MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Shigella sonnei 53G plasmid E

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016834	CAA	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
2	NC_016834	AGA	2	6	318	323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181986
3	NC_016834	GTC	2	6	644	649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
4	NC_016834	CTG	2	6	650	655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181986
5	NC_016834	ACA	2	6	790	795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181986
6	NC_016834	ATG	2	6	800	805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181986
7	NC_016834	AAT	2	6	1018	1023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181987
8	NC_016834	CAA	2	6	1068	1073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
9	NC_016834	GCA	2	6	1162	1167	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181987
10	NC_016834	ACA	2	6	1207	1212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
11	NC_016834	AAC	2	6	1230	1235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181987
12	NC_016834	CCT	2	6	1358	1363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181988
13	NC_016834	GTG	2	6	1381	1386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181988
14	NC_016834	GTT	2	6	1734	1739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383181989
15	NC_016834	CTG	2	6	1791	1796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181989
16	NC_016834	GTG	2	6	1809	1814	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181989
17	NC_016834	GCA	2	6	1925	1930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181989
18	NC_016834	TTA	2	6	2236	2241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
19	NC_016834	TAA	2	6	2263	2268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
20	NC_016834	ATT	2	6	2275	2280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
21	NC_016834	TCT	2	6	2321	2326	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
22	NC_016834	ATT	2	6	2336	2341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
23	NC_016834	ATT	2	6	2350	2355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
24	NC_016834	ACA	2	6	2405	2410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181990
25	NC_016834	AAT	2	6	2428	2433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
26	NC_016834	TAG	2	6	2457	2462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383181990
27	NC_016834	CTT	2	6	2490	2495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
28	NC_016834	TAC	2	6	2499	2504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
29	NC_016834	ATA	2	6	2521	2526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
30	NC_016834	TAA	2	6	2676	2681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
31	NC_016834	GCA	2	6	2720	2725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181990
32	NC_016834	TGG	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181990
33	NC_016834	ATT	2	6	2812	2817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
34	NC_016834	CCA	2	6	2834	2839	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181990
35	NC_016834	ATC	2	6	2893	2898	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181990
36	NC_016834	ATT	2	6	2936	2941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
37	NC_016834	GCT	2	6	3000	3005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181990
38	NC_016834	TTA	2	6	3041	3046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
39	NC_016834	TCT	2	6	3129	3134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181990
40	NC_016834	TAA	2	6	3148	3153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181990
41	NC_016834	ATT	2	6	3236	3241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
42	NC_016834	TTA	2	6	3309	3314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
43	NC_016834	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
44	NC_016834	ATT	2	6	3371	3376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181990
45	NC_016834	TCT	2	6	3414	3419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181991
46	NC_016834	ATT	2	6	3460	3465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181991
47	NC_016834	CAA	2	6	3474	3479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181991
48	NC_016834	AAT	2	6	3715	3720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
49	NC_016834	ACA	2	6	3727	3732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181992
50	NC_016834	ATT	2	6	3747	3752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181992
51	NC_016834	TCA	2	6	3846	3851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
52	NC_016834	TAA	2	6	3853	3858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181992
53	NC_016834	ATC	2	6	3896	3901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181992
54	NC_016834	CAT	2	6	4352	4357	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
55	NC_016834	AAT	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
56	NC_016834	CAA	2	6	4483	4488	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
57	NC_016834	ATT	2	6	4580	4585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383181993
58	NC_016834	TCA	2	6	4612	4617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
59	NC_016834	CAA	2	6	4655	4660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
60	NC_016834	CAT	2	6	4766	4771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
61	NC_016834	AAT	2	6	4965	4970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181993
62	NC_016834	CAA	2	6	4976	4981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383181993
63	NC_016834	AGA	2	6	5047	5052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181993
64	NC_016834	ACT	2	6	5151	5156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181993
65	NC_016834	ACC	2	6	5283	5288	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383181993
66	NC_016834	AAT	2	6	6560	6565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383181994
67	NC_016834	CCT	2	6	6609	6614	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383181994
68	NC_016834	CGT	2	6	6695	6700	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181994
69	NC_016834	GTG	3	9	6748	6756	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383181994
70	NC_016834	CTG	2	6	7140	7145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
71	NC_016834	GCC	2	6	7149	7154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
72	NC_016834	TCT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383181995
73	NC_016834	CGT	2	6	7206	7211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
74	NC_016834	GCT	2	6	7337	7342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
75	NC_016834	ACG	2	6	7395	7400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383181995
76	NC_016834	CGG	2	6	7433	7438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
77	NC_016834	GAA	2	6	7463	7468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
78	NC_016834	CGG	2	6	7475	7480	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	383181995
79	NC_016834	GAA	2	6	7514	7519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
80	NC_016834	GCC	2	6	7520	7525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
81	NC_016834	CCG	2	6	7862	7867	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	383181995
82	NC_016834	GAA	2	6	7898	7903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181995
83	NC_016834	CTG	2	6	7923	7928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383181995
84	NC_016834	TCA	2	6	8194	8199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
85	NC_016834	ACT	2	6	8252	8257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383181996
86	NC_016834	GAA	2	6	8307	8312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383181996

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.