MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae gamPNI0373 chromosome

Total Repeats: 732

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018630	GAAATG	2	12	338	349	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475458
2	NC_018630	ATTGGA	2	12	4778	4789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475462
3	NC_018630	TTGCAA	2	12	5067	5078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475463
4	NC_018630	TGCTTA	2	12	7714	7725	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410475463
5	NC_018630	GCTAAC	2	12	7955	7966	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410475463
6	NC_018630	TTGATT	2	12	8889	8900	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475465
7	NC_018630	GATAGA	2	12	20602	20613	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475472
8	NC_018630	AGTTGA	2	12	21912	21923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475475
9	NC_018630	TTCTTG	2	12	25309	25320	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410475478
10	NC_018630	ACTTTT	2	12	25378	25389	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410475478
11	NC_018630	TTCAGT	2	12	25900	25911	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410475479
12	NC_018630	AAATAA	2	12	28270	28281	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410475486
13	NC_018630	ATTGAG	2	12	34734	34745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475503
14	NC_018630	TCATCT	2	12	39524	39535	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410475512
15	NC_018630	ATCCAG	2	12	41168	41179	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410475514
16	NC_018630	TCCTGA	2	12	41772	41783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410475514
17	NC_018630	ATGGAA	2	12	46046	46057	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475523
18	NC_018630	CGAAGT	2	12	46751	46762	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410475524
19	NC_018630	ATTACT	2	12	49086	49097	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410475524
20	NC_018630	ATTTGG	2	12	53027	53038	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410475526
21	NC_018630	AGGTTG	2	12	54747	54758	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475527
22	NC_018630	CGGTAG	2	12	56090	56101	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410475528
23	NC_018630	AGGTTG	2	12	61541	61552	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475539
24	NC_018630	CGATTG	2	12	67774	67785	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475544
25	NC_018630	TTCCTT	2	12	71099	71110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410475547
26	NC_018630	AGGATA	2	12	76640	76651	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475556
27	NC_018630	TCAATC	2	12	77969	77980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410475556
28	NC_018630	TTACTG	2	12	88352	88363	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410475563
29	NC_018630	AAAAAT	2	12	91512	91523	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410475566
30	NC_018630	GTTTCT	2	12	98653	98664	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410475571
31	NC_018630	TTCCTT	2	12	99731	99742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	410475572
32	NC_018630	TTGCAG	2	12	103884	103895	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475576
33	NC_018630	TCTTGC	2	12	105463	105474	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410475578
34	NC_018630	GACTTG	2	12	105867	105878	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475578
35	NC_018630	TACAGG	2	12	121220	121231	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410475594
36	NC_018630	AAAAAC	2	12	121321	121332	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	410475594
37	NC_018630	TTTTGA	2	12	128242	128253	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475602
38	NC_018630	AAGCAG	2	12	128770	128781	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410475602
39	NC_018630	AAAGGA	2	12	133736	133747	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410475608
40	NC_018630	AGACTT	2	12	144659	144670	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475620
41	NC_018630	TTTTAT	2	12	150622	150633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	410475629
42	NC_018630	TAACAA	2	12	151117	151128	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410475629
43	NC_018630	ATAAAA	2	12	153927	153938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410475634
44	NC_018630	CTCCAG	2	12	155301	155312	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	410475635
45	NC_018630	ATAAAT	2	12	168225	168236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410475649
46	NC_018630	GAAGCA	2	12	176262	176273	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410475658
47	NC_018630	GTTTTA	2	12	179412	179423	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475662
48	NC_018630	TCAGGT	2	12	189579	189590	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475672
49	NC_018630	ATTGAG	2	12	196059	196070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475679
50	NC_018630	TTCGGA	2	12	196189	196200	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475679
51	NC_018630	AACAAG	2	12	199812	199823	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410475682
52	NC_018630	GGATTG	2	12	201541	201552	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475684
53	NC_018630	TGCACT	2	12	205306	205317	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410475689
54	NC_018630	CAATAT	2	12	206786	206797	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410475690
55	NC_018630	TTCCAT	2	12	208115	208126	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410475691
56	NC_018630	ACTTGG	2	12	208374	208385	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475691
57	NC_018630	ACCACG	2	12	212911	212922	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410475697
58	NC_018630	GCAGAC	2	12	213770	213781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410475698
59	NC_018630	ACAAGA	2	12	221229	221240	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410475704
60	NC_018630	CAGGAA	2	12	221433	221444	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410475705
61	NC_018630	TAAAGG	2	12	224110	224121	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475709
62	NC_018630	GCAATC	2	12	226698	226709	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410475714
63	NC_018630	ACATCA	2	12	227245	227256	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410475715
64	NC_018630	TAAAGG	2	12	231496	231507	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475724
65	NC_018630	AAATTA	2	12	232535	232546	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410475727
66	NC_018630	ACTTGG	2	12	232602	232613	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475727
67	NC_018630	TTGAAG	2	12	235543	235554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475731
68	NC_018630	GTAAAG	2	12	236226	236237	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475732
69	NC_018630	AAACTC	2	12	237601	237612	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410475734
70	NC_018630	AGATAA	2	12	241703	241714	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410475739
71	NC_018630	CATAAT	2	12	243757	243768	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410475741
72	NC_018630	TATCTG	2	12	249232	249243	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410475749
73	NC_018630	ACAATT	2	12	251352	251363	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410475750
74	NC_018630	CCAATC	2	12	256332	256343	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	410475753
75	NC_018630	CGAAAT	2	12	257363	257374	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410475753
76	NC_018630	TGTCAA	2	12	266136	266147	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475761
77	NC_018630	GATGGT	2	12	266896	266907	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475762
78	NC_018630	TGCCTT	2	12	268548	268559	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410475763
79	NC_018630	GTTGCT	2	12	273140	273151	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410475766
80	NC_018630	GCAAGA	2	12	276986	276997	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410475769
81	NC_018630	ATTCGA	2	12	278384	278395	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475769
82	NC_018630	GTCAGT	2	12	281789	281800	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475770
83	NC_018630	AAAATA	2	12	284204	284215	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410475773
84	NC_018630	CGATAC	2	12	292080	292091	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410475781
85	NC_018630	TTTTGG	2	12	296374	296385	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410475786
86	NC_018630	TCTTGT	2	12	301754	301765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	410475793
87	NC_018630	GAATTA	2	12	302262	302273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410475794
88	NC_018630	AAAAGG	2	12	304389	304400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	410475797
89	NC_018630	TATTCC	2	12	304572	304583	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410475797
90	NC_018630	TAGATA	2	12	309400	309411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410475802
91	NC_018630	GATAAA	2	12	314748	314759	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410475805
92	NC_018630	AAAATG	2	12	318559	318570	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	410475808
93	NC_018630	AGAGGA	2	12	321132	321143	50 %	0 %	50 %	0 %	410475811
94	NC_018630	ATGGAG	2	12	321565	321576	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	410475812
95	NC_018630	GGACAA	2	12	322432	322443	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410475813
96	NC_018630	CCATAG	2	12	325895	325906	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410475817
97	NC_018630	TTGATT	2	12	326338	326349	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475817
98	NC_018630	AGGAGT	2	12	328084	328095	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	410475819
99	NC_018630	AGCGTG	2	12	329718	329729	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	410475823
100	NC_018630	AACTGT	2	12	332262	332273	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475825
101	NC_018630	CAACCT	2	12	339322	339333	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	410475830
102	NC_018630	AGTTGA	2	12	342700	342711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475834
103	NC_018630	TCTATC	2	12	343744	343755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410475836
104	NC_018630	GACCGT	2	12	345298	345309	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410475837
105	NC_018630	AAAATA	2	12	349786	349797	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	410475843
106	NC_018630	GGTGAT	2	12	350280	350291	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475843
107	NC_018630	TAGCAG	2	12	354664	354675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410475847
108	NC_018630	AGTTGA	2	12	357483	357494	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475850
109	NC_018630	GCTAAA	2	12	364208	364219	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410475856
110	NC_018630	GAAAAA	2	12	365519	365530	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410475857
111	NC_018630	AGCTAT	2	12	367388	367399	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475857
112	NC_018630	AGACAA	2	12	370183	370194	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	410475857
113	NC_018630	TTTGAT	2	12	376155	376166	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475863
114	NC_018630	GCCAAA	2	12	376953	376964	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	410475863
115	NC_018630	TCAAGT	2	12	377070	377081	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475863
116	NC_018630	TTCACG	2	12	377318	377329	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410475863
117	NC_018630	GTGCCA	2	12	378831	378842	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410475864
118	NC_018630	GATTTT	2	12	381915	381926	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410475867
119	NC_018630	TGGAGG	2	12	384248	384259	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	410475870
120	NC_018630	CATTTA	2	12	384814	384825	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	410475870
121	NC_018630	AAGTAG	2	12	386708	386719	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475872
122	NC_018630	ATGTCA	2	12	387363	387374	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	410475873
123	NC_018630	TGTCAT	2	12	389873	389884	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410475876
124	NC_018630	CGAACG	2	12	393475	393486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410475883
125	NC_018630	ACTTGG	2	12	393610	393621	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410475883
126	NC_018630	GTCTGT	2	12	394402	394413	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	410475884
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128	NC_018630	GTGTGA	2	12	398349	398360	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475886
129	NC_018630	AAGTGA	2	12	401135	401146	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410475889
130	NC_018630	GCCAAG	2	12	401205	401216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	410475889
131	NC_018630	TGGATG	2	12	402363	402374	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	410475890
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135	NC_018630	TGTTGG	2	12	409164	409175	0 %	50 %	50 %	0 %	410475897
136	NC_018630	TTTTGG	2	12	415302	415313	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	410475904
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139	NC_018630	GGCTCT	2	12	418994	419005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410475909
140	NC_018630	CTTTTT	2	12	420434	420445	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410475913
141	NC_018630	TTTGAA	2	12	426504	426515	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410475919
142	NC_018630	TTCCAG	2	12	428764	428775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410475923
143	NC_018630	GCATGC	2	12	432859	432870	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410475926
144	NC_018630	TTGAAA	2	12	433704	433715	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	410475926
145	NC_018630	AGTTGA	2	12	440017	440028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410475934
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154	NC_018630	CCTTGA	2	12	479544	479555	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410475969
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169	NC_018630	AGGATA	2	12	509939	509950	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	410476000
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219	NC_018630	AAGCTA	2	12	669323	669334	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410476161
220	NC_018630	TGTTGG	2	12	673903	673914	0 %	50 %	50 %	0 %	410476165
221	NC_018630	GAAAAA	2	12	676156	676167	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	410476167
222	NC_018630	TTACAA	2	12	677386	677397	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410476169
223	NC_018630	TGGCTA	2	12	678171	678182	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410476170
224	NC_018630	GGCCTT	2	12	680253	680264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	410476173
225	NC_018630	ATCTCT	2	12	682424	682435	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410476176
226	NC_018630	GGTTCA	2	12	685097	685108	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410476177
227	NC_018630	AGAGGA	2	12	689851	689862	50 %	0 %	50 %	0 %	410476182
228	NC_018630	ATGCAG	2	12	696882	696893	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410476190
229	NC_018630	AGCTAA	2	12	698285	698296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410476192
230	NC_018630	TAAAAT	2	12	700307	700318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	410476194
231	NC_018630	TTGGTA	2	12	700560	700571	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	410476194
232	NC_018630	ATTGCG	2	12	704761	704772	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	410476199
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331	NC_018630	TCGACC	2	12	933315	933326	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	410476442
332	NC_018630	GGGGCT	2	12	938071	938082	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	410476448
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336	NC_018630	CCTGTA	2	12	942575	942586	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410476452
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339	NC_018630	AAACAT	2	12	951819	951830	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	410476459
340	NC_018630	ATTTGT	2	12	954313	954324	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	410476459
341	NC_018630	ATCAGG	2	12	956402	956413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410476460
342	NC_018630	TATCTT	2	12	956929	956940	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410476460
343	NC_018630	GTTGAA	2	12	961158	961169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	410476460
344	NC_018630	TTCAAA	2	12	962637	962648	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410476461
345	NC_018630	TCTTCC	2	12	963415	963426	0 %	50 %	0 %	50 %	410476461
346	NC_018630	TCCATA	2	12	964418	964429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	410476462
347	NC_018630	CTCATC	2	12	965542	965553	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	410476462
348	NC_018630	TTTTTC	2	12	966790	966801	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	410476462
349	NC_018630	TGCTTC	2	12	967441	967452	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410476462
350	NC_018630	ACTTTC	2	12	968850	968861	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410476463
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354	NC_018630	CCTGCT	2	12	974910	974921	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410476469
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362	NC_018630	GAATTT	2	12	1004637	1004648	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	410476498
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364	NC_018630	CATTTT	2	12	1016100	1016111	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410476512
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438	NC_018630	TTGACC	2	12	1232104	1232115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410476730
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442	NC_018630	TGCAAG	2	12	1236413	1236424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410476739
443	NC_018630	CATGGA	2	12	1237660	1237671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	410476740
444	NC_018630	ACAATG	2	12	1241570	1241581	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410476742
445	NC_018630	GAACGA	2	12	1242293	1242304	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	410476743
446	NC_018630	TCCTGC	2	12	1242737	1242748	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	410476743
447	NC_018630	AGCTAC	2	12	1244810	1244821	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	410476746
448	NC_018630	TGCTCT	2	12	1245999	1246010	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	410476747
449	NC_018630	TTTCAT	2	12	1246406	1246417	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	410476747
450	NC_018630	TAGACA	2	12	1250380	1250391	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	410476751
451	NC_018630	ATTCTC	2	12	1250979	1250990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	410476751
452	NC_018630	AATATC	2	12	1251101	1251112	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	410476751
453	NC_018630	CAAATC	2	12	1251714	1251725	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	410476752
454	NC_018630	CAAGCC	2	12	1252388	1252399	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	410476753
455	NC_018630	CCTTGA	2	12	1255185	1255196	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	410476756
456	NC_018630	CTTGGG	2	12	1255227	1255238	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	410476756
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460	NC_018630	CACTGG	2	12	1266384	1266395	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	410476767
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480	NC_018630	GTACTT	2	12	1312634	1312645	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	410476818
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