MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium meliloti Rm41 plasmid pRM41A

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018682	CCCCT	2	10	1529	1538	0 %	20 %	0 %	80 %	407689768
2	NC_018682	GACAG	2	10	1563	1572	40 %	0 %	40 %	20 %	407689768
3	NC_018682	GCTTG	2	10	2655	2664	0 %	40 %	40 %	20 %	407689769
4	NC_018682	GCTCA	2	10	2734	2743	20 %	20 %	20 %	40 %	407689769
5	NC_018682	AGGGG	2	10	5150	5159	20 %	0 %	80 %	0 %	407689771
6	NC_018682	TTCAA	2	10	8012	8021	40 %	40 %	0 %	20 %	407689774
7	NC_018682	CTTGG	2	10	12560	12569	0 %	40 %	40 %	20 %	407689778
8	NC_018682	CTAAA	2	10	13251	13260	60 %	20 %	0 %	20 %	407689778
9	NC_018682	TTTCG	2	10	15146	15155	0 %	60 %	20 %	20 %	407689778
10	NC_018682	GGTTC	2	10	16173	16182	0 %	40 %	40 %	20 %	407689779
11	NC_018682	GCGCT	2	10	16211	16220	0 %	20 %	40 %	40 %	407689779
12	NC_018682	TGGAC	2	10	17328	17337	20 %	20 %	40 %	20 %	407689780
13	NC_018682	CTTGG	2	10	25186	25195	0 %	40 %	40 %	20 %	407689788
14	NC_018682	CCGGT	2	10	25808	25817	0 %	20 %	40 %	40 %	407689788
15	NC_018682	TGGGG	2	10	28612	28621	0 %	20 %	80 %	0 %	407689792
16	NC_018682	GACTG	2	10	32077	32086	20 %	20 %	40 %	20 %	407689798
17	NC_018682	GCGTC	2	10	34394	34403	0 %	20 %	40 %	40 %	407689801
18	NC_018682	AAGCG	2	10	34516	34525	40 %	0 %	40 %	20 %	407689802
19	NC_018682	GGAAT	2	10	34707	34716	40 %	20 %	40 %	0 %	407689802
20	NC_018682	ATAGG	2	10	37241	37250	40 %	20 %	40 %	0 %	407689804
21	NC_018682	GGCCG	2	10	38152	38161	0 %	0 %	60 %	40 %	407689805
22	NC_018682	GGCGC	2	10	38502	38511	0 %	0 %	60 %	40 %	407689806
23	NC_018682	CGATC	2	10	44068	44077	20 %	20 %	20 %	40 %	407689810
24	NC_018682	GCGGT	2	10	44576	44585	0 %	20 %	60 %	20 %	407689811
25	NC_018682	CGATG	2	10	47206	47215	20 %	20 %	40 %	20 %	407689813
26	NC_018682	CCGAG	2	10	50508	50517	20 %	0 %	40 %	40 %	407689816
27	NC_018682	CCCAG	2	10	50700	50709	20 %	0 %	20 %	60 %	407689817
28	NC_018682	ATCGA	2	10	52387	52396	40 %	20 %	20 %	20 %	407689818
29	NC_018682	CGAAA	2	10	62008	62017	60 %	0 %	20 %	20 %	407689826
30	NC_018682	AGGAG	2	10	65284	65293	40 %	0 %	60 %	0 %	407689829
31	NC_018682	AATGG	2	10	66049	66058	40 %	20 %	40 %	0 %	407689830
32	NC_018682	TGTCG	2	10	68130	68139	0 %	40 %	40 %	20 %	407689832
33	NC_018682	CGGCC	2	10	71731	71740	0 %	0 %	40 %	60 %	407689835
34	NC_018682	GGGAC	2	10	72328	72337	20 %	0 %	60 %	20 %	407689836
35	NC_018682	CGCGC	2	10	74661	74670	0 %	0 %	40 %	60 %	407689838
36	NC_018682	CGATC	2	10	75346	75355	20 %	20 %	20 %	40 %	407689839
37	NC_018682	AACCC	2	10	80810	80819	40 %	0 %	0 %	60 %	407689845
38	NC_018682	ATTTC	2	10	83168	83177	20 %	60 %	0 %	20 %	407689847
39	NC_018682	AATGA	2	10	85377	85386	60 %	20 %	20 %	0 %	407689848
40	NC_018682	CGACG	2	10	88139	88148	20 %	0 %	40 %	40 %	407689851
41	NC_018682	TGCGC	2	10	88681	88690	0 %	20 %	40 %	40 %	407689851
42	NC_018682	GAGCA	2	10	88778	88787	40 %	0 %	40 %	20 %	407689851
43	NC_018682	GATCA	2	10	90681	90690	40 %	20 %	20 %	20 %	407689853
44	NC_018682	CATGC	2	10	91066	91075	20 %	20 %	20 %	40 %	407689853
45	NC_018682	ACTGC	2	10	93803	93812	20 %	20 %	20 %	40 %	407689856
46	NC_018682	AGGGC	2	10	95229	95238	20 %	0 %	60 %	20 %	407689857
47	NC_018682	TCGCG	2	10	95631	95640	0 %	20 %	40 %	40 %	407689857
48	NC_018682	CCTGA	2	10	98261	98270	20 %	20 %	20 %	40 %	407689859
49	NC_018682	CTGGA	2	10	98886	98895	20 %	20 %	40 %	20 %	407689860
50	NC_018682	GTTCG	2	10	105655	105664	0 %	40 %	40 %	20 %	407689868
51	NC_018682	GCTCG	2	10	106339	106348	0 %	20 %	40 %	40 %	407689869
52	NC_018682	GGCGG	2	10	107688	107697	0 %	0 %	80 %	20 %	407689870
53	NC_018682	GACCG	2	10	107878	107887	20 %	0 %	40 %	40 %	407689870
54	NC_018682	ATCGG	2	10	111227	111236	20 %	20 %	40 %	20 %	407689873
55	NC_018682	GCCGC	2	10	113915	113924	0 %	0 %	40 %	60 %	407689878
56	NC_018682	TCGCG	2	10	113982	113991	0 %	20 %	40 %	40 %	407689878
57	NC_018682	GGGCG	2	10	114443	114452	0 %	0 %	80 %	20 %	407689879
58	NC_018682	GAGGC	2	10	117876	117885	20 %	0 %	60 %	20 %	407689882
59	NC_018682	TACGA	2	10	120054	120063	40 %	20 %	20 %	20 %	407689885
60	NC_018682	GTATC	2	10	124932	124941	20 %	40 %	20 %	20 %	407689889
61	NC_018682	CTGCA	2	10	125184	125193	20 %	20 %	20 %	40 %	407689889
62	NC_018682	CCTCG	2	10	130748	130757	0 %	20 %	20 %	60 %	407689894
63	NC_018682	CTTTG	2	10	132360	132369	0 %	60 %	20 %	20 %	407689895
64	NC_018682	GATCG	2	10	132871	132880	20 %	20 %	40 %	20 %	407689895
65	NC_018682	GTGAT	2	10	137748	137757	20 %	40 %	40 %	0 %	407689898
66	NC_018682	GGTTT	2	10	139555	139564	0 %	60 %	40 %	0 %	407689899
67	NC_018682	TCCGC	2	10	141233	141242	0 %	20 %	20 %	60 %	407689901
68	NC_018682	TCCGA	2	10	146144	146153	20 %	20 %	20 %	40 %	407689905
69	NC_018682	GCCTG	2	10	146718	146727	0 %	20 %	40 %	40 %	407689905
70	NC_018682	CGGCT	2	10	147426	147435	0 %	20 %	40 %	40 %	407689905
71	NC_018682	TGGCA	2	10	149391	149400	20 %	20 %	40 %	20 %	407689906
72	NC_018682	ATCCG	2	10	149509	149518	20 %	20 %	20 %	40 %	407689906
73	NC_018682	CGGCC	2	10	153797	153806	0 %	0 %	40 %	60 %	407689910
74	NC_018682	CGAAG	2	10	156197	156206	40 %	0 %	40 %	20 %	407689914
75	NC_018682	GCTCG	2	10	156392	156401	0 %	20 %	40 %	40 %	407689914
76	NC_018682	TCTAG	2	10	157951	157960	20 %	40 %	20 %	20 %	407689916
77	NC_018682	GTGAT	2	10	159689	159698	20 %	40 %	40 %	0 %	407689918
78	NC_018682	CCCTG	2	10	160115	160124	0 %	20 %	20 %	60 %	407689918
79	NC_018682	TGTTC	2	10	162461	162470	0 %	60 %	20 %	20 %	407689920
80	NC_018682	TGTTC	2	10	162914	162923	0 %	60 %	20 %	20 %	407689920
81	NC_018682	GGCGA	2	10	165797	165806	20 %	0 %	60 %	20 %	407689923
82	NC_018682	CGCTT	2	10	168093	168102	0 %	40 %	20 %	40 %	407689925
83	NC_018682	GCTTC	2	10	169346	169355	0 %	40 %	20 %	40 %	407689926
84	NC_018682	CCTGC	2	10	170213	170222	0 %	20 %	20 %	60 %	407689927
85	NC_018682	CGCGG	2	10	170392	170401	0 %	0 %	60 %	40 %	407689927
86	NC_018682	TCTCG	2	10	170917	170926	0 %	40 %	20 %	40 %	407689927
87	NC_018682	TCGCC	2	10	171242	171251	0 %	20 %	20 %	60 %	407689928
88	NC_018682	GGCGA	2	10	174640	174649	20 %	0 %	60 %	20 %	407689931
89	NC_018682	CGCTT	2	10	176936	176945	0 %	40 %	20 %	40 %	407689933
90	NC_018682	ACGCC	2	10	178667	178676	20 %	0 %	20 %	60 %	407689936
91	NC_018682	TGGCT	2	10	182555	182564	0 %	40 %	40 %	20 %	407689940
92	NC_018682	CGTTC	2	10	183621	183630	0 %	40 %	20 %	40 %	407689941
93	NC_018682	AATTT	2	10	184621	184630	40 %	60 %	0 %	0 %	407689943
94	NC_018682	GATGC	2	10	186840	186849	20 %	20 %	40 %	20 %	407689945
95	NC_018682	CTGAT	2	10	188593	188602	20 %	40 %	20 %	20 %	407689946
96	NC_018682	TGGCA	2	10	193242	193251	20 %	20 %	40 %	20 %	407689950
97	NC_018682	GAAGC	2	10	194245	194254	40 %	0 %	40 %	20 %	407689951
98	NC_018682	GCCGC	2	10	194446	194455	0 %	0 %	40 %	60 %	407689951
99	NC_018682	CCGAA	2	10	195207	195216	40 %	0 %	20 %	40 %	407689951
100	NC_018682	GGCAC	2	10	195413	195422	20 %	0 %	40 %	40 %	407689951
101	NC_018682	GCCGG	2	10	195824	195833	0 %	0 %	60 %	40 %	407689952
102	NC_018682	CGAGG	2	10	195963	195972	20 %	0 %	60 %	20 %	407689952
103	NC_018682	ATGCG	2	10	197626	197635	20 %	20 %	40 %	20 %	407689953
104	NC_018682	CTCAC	2	10	199117	199126	20 %	20 %	0 %	60 %	407689954
105	NC_018682	TTCGG	2	10	199628	199637	0 %	40 %	40 %	20 %	407689954
106	NC_018682	TTGGT	2	10	199903	199912	0 %	60 %	40 %	0 %	407689954
107	NC_018682	GAGCC	2	10	201990	201999	20 %	0 %	40 %	40 %	407689956
108	NC_018682	AGCCG	2	10	204266	204275	20 %	0 %	40 %	40 %	407689958
109	NC_018682	GTGCC	2	10	204496	204505	0 %	20 %	40 %	40 %	407689958
110	NC_018682	CGACC	2	10	205691	205700	20 %	0 %	20 %	60 %	407689959
111	NC_018682	GCGCC	2	10	209747	209756	0 %	0 %	40 %	60 %	407689963
112	NC_018682	TCGCT	2	10	210724	210733	0 %	40 %	20 %	40 %	407689964
113	NC_018682	GGACA	2	10	212072	212081	40 %	0 %	40 %	20 %	407689966
114	NC_018682	CAAGC	2	10	215157	215166	40 %	0 %	20 %	40 %	407689969
115	NC_018682	CGGTT	2	10	215518	215527	0 %	40 %	40 %	20 %	407689969
116	NC_018682	CGCCC	2	10	216234	216243	0 %	0 %	20 %	80 %	407689971
117	NC_018682	AGCCG	2	10	223075	223084	20 %	0 %	40 %	40 %	407689980
118	NC_018682	CCCTC	2	10	223111	223120	0 %	20 %	0 %	80 %	407689980
119	NC_018682	GCCCC	2	10	223791	223800	0 %	0 %	20 %	80 %	407689980
120	NC_018682	TCGGC	2	10	224095	224104	0 %	20 %	40 %	40 %	407689980
121	NC_018682	GGCAA	2	10	224391	224400	40 %	0 %	40 %	20 %	407689980
122	NC_018682	ACCAA	2	10	227791	227800	60 %	0 %	0 %	40 %	407689982
123	NC_018682	TCCTT	2	10	230321	230330	0 %	60 %	0 %	40 %	407689984
124	NC_018682	GAACG	2	10	232383	232392	40 %	0 %	40 %	20 %	407689987
125	NC_018682	CGCGA	2	10	235705	235714	20 %	0 %	40 %	40 %	407689992
126	NC_018682	CGCGG	2	10	236545	236554	0 %	0 %	60 %	40 %	407689992
127	NC_018682	CCTCC	2	10	237341	237350	0 %	20 %	0 %	80 %	407689994
128	NC_018682	GCTGT	2	10	238172	238181	0 %	40 %	40 %	20 %	407689995
129	NC_018682	CGAGA	2	10	240349	240358	40 %	0 %	40 %	20 %	407689998
130	NC_018682	TTGCG	2	10	241756	241765	0 %	40 %	40 %	20 %	407689999
131	NC_018682	CCCCT	2	10	242866	242875	0 %	20 %	0 %	80 %	407689999
132	NC_018682	CCCCT	2	10	243754	243763	0 %	20 %	0 %	80 %	407690001
133	NC_018682	GACGC	2	10	244750	244759	20 %	0 %	40 %	40 %	407690002

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.