MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018184	CTG	2	6	76	81	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
2	NC_018184	GCC	2	6	172	177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
3	NC_018184	GGA	2	6	185	190	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
4	NC_018184	ACG	2	6	205	210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
5	NC_018184	CTT	2	6	267	272	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
6	NC_018184	ATC	2	6	384	389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356041
7	NC_018184	GCA	2	6	582	587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
8	NC_018184	GCC	2	6	603	608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
9	NC_018184	GCC	2	6	683	688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
10	NC_018184	CTG	2	6	786	791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
11	NC_018184	CTT	2	6	942	947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
12	NC_018184	GTT	2	6	956	961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356041
13	NC_018184	GCT	2	6	1020	1025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
14	NC_018184	CCG	2	6	1034	1039	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
15	NC_018184	CGA	2	6	1150	1155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
16	NC_018184	GAG	2	6	1169	1174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
17	NC_018184	CTT	2	6	1200	1205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356041
18	NC_018184	TGC	2	6	1259	1264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
19	NC_018184	AGG	2	6	1315	1320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
20	NC_018184	AGC	2	6	1366	1371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
21	NC_018184	TCG	2	6	1408	1413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
22	NC_018184	GAT	2	6	1415	1420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
23	NC_018184	ATG	2	6	1549	1554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
24	NC_018184	CGT	2	6	1612	1617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
25	NC_018184	CGT	2	6	1649	1654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
26	NC_018184	CCG	2	6	1657	1662	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
27	NC_018184	CCG	2	6	1703	1708	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356041
28	NC_018184	ATG	2	6	1845	1850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356041
29	NC_018184	CGA	2	6	1852	1857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
30	NC_018184	GCT	2	6	1910	1915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
31	NC_018184	GCA	2	6	1916	1921	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
32	NC_018184	CGA	2	6	2032	2037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
33	NC_018184	GAG	2	6	2223	2228	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
34	NC_018184	GAA	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356041
35	NC_018184	GCA	2	6	2350	2355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
36	NC_018184	CAG	2	6	2596	2601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
37	NC_018184	CGA	2	6	2887	2892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
38	NC_018184	CAC	2	6	2998	3003	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356041
39	NC_018184	TCG	2	6	3041	3046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356041
40	NC_018184	GAG	2	6	3327	3332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356041
41	NC_018184	CCA	2	6	3399	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356041
42	NC_018184	GAC	2	6	3447	3452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356041
43	NC_018184	CTA	2	6	3473	3478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356041
44	NC_018184	GGC	2	6	3491	3496	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356041
45	NC_018184	CGA	2	6	3762	3767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356042
46	NC_018184	CCG	2	6	3888	3893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356042
47	NC_018184	CAC	2	6	3935	3940	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356042
48	NC_018184	CGA	2	6	4048	4053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356042
49	NC_018184	CGA	2	6	4503	4508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356043
50	NC_018184	AGA	2	6	4553	4558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356043
51	NC_018184	GCT	2	6	4605	4610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356043
52	NC_018184	ATG	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356044
53	NC_018184	TTG	2	6	4816	4821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356044
54	NC_018184	GAC	2	6	4884	4889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356044
55	NC_018184	AAT	2	6	4899	4904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356044
56	NC_018184	CCA	2	6	5062	5067	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356044
57	NC_018184	GTC	2	6	5418	5423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
58	NC_018184	GGT	2	6	5434	5439	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356044
59	NC_018184	AAT	2	6	5448	5453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356044
60	NC_018184	GGC	2	6	5610	5615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356044
61	NC_018184	CTG	2	6	5787	5792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
62	NC_018184	TCG	2	6	5852	5857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
63	NC_018184	GTG	2	6	5886	5891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356044
64	NC_018184	CGT	2	6	5936	5941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356044
65	NC_018184	ATT	2	6	6296	6301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398356045
66	NC_018184	GTG	2	6	6316	6321	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356045
67	NC_018184	AGC	2	6	6551	6556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356045
68	NC_018184	TGA	2	6	6568	6573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356045
69	NC_018184	GGT	2	6	6723	6728	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356045
70	NC_018184	CTT	2	6	6729	6734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356045
71	NC_018184	GAT	2	6	6828	6833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356045
72	NC_018184	ATC	2	6	6858	6863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356045
73	NC_018184	TGG	2	6	6961	6966	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356046
74	NC_018184	GCG	2	6	6976	6981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
75	NC_018184	TCG	2	6	7071	7076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
76	NC_018184	GGC	2	6	7096	7101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
77	NC_018184	CCA	2	6	7180	7185	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356046
78	NC_018184	GCG	2	6	7275	7280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
79	NC_018184	GGT	2	6	7402	7407	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356046
80	NC_018184	CAT	2	6	7442	7447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356046
81	NC_018184	TGC	2	6	7488	7493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
82	NC_018184	GGC	2	6	7541	7546	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
83	NC_018184	CGC	2	6	7603	7608	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356046
84	NC_018184	CGG	2	6	7615	7620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356046
85	NC_018184	GCC	2	6	7790	7795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356046
86	NC_018184	GCT	2	6	7863	7868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
87	NC_018184	GAA	2	6	7986	7991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356046
88	NC_018184	GAC	2	6	8075	8080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356046
89	NC_018184	ACC	2	6	8130	8135	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356046
90	NC_018184	GAA	2	6	8217	8222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356046
91	NC_018184	CAC	2	6	8237	8242	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356046
92	NC_018184	CTG	2	6	8352	8357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
93	NC_018184	TCG	2	6	8458	8463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356046
94	NC_018184	CTT	2	6	8507	8512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356046
95	NC_018184	CAC	2	6	8597	8602	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356047
96	NC_018184	ATA	2	6	8710	8715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	398356047
97	NC_018184	TCT	2	6	8719	8724	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356047
98	NC_018184	CAA	2	6	8732	8737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356047
99	NC_018184	AGC	2	6	8789	8794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356047
100	NC_018184	TGC	2	6	8837	8842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356047
101	NC_018184	GGC	3	9	8984	8992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356047
102	NC_018184	GCA	2	6	8993	8998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356047
103	NC_018184	AAG	2	6	9028	9033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356047
104	NC_018184	ACG	2	6	9037	9042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356047
105	NC_018184	GGA	2	6	9441	9446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356047
106	NC_018184	TGC	2	6	9509	9514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356047
107	NC_018184	CCA	2	6	9691	9696	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356047

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.