MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12 plasmid unnamed

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016825	TGAA	2	8	1344	1351	50 %	25 %	25 %	0 %	378962823
2	NC_016825	CTGG	2	8	3123	3130	0 %	25 %	50 %	25 %	378962825
3	NC_016825	TTTC	2	8	3470	3477	0 %	75 %	0 %	25 %	378962826
4	NC_016825	GTTT	2	8	3589	3596	0 %	75 %	25 %	0 %	378962826
5	NC_016825	CACC	2	8	4376	4383	25 %	0 %	0 %	75 %	378962827
6	NC_016825	CACT	2	8	4687	4694	25 %	25 %	0 %	50 %	378962828
7	NC_016825	CCAG	2	8	4973	4980	25 %	0 %	25 %	50 %	378962829
8	NC_016825	CCAT	2	8	5090	5097	25 %	25 %	0 %	50 %	378962829
9	NC_016825	CCAT	2	8	5254	5261	25 %	25 %	0 %	50 %	378962830
10	NC_016825	AGAT	2	8	5829	5836	50 %	25 %	25 %	0 %	378962831
11	NC_016825	TTTC	2	8	5926	5933	0 %	75 %	0 %	25 %	378962831
12	NC_016825	ATAA	2	8	6390	6397	75 %	25 %	0 %	0 %	378962832
13	NC_016825	GGCA	2	8	6954	6961	25 %	0 %	50 %	25 %	378962833
14	NC_016825	AATT	2	8	7444	7451	50 %	50 %	0 %	0 %	378962834
15	NC_016825	CTGG	2	8	7959	7966	0 %	25 %	50 %	25 %	378962834
16	NC_016825	GCCA	2	8	8128	8135	25 %	0 %	25 %	50 %	378962834
17	NC_016825	TGCC	2	8	8280	8287	0 %	25 %	25 %	50 %	378962834
18	NC_016825	ATTA	2	8	9511	9518	50 %	50 %	0 %	0 %	378962836
19	NC_016825	TTAT	2	8	9577	9584	25 %	75 %	0 %	0 %	378962836
20	NC_016825	ATAC	2	8	10067	10074	50 %	25 %	0 %	25 %	378962836
21	NC_016825	GCAT	2	8	10632	10639	25 %	25 %	25 %	25 %	378962837
22	NC_016825	CCTT	2	8	10959	10966	0 %	50 %	0 %	50 %	378962837
23	NC_016825	GGAA	2	8	12573	12580	50 %	0 %	50 %	0 %	378962839
24	NC_016825	TAAA	2	8	12973	12980	75 %	25 %	0 %	0 %	378962839
25	NC_016825	ACCG	2	8	13094	13101	25 %	0 %	25 %	50 %	378962840
26	NC_016825	AGCA	2	8	13133	13140	50 %	0 %	25 %	25 %	378962840
27	NC_016825	ATCC	2	8	13316	13323	25 %	25 %	0 %	50 %	378962841
28	NC_016825	ATCC	2	8	14154	14161	25 %	25 %	0 %	50 %	378962841
29	NC_016825	TCAG	2	8	14170	14177	25 %	25 %	25 %	25 %	378962841
30	NC_016825	TTCT	2	8	14729	14736	0 %	75 %	0 %	25 %	378962842
31	NC_016825	TAGA	2	8	14920	14927	50 %	25 %	25 %	0 %	378962843
32	NC_016825	CACT	2	8	15657	15664	25 %	25 %	0 %	50 %	378962843
33	NC_016825	CCAG	2	8	17244	17251	25 %	0 %	25 %	50 %	378962844
34	NC_016825	ATGA	2	8	17419	17426	50 %	25 %	25 %	0 %	378962844
35	NC_016825	AAAT	2	8	18343	18350	75 %	25 %	0 %	0 %	378962845
36	NC_016825	GCAG	2	8	18602	18609	25 %	0 %	50 %	25 %	378962846
37	NC_016825	TTAC	2	8	19286	19293	25 %	50 %	0 %	25 %	378962846
38	NC_016825	CATC	2	8	19401	19408	25 %	25 %	0 %	50 %	378962846
39	NC_016825	AAAT	2	8	19420	19427	75 %	25 %	0 %	0 %	378962846
40	NC_016825	CCAA	2	8	19764	19771	50 %	0 %	0 %	50 %	378962847
41	NC_016825	CAAA	2	8	19814	19821	75 %	0 %	0 %	25 %	378962847
42	NC_016825	GTTT	2	8	19889	19896	0 %	75 %	25 %	0 %	378962847
43	NC_016825	ACTT	2	8	20729	20736	25 %	50 %	0 %	25 %	378962848
44	NC_016825	TTTC	2	8	20978	20985	0 %	75 %	0 %	25 %	378962848
45	NC_016825	CAAC	2	8	21525	21532	50 %	0 %	0 %	50 %	378962849
46	NC_016825	TTCA	2	8	21832	21839	25 %	50 %	0 %	25 %	378962849
47	NC_016825	AAAG	2	8	22451	22458	75 %	0 %	25 %	0 %	378962851
48	NC_016825	TCCA	2	8	22824	22831	25 %	25 %	0 %	50 %	378962851
49	NC_016825	TGAA	2	8	22904	22911	50 %	25 %	25 %	0 %	378962851
50	NC_016825	CCCA	2	8	23203	23210	25 %	0 %	0 %	75 %	378962851
51	NC_016825	CAAT	2	8	23344	23351	50 %	25 %	0 %	25 %	378962851
52	NC_016825	TGAA	2	8	23467	23474	50 %	25 %	25 %	0 %	378962851
53	NC_016825	TCTT	2	8	23943	23950	0 %	75 %	0 %	25 %	378962851
54	NC_016825	CCGC	2	8	24482	24489	0 %	0 %	25 %	75 %	378962853
55	NC_016825	GCTG	2	8	24640	24647	0 %	25 %	50 %	25 %	378962853
56	NC_016825	TGGC	2	8	24773	24780	0 %	25 %	50 %	25 %	378962853
57	NC_016825	TTCT	2	8	26190	26197	0 %	75 %	0 %	25 %	378962855
58	NC_016825	AATC	2	8	26319	26326	50 %	25 %	0 %	25 %	378962855
59	NC_016825	AACC	2	8	27446	27453	50 %	0 %	0 %	50 %	378962855
60	NC_016825	GTTT	2	8	27646	27653	0 %	75 %	25 %	0 %	378962855
61	NC_016825	GAAT	2	8	27766	27773	50 %	25 %	25 %	0 %	378962855
62	NC_016825	TGGA	2	8	28141	28148	25 %	25 %	50 %	0 %	378962855
63	NC_016825	TCTT	2	8	28319	28326	0 %	75 %	0 %	25 %	378962855
64	NC_016825	TTGT	2	8	28374	28381	0 %	75 %	25 %	0 %	378962855
65	NC_016825	CGAT	2	8	28824	28831	25 %	25 %	25 %	25 %	378962855
66	NC_016825	GCAG	2	8	30204	30211	25 %	0 %	50 %	25 %	378962856
67	NC_016825	AATG	2	8	30292	30299	50 %	25 %	25 %	0 %	378962857
68	NC_016825	AAAT	2	8	30396	30403	75 %	25 %	0 %	0 %	378962857
69	NC_016825	CCAT	2	8	30608	30615	25 %	25 %	0 %	50 %	378962858
70	NC_016825	GCTC	2	8	30948	30955	0 %	25 %	25 %	50 %	378962858
71	NC_016825	GACT	2	8	31452	31459	25 %	25 %	25 %	25 %	378962858
72	NC_016825	CTGC	2	8	31609	31616	0 %	25 %	25 %	50 %	378962858
73	NC_016825	TTTG	2	8	31653	31660	0 %	75 %	25 %	0 %	378962858
74	NC_016825	CTGA	2	8	31661	31668	25 %	25 %	25 %	25 %	378962858
75	NC_016825	GATC	2	8	32258	32265	25 %	25 %	25 %	25 %	378962859
76	NC_016825	GTAT	2	8	32408	32415	25 %	50 %	25 %	0 %	378962859
77	NC_016825	TTTG	2	8	32928	32935	0 %	75 %	25 %	0 %	378962862
78	NC_016825	TGTC	2	8	34269	34276	0 %	50 %	25 %	25 %	378962862
79	NC_016825	GTTG	2	8	35506	35513	0 %	50 %	50 %	0 %	378962862
80	NC_016825	TATC	2	8	35666	35673	25 %	50 %	0 %	25 %	378962862
81	NC_016825	ACTT	2	8	36348	36355	25 %	50 %	0 %	25 %	378962862
82	NC_016825	ATCG	2	8	36369	36376	25 %	25 %	25 %	25 %	378962862
83	NC_016825	GGCA	2	8	36882	36889	25 %	0 %	50 %	25 %	378962862
84	NC_016825	TCCA	2	8	37480	37487	25 %	25 %	0 %	50 %	378962863
85	NC_016825	TTCC	2	8	37761	37768	0 %	50 %	0 %	50 %	378962864
86	NC_016825	ACCA	2	8	38065	38072	50 %	0 %	0 %	50 %	378962864
87	NC_016825	TGAA	2	8	38445	38452	50 %	25 %	25 %	0 %	378962865
88	NC_016825	TACT	2	8	39114	39121	25 %	50 %	0 %	25 %	378962866
89	NC_016825	CAGT	2	8	39326	39333	25 %	25 %	25 %	25 %	378962866
90	NC_016825	ACTG	2	8	40472	40479	25 %	25 %	25 %	25 %	378962867
91	NC_016825	TTTC	2	8	41283	41290	0 %	75 %	0 %	25 %	378962869
92	NC_016825	ATAA	2	8	41515	41522	75 %	25 %	0 %	0 %	378962869
93	NC_016825	GGCG	2	8	41578	41585	0 %	0 %	75 %	25 %	378962869
94	NC_016825	TCCA	2	8	42224	42231	25 %	25 %	0 %	50 %	378962870
95	NC_016825	CAAA	2	8	43470	43477	75 %	0 %	0 %	25 %	378962871
96	NC_016825	TACT	2	8	43630	43637	25 %	50 %	0 %	25 %	378962872
97	NC_016825	TCTG	2	8	43886	43893	0 %	50 %	25 %	25 %	378962872
98	NC_016825	AATT	2	8	44154	44161	50 %	50 %	0 %	0 %	378962873
99	NC_016825	GTTC	2	8	45636	45643	0 %	50 %	25 %	25 %	378962874
100	NC_016825	ACCA	2	8	46121	46128	50 %	0 %	0 %	50 %	378962874
101	NC_016825	GCTC	2	8	46309	46316	0 %	25 %	25 %	50 %	378962874
102	NC_016825	ATTC	2	8	46355	46362	25 %	50 %	0 %	25 %	378962874
103	NC_016825	AGTT	2	8	46810	46817	25 %	50 %	25 %	0 %	378962875
104	NC_016825	AGCC	2	8	47778	47785	25 %	0 %	25 %	50 %	378962875
105	NC_016825	GCTG	2	8	50431	50438	0 %	25 %	50 %	25 %	378962881
106	NC_016825	TGGC	2	8	50564	50571	0 %	25 %	50 %	25 %	378962881
107	NC_016825	TAAA	2	8	50806	50813	75 %	25 %	0 %	0 %	378962882
108	NC_016825	TGAT	2	8	51277	51284	25 %	50 %	25 %	0 %	378962882
109	NC_016825	ATGG	2	8	51318	51325	25 %	25 %	50 %	0 %	378962882
110	NC_016825	AATG	2	8	52867	52874	50 %	25 %	25 %	0 %	378962883
111	NC_016825	AACA	2	8	53035	53042	75 %	0 %	0 %	25 %	378962883
112	NC_016825	ATTA	2	8	54128	54135	50 %	50 %	0 %	0 %	378962884
113	NC_016825	TCCT	2	8	54272	54279	0 %	50 %	0 %	50 %	378962884
114	NC_016825	GCTG	2	8	54612	54619	0 %	25 %	50 %	25 %	378962886
115	NC_016825	TGGC	2	8	54745	54752	0 %	25 %	50 %	25 %	378962886
116	NC_016825	TCTA	2	8	55296	55303	25 %	50 %	0 %	25 %	378962887
117	NC_016825	CGGA	2	8	55647	55654	25 %	0 %	50 %	25 %	378962887
118	NC_016825	CGTC	2	8	55693	55700	0 %	25 %	25 %	50 %	378962887
119	NC_016825	TTGT	2	8	56907	56914	0 %	75 %	25 %	0 %	378962887
120	NC_016825	GAAG	2	8	57382	57389	50 %	0 %	50 %	0 %	378962887
121	NC_016825	TTCA	2	8	57471	57478	25 %	50 %	0 %	25 %	378962887
122	NC_016825	GCCA	2	8	58943	58950	25 %	0 %	25 %	50 %	378962889
123	NC_016825	CCGT	2	8	59396	59403	0 %	25 %	25 %	50 %	378962889
124	NC_016825	CTTT	2	8	59679	59686	0 %	75 %	0 %	25 %	378962890
125	NC_016825	AGTT	2	8	59848	59855	25 %	50 %	25 %	0 %	378962890
126	NC_016825	ACTC	2	8	60136	60143	25 %	25 %	0 %	50 %	378962890
127	NC_016825	ACGC	2	8	60624	60631	25 %	0 %	25 %	50 %	378962891
128	NC_016825	GATT	2	8	61450	61457	25 %	50 %	25 %	0 %	378962891
129	NC_016825	CCGA	2	8	61745	61752	25 %	0 %	25 %	50 %	378962892
130	NC_016825	ATCG	2	8	63461	63468	25 %	25 %	25 %	25 %	378962894
131	NC_016825	TGTT	2	8	63592	63599	0 %	75 %	25 %	0 %	378962894
132	NC_016825	AATG	2	8	63962	63969	50 %	25 %	25 %	0 %	378962894
133	NC_016825	ATGT	2	8	64293	64300	25 %	50 %	25 %	0 %	378962895
134	NC_016825	TTAA	2	8	64903	64910	50 %	50 %	0 %	0 %	378962897
135	NC_016825	CCAG	2	8	64969	64976	25 %	0 %	25 %	50 %	378962897
136	NC_016825	TCAT	2	8	65158	65165	25 %	50 %	0 %	25 %	378962898
137	NC_016825	CATT	2	8	65202	65209	25 %	50 %	0 %	25 %	378962898
138	NC_016825	CAAA	2	8	65352	65359	75 %	0 %	0 %	25 %	378962899
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.