MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sphingobium sp. SYK-6 plasmid pSLPG

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015974	CGACCT	2	12	1842	1853	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	347430514
2	NC_015974	CGATAT	2	12	3981	3992	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	347430516
3	NC_015974	TGAAGG	2	12	11576	11587	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347430523
4	NC_015974	TGCGGC	2	12	12243	12254	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430523
5	NC_015974	CCAGCG	2	12	13770	13781	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	347430524
6	NC_015974	CGACCA	2	12	19291	19302	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347430533
7	NC_015974	CGACCA	2	12	20246	20257	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347430535
8	NC_015974	AGATGT	2	12	21064	21075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	347430537
9	NC_015974	GGGCCT	2	12	21578	21589	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430537
10	NC_015974	CATGGG	2	12	22175	22186	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430537
11	NC_015974	GTGATC	2	12	23534	23545	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347430539
12	NC_015974	AACATC	2	12	28257	28268	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	347430543
13	NC_015974	TCGCCG	2	12	29724	29735	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430545
14	NC_015974	TCGGAC	2	12	31967	31978	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	347430547
15	NC_015974	GGCGCA	2	12	32260	32271	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	347430548
16	NC_015974	CGATCC	2	12	33108	33119	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	347430548
17	NC_015974	CGCAGG	2	12	33231	33242	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	347430548
18	NC_015974	TCGCCT	2	12	36197	36208	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	347430550
19	NC_015974	CAGGTG	2	12	37096	37107	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430550
20	NC_015974	GTGCTG	2	12	40446	40457	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	347430555
21	NC_015974	GCTGCC	2	12	40765	40776	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430556
22	NC_015974	GATCGA	2	12	41770	41781	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	347430556
23	NC_015974	GTCCTG	2	12	41906	41917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347430556
24	NC_015974	GCTGGC	2	12	42217	42228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430556
25	NC_015974	CCTCGG	2	12	42970	42981	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430556
26	NC_015974	AAGGAA	2	12	43501	43512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	347430557
27	NC_015974	GTGCGG	2	12	46458	46469	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	347430558
28	NC_015974	TCGACA	2	12	51167	51178	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347430563
29	NC_015974	CGATGG	2	12	52146	52157	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430563
30	NC_015974	TCGGCC	2	12	52664	52675	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430563
31	NC_015974	CGAACC	2	12	53399	53410	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347430564
32	NC_015974	GTCATC	2	12	53467	53478	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347430564
33	NC_015974	GGGTCG	2	12	55422	55433	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	347430565
34	NC_015974	GGCCGC	2	12	57620	57631	0 %	0 %	50 %	50 %	347430569
35	NC_015974	AGGGGC	2	12	58221	58232	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	347430570
36	NC_015974	CCTTCA	2	12	59839	59850	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	347430572
37	NC_015974	GCCCAT	2	12	63822	63833	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	347430578
38	NC_015974	CCTGCG	2	12	67365	67376	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430582
39	NC_015974	GCGCGG	2	12	68415	68426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	347430582
40	NC_015974	GGATGT	2	12	71229	71240	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347430585
41	NC_015974	TTGCGG	2	12	71458	71469	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	347430585
42	NC_015974	GAGGCC	2	12	74499	74510	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	347430591
43	NC_015974	CTTCGA	2	12	76854	76865	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347430593
44	NC_015974	GCACCT	2	12	76986	76997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	347430593
45	NC_015974	TAGGTG	2	12	78868	78879	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347430594
46	NC_015974	TTCCTG	2	12	79143	79154	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	347430594
47	NC_015974	TAGGGC	2	12	79929	79940	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430595
48	NC_015974	TCGCGG	2	12	83987	83998	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430600
49	NC_015974	GGTCGG	2	12	84129	84140	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	347430600
50	NC_015974	TCGACT	2	12	84401	84412	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347430600
51	NC_015974	CGGCGC	2	12	85234	85245	0 %	0 %	50 %	50 %	347430601
52	NC_015974	CTTGCC	2	12	85401	85412	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	347430601
53	NC_015974	GCATGT	2	12	86041	86052	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347430602
54	NC_015974	GCATCG	2	12	87133	87144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	347430603
55	NC_015974	CGCGCA	2	12	88026	88037	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	347430604
56	NC_015974	TCGATC	2	12	90065	90076	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	347430605
57	NC_015974	CTATGG	2	12	91193	91204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	347430607
58	NC_015974	CTCGCC	2	12	96004	96015	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	347430613
59	NC_015974	CCTTCA	2	12	98496	98507	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	347430617
60	NC_015974	AGACCG	2	12	102845	102856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347430620
61	NC_015974	GTCGCC	2	12	103218	103229	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430621
62	NC_015974	CGGCAA	2	12	104891	104902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347430622
63	NC_015974	TCGCCG	2	12	105244	105255	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430623
64	NC_015974	GGTCGC	2	12	105533	105544	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430623
65	NC_015974	GGGCGT	2	12	106473	106484	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	347430624
66	NC_015974	GTCGGC	2	12	106771	106782	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430624
67	NC_015974	CCTCGG	2	12	106946	106957	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430624
68	NC_015974	GGTCCT	2	12	107205	107216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	347430624
69	NC_015974	GCTCCT	2	12	107574	107585	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	347430624
70	NC_015974	CATCCA	2	12	107981	107992	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	347430624
71	NC_015974	GAGGTT	2	12	111619	111630	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347430627
72	NC_015974	GGCAAG	2	12	112930	112941	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347430629
73	NC_015974	CGCAGG	2	12	115918	115929	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	347430631
74	NC_015974	GAAGGT	2	12	116011	116022	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	347430631
75	NC_015974	GGCAGA	2	12	118611	118622	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347430632
76	NC_015974	GGTACG	2	12	122546	122557	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430634
77	NC_015974	ATCGGC	2	12	123966	123977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	347430635
78	NC_015974	GCGCTC	2	12	125252	125263	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	347430637
79	NC_015974	GGTTGA	2	12	127614	127625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	347430640
80	NC_015974	CTCGAA	2	12	130429	130440	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	347430644
81	NC_015974	GATGGC	2	12	132624	132635	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	347430648
82	NC_015974	GCGCAA	2	12	134230	134241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	347430650
83	NC_015974	ATCCGC	2	12	136896	136907	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	347430653
84	NC_015974	GCGAAG	2	12	137662	137673	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347430654
85	NC_015974	GACGCC	2	12	137910	137921	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	347430654
86	NC_015974	AGCACC	2	12	142325	142336	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	347430659
87	NC_015974	CGAGAG	2	12	142540	142551	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	347430659
88	NC_015974	CGGCTG	2	12	145933	145944	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	347430660

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.