MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018192	CTC	2	6	769	774	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356315
2	NC_018192	TGC	2	6	778	783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356315
3	NC_018192	CAT	2	6	798	803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356315
4	NC_018192	CCG	2	6	812	817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356315
5	NC_018192	CAT	2	6	833	838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356315
6	NC_018192	GAA	2	6	1443	1448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356316
7	NC_018192	ACG	3	9	1519	1527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356316
8	NC_018192	GGC	2	6	1531	1536	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356316
9	NC_018192	ACG	2	6	1600	1605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356316
10	NC_018192	GCC	2	6	1646	1651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356316
11	NC_018192	GCC	2	6	1678	1683	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356316
12	NC_018192	TGA	2	6	1694	1699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356316
13	NC_018192	AAG	2	6	1777	1782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356316
14	NC_018192	GGA	2	6	1830	1835	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356317
15	NC_018192	GCC	2	6	1840	1845	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
16	NC_018192	GCT	2	6	1882	1887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356317
17	NC_018192	ACG	2	6	2002	2007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356317
18	NC_018192	ATC	2	6	2066	2071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356317
19	NC_018192	GCC	2	6	2072	2077	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
20	NC_018192	GGC	2	6	2106	2111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356317
21	NC_018192	GCT	2	6	2137	2142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356317
22	NC_018192	GAC	2	6	2147	2152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356317
23	NC_018192	GCC	2	6	2185	2190	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
24	NC_018192	GCT	2	6	2194	2199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356317
25	NC_018192	GCT	2	6	2221	2226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356317
26	NC_018192	GCC	2	6	2270	2275	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
27	NC_018192	GAT	2	6	2411	2416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356317
28	NC_018192	CCA	2	6	2502	2507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356317
29	NC_018192	ACG	2	6	2543	2548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356317
30	NC_018192	ACA	2	6	2796	2801	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356317
31	NC_018192	TCG	2	6	3042	3047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356317
32	NC_018192	AGA	2	6	3123	3128	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356317
33	NC_018192	CGC	2	6	3190	3195	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
34	NC_018192	CGG	2	6	3202	3207	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356317
35	NC_018192	CCG	2	6	3237	3242	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356317
36	NC_018192	CGA	2	6	3455	3460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356317
37	NC_018192	GAA	2	6	3464	3469	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356317
38	NC_018192	CAT	2	6	3555	3560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356318
39	NC_018192	GCG	2	6	3642	3647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356318
40	NC_018192	GCG	2	6	3804	3809	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356318
41	NC_018192	CAT	2	6	3828	3833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356318
42	NC_018192	GTC	2	6	3853	3858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356318
43	NC_018192	CAC	2	6	3886	3891	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356318
44	NC_018192	GGT	2	6	3924	3929	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356318
45	NC_018192	CTC	2	6	3946	3951	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356318
46	NC_018192	TGC	2	6	3956	3961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356318
47	NC_018192	CGT	2	6	3994	3999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356318
48	NC_018192	GGA	2	6	4008	4013	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356318
49	NC_018192	ACC	2	6	4027	4032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356318
50	NC_018192	GCT	2	6	4083	4088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356318
51	NC_018192	CTC	2	6	4126	4131	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356318
52	NC_018192	CCG	2	6	4244	4249	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356318
53	NC_018192	TCG	2	6	4253	4258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356318
54	NC_018192	CGA	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356318
55	NC_018192	GCG	2	6	4321	4326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356318
56	NC_018192	CCG	2	6	4627	4632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356319
57	NC_018192	CCA	2	6	4753	4758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356319
58	NC_018192	GAC	3	9	4763	4771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356319
59	NC_018192	GAC	2	6	4808	4813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356319
60	NC_018192	TCA	2	6	4869	4874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356319
61	NC_018192	AGG	2	6	4881	4886	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356319
62	NC_018192	CAA	2	6	5002	5007	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356319
63	NC_018192	CTG	2	6	5069	5074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356319
64	NC_018192	TGC	2	6	5080	5085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356319
65	NC_018192	GAA	2	6	5095	5100	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356319
66	NC_018192	TAA	2	6	5236	5241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356319
67	NC_018192	ATC	2	6	5802	5807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356320
68	NC_018192	GCA	2	6	6327	6332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356321
69	NC_018192	ACG	2	6	6377	6382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356321
70	NC_018192	CGA	2	6	6390	6395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356321
71	NC_018192	CCA	2	6	6423	6428	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356321
72	NC_018192	CTT	2	6	6475	6480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356321
73	NC_018192	TCG	3	9	6506	6514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356321
74	NC_018192	GCG	2	6	6581	6586	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356321
75	NC_018192	CGC	2	6	6626	6631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356321
76	NC_018192	TCT	2	6	7421	7426	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356322
77	NC_018192	CGT	2	6	7496	7501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356322
78	NC_018192	TCG	2	6	7526	7531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356322
79	NC_018192	CAT	2	6	7560	7565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356322
80	NC_018192	CGC	2	6	8041	8046	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356323
81	NC_018192	TCC	2	6	8280	8285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356324
82	NC_018192	CGA	2	6	8608	8613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356325
83	NC_018192	CGA	2	6	9376	9381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356326
84	NC_018192	ACG	3	9	9431	9439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356326
85	NC_018192	GAT	2	6	9443	9448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356326
86	NC_018192	GGT	2	6	9527	9532	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356326
87	NC_018192	AGG	2	6	10285	10290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356327
88	NC_018192	CCG	2	6	10305	10310	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356327
89	NC_018192	CAG	2	6	10319	10324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356327
90	NC_018192	CCG	2	6	10392	10397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356327
91	NC_018192	GAC	2	6	10517	10522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356327
92	NC_018192	CTA	2	6	10879	10884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356327
93	NC_018192	CGA	2	6	11173	11178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356327
94	NC_018192	GTC	2	6	11283	11288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356327
95	NC_018192	CCG	2	6	11459	11464	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356327
96	NC_018192	CGT	2	6	11474	11479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356327
97	NC_018192	TCT	2	6	11497	11502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356327
98	NC_018192	CCG	2	6	11807	11812	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356328
99	NC_018192	GTC	2	6	11839	11844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356328
100	NC_018192	CGC	2	6	11859	11864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356328
101	NC_018192	CCG	2	6	12011	12016	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356328
102	NC_018192	GCA	2	6	12097	12102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356328
103	NC_018192	GAC	2	6	12246	12251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356328
104	NC_018192	CGG	2	6	12292	12297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356328
105	NC_018192	CGA	2	6	12467	12472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356328
106	NC_018192	TCG	2	6	12514	12519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356328
107	NC_018192	CTA	2	6	12599	12604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356328
108	NC_018192	TCC	2	6	12704	12709	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356329
109	NC_018192	TTC	2	6	12871	12876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356329
110	NC_018192	TGG	2	6	12886	12891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356329
111	NC_018192	CCA	2	6	12911	12916	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356329
112	NC_018192	GCA	2	6	12985	12990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356329
113	NC_018192	GAC	2	6	13149	13154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356329
114	NC_018192	GAA	2	6	13203	13208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356329
115	NC_018192	GCG	2	6	13247	13252	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356329
116	NC_018192	GAT	2	6	13323	13328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356329
117	NC_018192	CGA	2	6	13416	13421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356329
118	NC_018192	CGT	3	9	13500	13508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356329
119	NC_018192	CGA	3	9	13665	13673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356329
120	NC_018192	TTC	2	6	13711	13716	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356329
121	NC_018192	CGG	2	6	13791	13796	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356329
122	NC_018192	CTG	2	6	13800	13805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356329
123	NC_018192	GCG	2	6	13895	13900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356329
124	NC_018192	GAA	2	6	14753	14758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356330
125	NC_018192	GTC	2	6	14831	14836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356330
126	NC_018192	CGA	2	6	14860	14865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356330
127	NC_018192	TGG	2	6	14952	14957	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356330
128	NC_018192	TCC	2	6	15005	15010	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356330
129	NC_018192	ATC	2	6	15107	15112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356330
130	NC_018192	ATC	2	6	15314	15319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356330
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133	NC_018192	GCG	2	6	15534	15539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356331
134	NC_018192	CTT	2	6	16354	16359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356332
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137	NC_018192	CGG	2	6	16524	16529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356332
138	NC_018192	TTG	2	6	16571	16576	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356332
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145	NC_018192	GAG	2	6	16995	17000	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356333
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148	NC_018192	CGA	3	9	17625	17633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356335
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153	NC_018192	GGC	2	6	17776	17781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356335
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247	NC_018192	CGA	3	9	24599	24607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356342
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249	NC_018192	GGC	2	6	24654	24659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356342
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252	NC_018192	AGA	2	6	24926	24931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356343
253	NC_018192	ATC	2	6	24966	24971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356343
254	NC_018192	TCG	2	6	24997	25002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356343
255	NC_018192	CGT	3	9	25004	25012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356343
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264	NC_018192	AGG	2	6	25531	25536	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356343
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280	NC_018192	GCG	2	6	26979	26984	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356346
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325	NC_018192	CGC	2	6	30154	30159	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356353
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.