MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 plasmid pCFSAN001992_2

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020308	GGT	2	6	1385	1390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119537
2	NC_020308	GCC	2	6	1556	1561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119537
3	NC_020308	TCA	2	6	1782	1787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119538
4	NC_020308	ATG	2	6	1788	1793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119538
5	NC_020308	TCC	2	6	1932	1937	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119538
6	NC_020308	CGC	2	6	1986	1991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119538
7	NC_020308	GAA	2	6	2056	2061	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119538
8	NC_020308	AAG	2	6	2103	2108	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119538
9	NC_020308	ATG	2	6	2193	2198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119538
10	NC_020308	TTC	2	6	2243	2248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119538
11	NC_020308	TTA	2	6	2259	2264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119538
12	NC_020308	ATT	2	6	2276	2281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119538
13	NC_020308	GAA	2	6	2360	2365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119538
14	NC_020308	TGG	2	6	2539	2544	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119539
15	NC_020308	TTG	2	6	2650	2655	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119539
16	NC_020308	GAC	2	6	2709	2714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119539
17	NC_020308	ATG	2	6	2740	2745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119539
18	NC_020308	GGA	2	6	2768	2773	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119539
19	NC_020308	AAG	2	6	2850	2855	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119539
20	NC_020308	ATG	2	6	2911	2916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119539
21	NC_020308	ATC	2	6	2966	2971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119539
22	NC_020308	ATG	2	6	2973	2978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119539
23	NC_020308	CTT	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119539
24	NC_020308	ATA	2	6	3301	3306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119539
25	NC_020308	AGC	2	6	3352	3357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119539
26	NC_020308	TGT	2	6	3425	3430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119539
27	NC_020308	CTG	3	9	3460	3468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119539
28	NC_020308	AAT	2	6	3993	3998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119540
29	NC_020308	CTT	2	6	4159	4164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119540
30	NC_020308	GAT	2	6	4225	4230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119540
31	NC_020308	AGC	2	6	4268	4273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119540
32	NC_020308	TGA	2	6	4332	4337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119540
33	NC_020308	ATG	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119540
34	NC_020308	CGC	2	6	4389	4394	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119540
35	NC_020308	GTT	2	6	4715	4720	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119541
36	NC_020308	GGA	2	6	4721	4726	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119541
37	NC_020308	GAT	2	6	4746	4751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119541
38	NC_020308	GAA	2	6	4861	4866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119541
39	NC_020308	CTG	2	6	5193	5198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119542
40	NC_020308	GCA	2	6	5217	5222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119542
41	NC_020308	ACG	2	6	5451	5456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119543
42	NC_020308	TGG	2	6	5642	5647	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119543
43	NC_020308	CGC	2	6	5663	5668	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119543
44	NC_020308	TAC	2	6	5894	5899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119544
45	NC_020308	CTG	2	6	5926	5931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119544
46	NC_020308	TAA	2	6	5938	5943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119544
47	NC_020308	CTC	2	6	6016	6021	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119544
48	NC_020308	ATT	2	6	6047	6052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119544
49	NC_020308	TAT	2	6	6067	6072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119544
50	NC_020308	CCG	2	6	6097	6102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119544
51	NC_020308	TTA	2	6	6220	6225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119544
52	NC_020308	CTG	2	6	6333	6338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119544
53	NC_020308	CGA	2	6	6380	6385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119544
54	NC_020308	AAG	2	6	6399	6404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119544
55	NC_020308	CTG	2	6	6436	6441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119544
56	NC_020308	ATA	2	6	6459	6464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119544
57	NC_020308	GAG	2	6	6481	6486	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119544
58	NC_020308	CCG	2	6	6541	6546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119544
59	NC_020308	CTG	2	6	6772	6777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119544
60	NC_020308	CCA	3	9	7052	7060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119545
61	NC_020308	CCG	2	6	7181	7186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119545
62	NC_020308	GTG	2	6	7246	7251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119545
63	NC_020308	TGC	2	6	7261	7266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119545
64	NC_020308	CGG	2	6	7365	7370	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119545
65	NC_020308	GTG	2	6	7426	7431	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119545
66	NC_020308	CTG	2	6	7457	7462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119545
67	NC_020308	CGC	2	6	7632	7637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119546
68	NC_020308	CAC	2	6	7642	7647	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119546
69	NC_020308	GCT	2	6	7740	7745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119546
70	NC_020308	TCA	2	6	7920	7925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119546
71	NC_020308	CTG	2	6	8051	8056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119546
72	NC_020308	CTT	2	6	8077	8082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119546
73	NC_020308	CGC	2	6	8122	8127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119546
74	NC_020308	GCT	2	6	8273	8278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
75	NC_020308	CAG	2	6	8309	8314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
76	NC_020308	TCA	2	6	8317	8322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119547
77	NC_020308	GCA	2	6	8323	8328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
78	NC_020308	GTG	2	6	8370	8375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
79	NC_020308	TCC	2	6	8381	8386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119547
80	NC_020308	AAT	2	6	8462	8467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119547
81	NC_020308	CAC	2	6	8483	8488	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119547
82	NC_020308	AGC	2	6	8505	8510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
83	NC_020308	TGC	2	6	8584	8589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
84	NC_020308	GCT	2	6	8591	8596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
85	NC_020308	CAC	2	6	8648	8653	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119547
86	NC_020308	CAG	3	9	8681	8689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
87	NC_020308	GTG	2	6	8739	8744	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
88	NC_020308	TTG	2	6	8820	8825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119547
89	NC_020308	CTG	2	6	8937	8942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
90	NC_020308	GTG	2	6	9069	9074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
91	NC_020308	CTG	2	6	9125	9130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
92	NC_020308	CAG	2	6	9329	9334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
93	NC_020308	TCA	2	6	9408	9413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119547
94	NC_020308	GCA	2	6	9508	9513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
95	NC_020308	GTG	2	6	9531	9536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
96	NC_020308	GCA	2	6	9661	9666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
97	NC_020308	CCA	2	6	9711	9716	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119547
98	NC_020308	CAC	2	6	9731	9736	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119547
99	NC_020308	TGG	2	6	9751	9756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
100	NC_020308	CAC	2	6	9791	9796	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119547
101	NC_020308	GGT	2	6	9842	9847	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
102	NC_020308	TTG	3	9	9903	9911	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119547
103	NC_020308	GCA	2	6	9921	9926	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
104	NC_020308	CAG	2	6	9980	9985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
105	NC_020308	GTT	2	6	10025	10030	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119547
106	NC_020308	GGT	2	6	10031	10036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119547
107	NC_020308	ATT	3	9	10154	10162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119547
108	NC_020308	CGT	2	6	10300	10305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119547
109	NC_020308	AGC	2	6	10342	10347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119547
110	NC_020308	TCC	2	6	10449	10454	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119547
111	NC_020308	GAA	2	6	10614	10619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119547
112	NC_020308	GTT	2	6	10651	10656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119547
113	NC_020308	TTA	2	6	10657	10662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119547
114	NC_020308	CAC	2	6	10862	10867	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119548
115	NC_020308	CTG	2	6	10931	10936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119548
116	NC_020308	GCA	2	6	11035	11040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119548
117	NC_020308	GCT	2	6	11158	11163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119548
118	NC_020308	ATG	2	6	11191	11196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119548
119	NC_020308	CAC	2	6	11207	11212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119548
120	NC_020308	GGT	2	6	11235	11240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119548
121	NC_020308	CAC	2	6	11247	11252	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119548
122	NC_020308	CAC	2	6	11270	11275	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119548
123	NC_020308	ACA	2	6	12295	12300	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119549
124	NC_020308	GCA	2	6	12423	12428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119549
125	NC_020308	CAC	2	6	12431	12436	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119549
126	NC_020308	CTG	2	6	12513	12518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119549
127	NC_020308	AGC	2	6	12575	12580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119549
128	NC_020308	CAT	2	6	13266	13271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119550
129	NC_020308	GCA	2	6	13377	13382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119550
130	NC_020308	CGG	2	6	13473	13478	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
131	NC_020308	GCG	2	6	13481	13486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
132	NC_020308	CCA	2	6	13602	13607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119550
133	NC_020308	CGG	2	6	13686	13691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
134	NC_020308	GGC	2	6	13696	13701	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
135	NC_020308	GCG	2	6	13749	13754	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
136	NC_020308	CAG	2	6	13825	13830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119550
137	NC_020308	CAG	2	6	13885	13890	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119550
138	NC_020308	GGC	2	6	13976	13981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119550
139	NC_020308	GAA	2	6	13988	13993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119550
140	NC_020308	CAC	2	6	14019	14024	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119550
141	NC_020308	GAC	2	6	14120	14125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119551
142	NC_020308	CCA	2	6	14161	14166	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119551
143	NC_020308	GCG	2	6	14188	14193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119551
144	NC_020308	CGC	2	6	14274	14279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119551
145	NC_020308	GCC	2	6	14297	14302	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119551
146	NC_020308	CTT	2	6	14414	14419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119552
147	NC_020308	TCA	2	6	14459	14464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119552
148	NC_020308	CAG	2	6	14526	14531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119552
149	NC_020308	ATG	2	6	14578	14583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119552
150	NC_020308	TCG	2	6	14669	14674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119553
151	NC_020308	CCA	2	6	14712	14717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119553
152	NC_020308	CCT	2	6	14766	14771	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119553
153	NC_020308	GCT	2	6	14862	14867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119553
154	NC_020308	ATA	2	6	14870	14875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119553

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.