MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GTGA	2	8	87	94	25 %	25 %	50 %	0 %	482907134
2	NC_021155	CCAG	2	8	605	612	25 %	0 %	25 %	50 %	482907134
3	NC_021155	CGTC	2	8	2006	2013	0 %	25 %	25 %	50 %	482907136
4	NC_021155	CAGG	2	8	2538	2545	25 %	0 %	50 %	25 %	482907138
5	NC_021155	CAGC	2	8	2715	2722	25 %	0 %	25 %	50 %	482907139
6	NC_021155	ACGG	2	8	4561	4568	25 %	0 %	50 %	25 %	482907142
7	NC_021155	CAGC	2	8	4646	4653	25 %	0 %	25 %	50 %	482907142
8	NC_021155	GAAA	2	8	4751	4758	75 %	0 %	25 %	0 %	482907142
9	NC_021155	GTGA	2	8	5216	5223	25 %	25 %	50 %	0 %	482907143
10	NC_021155	CCTT	2	8	5847	5854	0 %	50 %	0 %	50 %	482907144
11	NC_021155	GCGT	2	8	6016	6023	0 %	25 %	50 %	25 %	482907144
12	NC_021155	GTTC	2	8	6313	6320	0 %	50 %	25 %	25 %	482907144
13	NC_021155	CAGG	2	8	7084	7091	25 %	0 %	50 %	25 %	482907144
14	NC_021155	CCAG	2	8	7137	7144	25 %	0 %	25 %	50 %	482907144
15	NC_021155	GCTT	2	8	7286	7293	0 %	50 %	25 %	25 %	482907144
16	NC_021155	CTGC	2	8	9289	9296	0 %	25 %	25 %	50 %	482907149
17	NC_021155	ACTG	2	8	10989	10996	25 %	25 %	25 %	25 %	482907152
18	NC_021155	TCAT	2	8	11880	11887	25 %	50 %	0 %	25 %	482907154
19	NC_021155	CTGC	2	8	12129	12136	0 %	25 %	25 %	50 %	482907155
20	NC_021155	ACGC	2	8	12617	12624	25 %	0 %	25 %	50 %	482907155
21	NC_021155	CCGG	2	8	12900	12907	0 %	0 %	50 %	50 %	482907156
22	NC_021155	GCCA	2	8	13172	13179	25 %	0 %	25 %	50 %	482907157
23	NC_021155	TGAA	2	8	13294	13301	50 %	25 %	25 %	0 %	482907157
24	NC_021155	CAGC	2	8	13707	13714	25 %	0 %	25 %	50 %	482907157
25	NC_021155	GCTG	2	8	14584	14591	0 %	25 %	50 %	25 %	482907158
26	NC_021155	TCAC	2	8	15000	15007	25 %	25 %	0 %	50 %	482907159
27	NC_021155	GCTG	2	8	16077	16084	0 %	25 %	50 %	25 %	482907160
28	NC_021155	TAAC	2	8	16591	16598	50 %	25 %	0 %	25 %	482907161
29	NC_021155	ATTT	2	8	16711	16718	25 %	75 %	0 %	0 %	482907161
30	NC_021155	CTTT	2	8	17337	17344	0 %	75 %	0 %	25 %	482907162
31	NC_021155	TGTT	2	8	18515	18522	0 %	75 %	25 %	0 %	482907164
32	NC_021155	TCAG	2	8	18830	18837	25 %	25 %	25 %	25 %	482907164
33	NC_021155	CCTG	2	8	19653	19660	0 %	25 %	25 %	50 %	482907165
34	NC_021155	GCTG	2	8	19715	19722	0 %	25 %	50 %	25 %	482907165
35	NC_021155	TCCG	2	8	19804	19811	0 %	25 %	25 %	50 %	482907165
36	NC_021155	CTCA	2	8	20263	20270	25 %	25 %	0 %	50 %	482907166
37	NC_021155	AAAT	2	8	21862	21869	75 %	25 %	0 %	0 %	482907169
38	NC_021155	GATG	2	8	22066	22073	25 %	25 %	50 %	0 %	482907170
39	NC_021155	GTCT	2	8	23035	23042	0 %	50 %	25 %	25 %	482907171
40	NC_021155	ATTC	2	8	23130	23137	25 %	50 %	0 %	25 %	482907171
41	NC_021155	CAGT	2	8	23216	23223	25 %	25 %	25 %	25 %	482907171
42	NC_021155	GCCA	2	8	23738	23745	25 %	0 %	25 %	50 %	482907171
43	NC_021155	ATCT	2	8	24745	24752	25 %	50 %	0 %	25 %	482907173
44	NC_021155	TCAG	2	8	26080	26087	25 %	25 %	25 %	25 %	482907174
45	NC_021155	TTTA	2	8	26940	26947	25 %	75 %	0 %	0 %	482907176
46	NC_021155	CCGG	2	8	27294	27301	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
47	NC_021155	CGGT	2	8	28165	28172	0 %	25 %	50 %	25 %	482907177
48	NC_021155	TGGG	2	8	28786	28793	0 %	25 %	75 %	0 %	482907177
49	NC_021155	GACG	2	8	29343	29350	25 %	0 %	50 %	25 %	482907177
50	NC_021155	ACCA	2	8	29677	29684	50 %	0 %	0 %	50 %	482907178
51	NC_021155	AACC	2	8	30377	30384	50 %	0 %	0 %	50 %	482907179
52	NC_021155	CTGG	2	8	30632	30639	0 %	25 %	50 %	25 %	482907179
53	NC_021155	ACTG	2	8	30662	30669	25 %	25 %	25 %	25 %	482907179
54	NC_021155	TTCA	2	8	32864	32871	25 %	50 %	0 %	25 %	482907181
55	NC_021155	ATTT	2	8	32948	32955	25 %	75 %	0 %	0 %	482907182
56	NC_021155	TGCA	2	8	33758	33765	25 %	25 %	25 %	25 %	482907183
57	NC_021155	TGGA	2	8	33896	33903	25 %	25 %	50 %	0 %	482907183
58	NC_021155	CCGG	2	8	34441	34448	0 %	0 %	50 %	50 %	482907183
59	NC_021155	GGCG	2	8	34786	34793	0 %	0 %	75 %	25 %	482907183
60	NC_021155	CCAG	2	8	35150	35157	25 %	0 %	25 %	50 %	482907184
61	NC_021155	CCGG	2	8	35265	35272	0 %	0 %	50 %	50 %	482907185
62	NC_021155	AGGC	2	8	35643	35650	25 %	0 %	50 %	25 %	482907185
63	NC_021155	GCTG	2	8	35928	35935	0 %	25 %	50 %	25 %	482907186
64	NC_021155	GCCC	2	8	36025	36032	0 %	0 %	25 %	75 %	482907186
65	NC_021155	CGGC	2	8	36214	36221	0 %	0 %	50 %	50 %	482907186
66	NC_021155	GACC	2	8	36911	36918	25 %	0 %	25 %	50 %	482907188
67	NC_021155	GTGA	2	8	37257	37264	25 %	25 %	50 %	0 %	482907188
68	NC_021155	TGTA	2	8	37345	37352	25 %	50 %	25 %	0 %	482907188
69	NC_021155	GCTG	2	8	37684	37691	0 %	25 %	50 %	25 %	482907189
70	NC_021155	CAGA	2	8	38578	38585	50 %	0 %	25 %	25 %	482907191
71	NC_021155	TCCG	2	8	38738	38745	0 %	25 %	25 %	50 %	482907191
72	NC_021155	ATTT	2	8	39194	39201	25 %	75 %	0 %	0 %	482907191
73	NC_021155	CATC	2	8	40690	40697	25 %	25 %	0 %	50 %	482907195
74	NC_021155	TCGG	2	8	40824	40831	0 %	25 %	50 %	25 %	482907195
75	NC_021155	GGTA	2	8	40867	40874	25 %	25 %	50 %	0 %	482907195
76	NC_021155	CGAA	3	12	41096	41107	50 %	0 %	25 %	25 %	482907195
77	NC_021155	GTCA	2	8	41261	41268	25 %	25 %	25 %	25 %	482907195
78	NC_021155	CTGC	2	8	41272	41279	0 %	25 %	25 %	50 %	482907195
79	NC_021155	CTTT	2	8	41677	41684	0 %	75 %	0 %	25 %	482907197
80	NC_021155	ATGT	2	8	41685	41692	25 %	50 %	25 %	0 %	482907197
81	NC_021155	GCCA	2	8	42313	42320	25 %	0 %	25 %	50 %	482907198
82	NC_021155	ACGG	2	8	42430	42437	25 %	0 %	50 %	25 %	482907198
83	NC_021155	CACG	2	8	43470	43477	25 %	0 %	25 %	50 %	482907201
84	NC_021155	ACTG	2	8	43556	43563	25 %	25 %	25 %	25 %	482907201
85	NC_021155	CAGC	2	8	43641	43648	25 %	0 %	25 %	50 %	482907201
86	NC_021155	AGGC	2	8	44018	44025	25 %	0 %	50 %	25 %	482907202
87	NC_021155	CTGC	2	8	44899	44906	0 %	25 %	25 %	50 %	482907203
88	NC_021155	CCAG	2	8	45102	45109	25 %	0 %	25 %	50 %	482907203
89	NC_021155	CGGC	2	8	45366	45373	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
90	NC_021155	GGTC	2	8	46772	46779	0 %	25 %	50 %	25 %	482907203
91	NC_021155	CTGA	2	8	47198	47205	25 %	25 %	25 %	25 %	482907203
92	NC_021155	CCAG	2	8	47932	47939	25 %	0 %	25 %	50 %	482907203
93	NC_021155	GACA	2	8	48674	48681	50 %	0 %	25 %	25 %	482907203
94	NC_021155	CCGC	2	8	48949	48956	0 %	0 %	25 %	75 %	482907203
95	NC_021155	GTCC	2	8	49459	49466	0 %	25 %	25 %	50 %	482907203
96	NC_021155	TCAG	2	8	49536	49543	25 %	25 %	25 %	25 %	482907203
97	NC_021155	GCCG	2	8	50050	50057	0 %	0 %	50 %	50 %	482907204
98	NC_021155	GAAA	2	8	50314	50321	75 %	0 %	25 %	0 %	482907205
99	NC_021155	GTTT	2	8	50340	50347	0 %	75 %	25 %	0 %	482907205
100	NC_021155	GCCG	2	8	50376	50383	0 %	0 %	50 %	50 %	482907205
101	NC_021155	CACG	2	8	50464	50471	25 %	0 %	25 %	50 %	482907205
102	NC_021155	GTGG	2	8	50521	50528	0 %	25 %	75 %	0 %	482907205
103	NC_021155	CAGC	2	8	51678	51685	25 %	0 %	25 %	50 %	482907206
104	NC_021155	AGGT	2	8	51865	51872	25 %	25 %	50 %	0 %	482907206
105	NC_021155	TTGA	2	8	51889	51896	25 %	50 %	25 %	0 %	482907206
106	NC_021155	GTCC	2	8	51973	51980	0 %	25 %	25 %	50 %	482907206
107	NC_021155	CTTC	2	8	52001	52008	0 %	50 %	0 %	50 %	482907206
108	NC_021155	AGCC	2	8	52206	52213	25 %	0 %	25 %	50 %	482907206
109	NC_021155	ACTG	2	8	52239	52246	25 %	25 %	25 %	25 %	482907206
110	NC_021155	TTAA	2	8	52603	52610	50 %	50 %	0 %	0 %	482907206
111	NC_021155	CTGA	2	8	52752	52759	25 %	25 %	25 %	25 %	482907206
112	NC_021155	CCGT	2	8	53775	53782	0 %	25 %	25 %	50 %	482907207
113	NC_021155	AATA	2	8	54315	54322	75 %	25 %	0 %	0 %	482907208
114	NC_021155	TATT	2	8	54577	54584	25 %	75 %	0 %	0 %	482907209
115	NC_021155	CTGG	2	8	55284	55291	0 %	25 %	50 %	25 %	482907209
116	NC_021155	CAAT	2	8	55333	55340	50 %	25 %	0 %	25 %	482907209
117	NC_021155	CTGC	2	8	55679	55686	0 %	25 %	25 %	50 %	482907209
118	NC_021155	ATAC	2	8	56216	56223	50 %	25 %	0 %	25 %	482907209
119	NC_021155	CTGG	2	8	56490	56497	0 %	25 %	50 %	25 %	482907209
120	NC_021155	CTGG	2	8	56502	56509	0 %	25 %	50 %	25 %	482907209
121	NC_021155	TCAT	2	8	57456	57463	25 %	50 %	0 %	25 %	482907210
122	NC_021155	CGGT	2	8	57873	57880	0 %	25 %	50 %	25 %	482907210
123	NC_021155	GGCA	2	8	57887	57894	25 %	0 %	50 %	25 %	482907210
124	NC_021155	GCCC	2	8	58078	58085	0 %	0 %	25 %	75 %	482907210
125	NC_021155	ATCC	2	8	58707	58714	25 %	25 %	0 %	50 %	482907211
126	NC_021155	GTCC	2	8	58883	58890	0 %	25 %	25 %	50 %	482907211
127	NC_021155	ACGC	2	8	59280	59287	25 %	0 %	25 %	50 %	482907212
128	NC_021155	ACGG	2	8	59790	59797	25 %	0 %	50 %	25 %	482907213
129	NC_021155	CAGC	2	8	60030	60037	25 %	0 %	25 %	50 %	482907213
130	NC_021155	GCCT	2	8	60707	60714	0 %	25 %	25 %	50 %	482907215
131	NC_021155	CAGA	2	8	60976	60983	50 %	0 %	25 %	25 %	482907215
132	NC_021155	GCAG	2	8	61374	61381	25 %	0 %	50 %	25 %	482907215
133	NC_021155	TTCC	2	8	61530	61537	0 %	50 %	0 %	50 %	482907215
134	NC_021155	CCAC	2	8	61620	61627	25 %	0 %	0 %	75 %	482907215
135	NC_021155	CCTT	2	8	62179	62186	0 %	50 %	0 %	50 %	482907215
136	NC_021155	CCTG	2	8	63020	63027	0 %	25 %	25 %	50 %	482907217
137	NC_021155	ATAA	2	8	63630	63637	75 %	25 %	0 %	0 %	482907218
138	NC_021155	TCCA	2	8	63720	63727	25 %	25 %	0 %	50 %	482907218
139	NC_021155	GTCC	2	8	64400	64407	0 %	25 %	25 %	50 %	482907219
140	NC_021155	CGTC	2	8	64636	64643	0 %	25 %	25 %	50 %	482907219
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.