MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018299	CTCGAA	2	12	782	793	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995316
2	NC_018299	TTGTCG	2	12	4324	4335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	399995321
3	NC_018299	TGAGCG	2	12	4970	4981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995321
4	NC_018299	GCCGTT	2	12	6834	6845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995324
5	NC_018299	TGTCCA	2	12	9361	9372	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995327
6	NC_018299	ACCGGG	2	12	9803	9814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995327
7	NC_018299	TCCACG	2	12	10830	10841	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995330
8	NC_018299	GAAGGC	2	12	15514	15525	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995336
9	NC_018299	TGCACG	2	12	16557	16568	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995337
10	NC_018299	GCCGCG	2	12	17918	17929	0 %	0 %	50 %	50 %	399995338
11	NC_018299	ATCCCG	2	12	19111	19122	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995339
12	NC_018299	GATCGA	2	12	19729	19740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995340
13	NC_018299	CCTCGA	2	12	20086	20097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995340
14	NC_018299	CGCGAT	2	12	24449	24460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995345
15	NC_018299	CGCCAA	2	12	30263	30274	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	399995353
16	NC_018299	GGACAA	2	12	31828	31839	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995353
17	NC_018299	GGCCGC	2	12	33007	33018	0 %	0 %	50 %	50 %	399995354
18	NC_018299	GCTTCC	2	12	35809	35820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995357
19	NC_018299	GCAGAT	2	12	40513	40524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995361
20	NC_018299	AGCATC	2	12	43790	43801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995368
21	NC_018299	GCTTCC	2	12	44189	44200	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995368
22	NC_018299	ATGGCC	2	12	46076	46087	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995370
23	NC_018299	TCGACG	2	12	48088	48099	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995374
24	NC_018299	CAGCGG	2	12	55433	55444	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995384
25	NC_018299	TGACCG	2	12	56560	56571	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995384
26	NC_018299	ATACAG	2	12	59071	59082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	399995389
27	NC_018299	GAGTTT	2	12	59507	59518	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	399995389
28	NC_018299	GGCGTC	2	12	62674	62685	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995391
29	NC_018299	GACGGC	2	12	63884	63895	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995391
30	NC_018299	CCTCGA	2	12	69331	69342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995392
31	NC_018299	CGGGAA	2	12	69364	69375	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995392
32	NC_018299	GGCATA	2	12	72073	72084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995396
33	NC_018299	AACGGA	2	12	72550	72561	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995396
34	NC_018299	TGGCCG	2	12	75032	75043	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995400
35	NC_018299	CATTCC	2	12	76007	76018	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995401
36	NC_018299	CGGTCT	2	12	89493	89504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995414
37	NC_018299	ATCGCA	2	12	90497	90508	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995415
38	NC_018299	GGTCGA	2	12	93043	93054	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995418
39	NC_018299	TCGCCG	2	12	94999	95010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995420
40	NC_018299	GCCCCG	2	12	95242	95253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995420
41	NC_018299	GCCTCG	2	12	95485	95496	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995420
42	NC_018299	CCAAGT	2	12	98056	98067	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995422
43	NC_018299	TTCGAT	2	12	99047	99058	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	399995422
44	NC_018299	TCGAAG	2	12	104626	104637	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995428
45	NC_018299	ACACAG	2	12	105459	105470	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	399995429
46	NC_018299	ATGGGC	2	12	125509	125520	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995442
47	NC_018299	CCGCGG	2	12	128582	128593	0 %	0 %	50 %	50 %	399995447
48	NC_018299	AAGCAT	2	12	134934	134945	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	399995454
49	NC_018299	CATGGA	2	12	135320	135331	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995455
50	NC_018299	GTAGCC	2	12	136761	136772	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995455
51	NC_018299	CGGCGA	2	12	144738	144749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995464
52	NC_018299	CTGTTT	2	12	145016	145027	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	399995465
53	NC_018299	CCGTAG	2	12	145329	145340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995466
54	NC_018299	GAAGGA	2	12	148628	148639	50 %	0 %	50 %	0 %	399995469
55	NC_018299	GATCAC	2	12	149908	149919	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995471
56	NC_018299	AGCTTC	2	12	150508	150519	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995472
57	NC_018299	TTCGGC	2	12	157243	157254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995479
58	NC_018299	GACGAG	2	12	160002	160013	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995482
59	NC_018299	ATCGCG	2	12	160243	160254	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995482
60	NC_018299	GCTGGC	2	12	160325	160336	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995482
61	NC_018299	TGTGGA	2	12	161008	161019	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	399995483
62	NC_018299	GTCCTC	2	12	162391	162402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995484
63	NC_018299	TCGACG	2	12	162863	162874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995484
64	NC_018299	GTCGAG	2	12	163408	163419	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995484
65	NC_018299	CGGTCG	2	12	164877	164888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995484
66	NC_018299	CACGAG	2	12	169040	169051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995489
67	NC_018299	GCAGAT	2	12	170427	170438	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995489
68	NC_018299	CGATGG	2	12	173140	173151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995490
69	NC_018299	ACTCGA	2	12	176526	176537	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995492
70	NC_018299	AGCCAG	2	12	176546	176557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995492
71	NC_018299	GGCTTG	2	12	179881	179892	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	399995494
72	NC_018299	AGTCGG	2	12	183304	183315	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995498
73	NC_018299	TCGTCA	2	12	183849	183860	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995498
74	NC_018299	GATCTT	2	12	185334	185345	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	399995499
75	NC_018299	AGCTTC	2	12	185679	185690	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995500
76	NC_018299	CTGGTC	2	12	190991	191002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995506
77	NC_018299	GCTGGT	2	12	192542	192553	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	399995506
78	NC_018299	CAGTTC	2	12	201398	201409	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995517
79	NC_018299	TGCACA	2	12	202090	202101	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995517
80	NC_018299	TGCCGA	2	12	209392	209403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995521
81	NC_018299	TCGAGC	2	12	210327	210338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995522
82	NC_018299	GGCACC	2	12	212541	212552	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995526
83	NC_018299	ACGCGG	2	12	215061	215072	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995530
84	NC_018299	GCCAGC	2	12	216102	216113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995530
85	NC_018299	ATCTCC	2	12	216569	216580	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995532
86	NC_018299	TGCAGC	2	12	218473	218484	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995534
87	NC_018299	GCGCCG	2	12	221717	221728	0 %	0 %	50 %	50 %	399995535
88	NC_018299	GGTGCG	2	12	224786	224797	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	399995538
89	NC_018299	GCCGTT	2	12	236992	237003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995553
90	NC_018299	GCATCA	2	12	239284	239295	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995556
91	NC_018299	AGGGAG	2	12	245847	245858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995563

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.