MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI6T6 complete sequence

Total Repeats: 278

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020567	TCA	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455814
2	NC_020567	TAG	2	6	942	947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455814
3	NC_020567	ATT	2	6	1013	1018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455814
4	NC_020567	ATC	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455814
5	NC_020567	GCA	2	6	1187	1192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455814
6	NC_020567	CAT	2	6	1203	1208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455814
7	NC_020567	TGA	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455814
8	NC_020567	AAT	2	6	1474	1479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455814
9	NC_020567	TTC	2	6	1639	1644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
10	NC_020567	ATT	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455814
11	NC_020567	TGT	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455814
12	NC_020567	TTC	2	6	1759	1764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
13	NC_020567	TTC	2	6	1861	1866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
14	NC_020567	CCA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455814
15	NC_020567	AAT	2	6	2149	2154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455814
16	NC_020567	AGT	2	6	2201	2206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455814
17	NC_020567	TCA	2	6	2237	2242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455814
18	NC_020567	AGC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455814
19	NC_020567	ATA	2	6	2357	2362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455814
20	NC_020567	ATT	2	6	2393	2398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455814
21	NC_020567	CTT	2	6	2424	2429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
22	NC_020567	ACA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455814
23	NC_020567	ATG	2	6	2549	2554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455814
24	NC_020567	TCA	2	6	2577	2582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455814
25	NC_020567	TCT	2	6	2693	2698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
26	NC_020567	TAG	2	6	2734	2739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455814
27	NC_020567	TCT	2	6	2786	2791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
28	NC_020567	TTC	2	6	2890	2895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
29	NC_020567	TCT	2	6	3041	3046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455814
30	NC_020567	CAT	2	6	4133	4138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455815
31	NC_020567	TAT	2	6	4229	4234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455815
32	NC_020567	AGC	2	6	4317	4322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455815
33	NC_020567	GTT	2	6	4421	4426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455815
34	NC_020567	TAT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455815
35	NC_020567	ATC	2	6	4569	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455815
36	NC_020567	TTA	2	6	4603	4608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455815
37	NC_020567	AAT	2	6	4885	4890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455815
38	NC_020567	TAT	2	6	4921	4926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
39	NC_020567	AAG	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455816
40	NC_020567	TTA	2	6	4960	4965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
41	NC_020567	TTA	2	6	5005	5010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
42	NC_020567	CTT	2	6	5077	5082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455816
43	NC_020567	TAA	2	6	5130	5135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
44	NC_020567	AAT	2	6	5140	5145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
45	NC_020567	ACC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455816
46	NC_020567	ATA	2	6	5258	5263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
47	NC_020567	TTA	2	6	5291	5296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
48	NC_020567	TTA	2	6	5323	5328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
49	NC_020567	TCT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455816
50	NC_020567	TAT	3	9	5613	5621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
51	NC_020567	TAA	2	6	5700	5705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
52	NC_020567	TAT	2	6	5742	5747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
53	NC_020567	AGA	2	6	5827	5832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455816
54	NC_020567	AAG	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455816
55	NC_020567	GAA	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455816
56	NC_020567	ATG	2	6	6167	6172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455816
57	NC_020567	TAA	2	6	6342	6347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
58	NC_020567	ATG	2	6	6430	6435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455816
59	NC_020567	TCT	2	6	6478	6483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455816
60	NC_020567	ATT	2	6	6486	6491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
61	NC_020567	TAA	2	6	6558	6563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455816
62	NC_020567	GGT	2	6	6566	6571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455816
63	NC_020567	TAT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455816
64	NC_020567	TTG	2	6	7514	7519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455817
65	NC_020567	TAA	2	6	7581	7586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455817
66	NC_020567	AGA	2	6	7611	7616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455817
67	NC_020567	GCA	2	6	7672	7677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455817
68	NC_020567	TTC	2	6	7713	7718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455817
69	NC_020567	GTC	2	6	7760	7765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455817
70	NC_020567	AAT	2	6	7894	7899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455817
71	NC_020567	ATC	2	6	8069	8074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455818
72	NC_020567	AAG	2	6	8185	8190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455818
73	NC_020567	ATG	2	6	8257	8262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455818
74	NC_020567	ATT	2	6	8265	8270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455818
75	NC_020567	ATT	2	6	8281	8286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455818
76	NC_020567	ATG	2	6	8328	8333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455818
77	NC_020567	GTG	2	6	8547	8552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455818
78	NC_020567	AGA	2	6	8561	8566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455818
79	NC_020567	AAG	2	6	8593	8598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455818
80	NC_020567	ATT	2	6	9560	9565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455819
81	NC_020567	TGC	2	6	9669	9674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455819
82	NC_020567	CAT	2	6	9695	9700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455819
83	NC_020567	CCT	2	6	9728	9733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455819
84	NC_020567	ATT	2	6	9829	9834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455819
85	NC_020567	ATA	2	6	9849	9854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455819
86	NC_020567	GTT	2	6	9862	9867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455819
87	NC_020567	TTC	2	6	9954	9959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455819
88	NC_020567	ATA	2	6	10005	10010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455819
89	NC_020567	TAC	2	6	10022	10027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455819
90	NC_020567	AGT	3	9	10053	10061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455819
91	NC_020567	TCA	2	6	10124	10129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455819
92	NC_020567	ATG	2	6	10335	10340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455820
93	NC_020567	TAG	2	6	10366	10371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455820
94	NC_020567	GTT	2	6	10392	10397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455820
95	NC_020567	GAA	2	6	10549	10554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455820
96	NC_020567	ATT	2	6	10562	10567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455820
97	NC_020567	TAA	2	6	10672	10677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455820
98	NC_020567	ACT	2	6	10683	10688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455820
99	NC_020567	GGA	2	6	10794	10799	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	472455820
100	NC_020567	ATA	2	6	10857	10862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455820
101	NC_020567	AAG	2	6	10999	11004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455820
102	NC_020567	ATT	2	6	11016	11021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455820
103	NC_020567	TGC	2	6	11147	11152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455820
104	NC_020567	TTA	2	6	11187	11192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455820
105	NC_020567	GAA	2	6	11217	11222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455820
106	NC_020567	GCG	2	6	11304	11309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	472455820
107	NC_020567	TAT	2	6	11369	11374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455820
108	NC_020567	TAA	2	6	11470	11475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455820
109	NC_020567	GCT	2	6	11511	11516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455820
110	NC_020567	TCT	2	6	11577	11582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455820
111	NC_020567	TCA	2	6	11619	11624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455820
112	NC_020567	GAA	2	6	11658	11663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455820
113	NC_020567	CAT	2	6	11731	11736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455820
114	NC_020567	ATG	2	6	11740	11745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455820
115	NC_020567	TAG	2	6	11764	11769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455820
116	NC_020567	TGA	2	6	12052	12057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455821
117	NC_020567	TAG	2	6	12121	12126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455821
118	NC_020567	TTA	2	6	12210	12215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455821
119	NC_020567	TTA	2	6	12358	12363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455821
120	NC_020567	TAT	3	9	12401	12409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455821
121	NC_020567	TAC	2	6	12415	12420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455821
122	NC_020567	ATG	2	6	12598	12603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455821
123	NC_020567	ATT	2	6	12614	12619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455821
124	NC_020567	TTC	2	6	13005	13010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455822
125	NC_020567	ATC	2	6	13020	13025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455822
126	NC_020567	TGT	2	6	13120	13125	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455822
127	NC_020567	TTC	2	6	13143	13148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455822
128	NC_020567	CTT	2	6	13160	13165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455822
129	NC_020567	TTA	2	6	13261	13266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455822
130	NC_020567	TTG	2	6	13284	13289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455822
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255	NC_020567	AAT	2	6	29194	29199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455832
256	NC_020567	AGA	2	6	29201	29206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455832
257	NC_020567	TTC	2	6	29257	29262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455832
258	NC_020567	ATC	2	6	29317	29322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455832
259	NC_020567	TTC	2	6	29407	29412	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455832
260	NC_020567	CCA	2	6	30014	30019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455833
261	NC_020567	TAA	2	6	30035	30040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455833
262	NC_020567	GCT	2	6	30074	30079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455833
263	NC_020567	CAC	2	6	30163	30168	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455833
264	NC_020567	GAT	2	6	30190	30195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455833
265	NC_020567	TGA	2	6	30201	30206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455833
266	NC_020567	ACC	2	6	30245	30250	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455833
267	NC_020567	TCC	2	6	30460	30465	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455833
268	NC_020567	CCA	2	6	30518	30523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455833
269	NC_020567	AAG	2	6	30597	30602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455833
270	NC_020567	CTT	2	6	30704	30709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455834
271	NC_020567	ATC	2	6	30714	30719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455834
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274	NC_020567	CAA	2	6	32027	32032	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455835
275	NC_020567	GCA	2	6	32068	32073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455835
276	NC_020567	TCC	2	6	32158	32163	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455835
277	NC_020567	CAG	2	6	32204	32209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455835
278	NC_020567	TGC	2	6	32316	32321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455835

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.