115	GGTTTT	2	12	237072	237083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409246735
86	NT_187115	TCGATA	2	12	237880	237891	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246736
87	NT_187115	CCTGCC	2	12	242915	242926	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	409246741
88	NT_187115	CGCTGA	2	12	243704	243715	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246744
89	NT_187115	TCGCGT	2	12	247397	247408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409246747
90	NT_187115	GCCATC	2	12	251254	251265	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246749
91	NT_187115	CCAGCC	2	12	256612	256623	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	409246756
92	NT_187115	GCAGCG	2	12	260234	260245	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409246760
93	NT_187115	GTATCG	2	12	266429	266440	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409246766
94	NT_187115	GAACCG	2	12	266495	266506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409246766
95	NT_187115	CCAGAT	2	12	268535	268546	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409246767
96	NT_187115	TGGTTC	2	12	269212	269223	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409246768
97	NT_187115	GCATCT	2	12	270258	270269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409246769
98	NT_187115	CGCCAT	2	12	272140	272151	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409246772
99	NT_187115	TCCGCC	2	12	273182	273193	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	409246774
100	NT_187115	TGAATC	2	12	278287	278298	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409246779
101	NT_187115	ATAATT	2	12	278723	278734	50 %	50 %	0 %	0 %	409246780
102	NT_187115	CGCTTT	2	12	278942	278953	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409246781
103	NT_187115	GCGGTC	2	12	280748	280759	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409246781
104	NT_187115	CGGCAT	2	12	283535	283546	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409246785
105	NT_187115	TCGCTA	2	12	288669	288680	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409246789
106	NT_187115	CGCCCG	2	12	290181	290192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409246791
107	NT_187115	CTGCCG	2	12	291014	291025	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409246792
108	NT_187115	GCCCGC	2	12	291369	291380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409246793
109	NT_187115	TGGGCT	2	12	297855	297866	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409246802

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.