MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ5

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010479	CGA	2	6	88	93	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079514
2	NC_010479	GAA	2	6	151	156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079514
3	NC_010479	GCC	2	6	159	164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079514
4	NC_010479	GCA	2	6	343	348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079514
5	NC_010479	TCA	2	6	410	415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079514
6	NC_010479	AAG	2	6	581	586	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079514
7	NC_010479	GAA	2	6	641	646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079515
8	NC_010479	AGG	2	6	713	718	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079515
9	NC_010479	TAC	2	6	734	739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079515
10	NC_010479	CAG	2	6	792	797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079515
11	NC_010479	GCA	2	6	883	888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079515
12	NC_010479	GAA	2	6	2713	2718	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079516
13	NC_010479	CTG	2	6	2922	2927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079516
14	NC_010479	GGC	2	6	3003	3008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079517
15	NC_010479	TGT	2	6	3050	3055	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079517
16	NC_010479	TTG	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079517
17	NC_010479	ACC	2	6	3091	3096	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079517
18	NC_010479	ACA	2	6	3291	3296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079518
19	NC_010479	ACA	2	6	3342	3347	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079518
20	NC_010479	TGC	2	6	3526	3531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079518
21	NC_010479	AGA	2	6	3616	3621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079518
22	NC_010479	ATG	2	6	3680	3685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079518
23	NC_010479	TTA	2	6	3726	3731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079518
24	NC_010479	ACT	2	6	3735	3740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079518
25	NC_010479	CAA	2	6	3911	3916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079519
26	NC_010479	AAG	2	6	4048	4053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079519
27	NC_010479	TGA	2	6	4175	4180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079519
28	NC_010479	AGC	2	6	4341	4346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079520
29	NC_010479	CAC	2	6	4393	4398	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079520
30	NC_010479	AGA	2	6	4426	4431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079520
31	NC_010479	CCT	2	6	4557	4562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079521
32	NC_010479	ACC	2	6	5052	5057	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079522
33	NC_010479	GAA	2	6	5337	5342	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079523
34	NC_010479	ACT	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079523
35	NC_010479	AGA	2	6	5402	5407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079523
36	NC_010479	GCA	2	6	5410	5415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079523
37	NC_010479	GCG	2	6	5478	5483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079523
38	NC_010479	AGC	2	6	5742	5747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079524
39	NC_010479	CCG	2	6	5762	5767	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079524
40	NC_010479	AGA	2	6	6033	6038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079524
41	NC_010479	GAC	2	6	6085	6090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079524
42	NC_010479	GAC	2	6	6105	6110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079524
43	NC_010479	GAC	2	6	6125	6130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079524
44	NC_010479	CCT	2	6	6190	6195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079524
45	NC_010479	TGC	2	6	6324	6329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079524
46	NC_010479	CAA	2	6	6403	6408	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079524
47	NC_010479	TTA	2	6	6451	6456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079524
48	NC_010479	CGG	2	6	6845	6850	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079525
49	NC_010479	ACC	3	9	6903	6911	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079525
50	NC_010479	TTC	2	6	6978	6983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079525
51	NC_010479	CTA	2	6	7016	7021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079525
52	NC_010479	CAA	2	6	7026	7031	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079525
53	NC_010479	TCA	2	6	7045	7050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079525
54	NC_010479	AAC	2	6	7250	7255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079525
55	NC_010479	CGC	2	6	7268	7273	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079525
56	NC_010479	TAT	2	6	7313	7318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079525
57	NC_010479	GCG	2	6	7581	7586	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079525
58	NC_010479	CAC	2	6	7611	7616	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079525
59	NC_010479	CAA	2	6	7617	7622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079525
60	NC_010479	AAC	3	9	8026	8034	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079526
61	NC_010479	GTG	2	6	8144	8149	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079526
62	NC_010479	ACT	2	6	8226	8231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079526
63	NC_010479	AAG	2	6	8691	8696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079527
64	NC_010479	CTA	2	6	8728	8733	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079527
65	NC_010479	TCG	2	6	8855	8860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079527
66	NC_010479	AAG	2	6	8870	8875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079527
67	NC_010479	CAG	2	6	8946	8951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079527
68	NC_010479	ATG	2	6	8976	8981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079527
69	NC_010479	TGA	2	6	9025	9030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079527
70	NC_010479	TGA	2	6	9049	9054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079527
71	NC_010479	GAA	2	6	9238	9243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079527
72	NC_010479	TTC	2	6	9255	9260	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079527
73	NC_010479	CGC	2	6	9326	9331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079527
74	NC_010479	CGC	2	6	9379	9384	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079527
75	NC_010479	ACA	2	6	9638	9643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079528
76	NC_010479	CGG	2	6	9677	9682	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079528
77	NC_010479	GGA	2	6	9915	9920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170079528
78	NC_010479	ATC	3	9	10078	10086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079528
79	NC_010479	CGG	2	6	10158	10163	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079528
80	NC_010479	ATG	2	6	10315	10320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079529
81	NC_010479	ATT	2	6	10336	10341	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079529
82	NC_010479	CAC	2	6	10353	10358	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079529
83	NC_010479	GTG	2	6	10384	10389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079529
84	NC_010479	ATT	2	6	10402	10407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079529
85	NC_010479	TGG	2	6	10445	10450	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079529
86	NC_010479	TCT	2	6	10625	10630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079529
87	NC_010479	GCG	2	6	10707	10712	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170079529
88	NC_010479	AAT	2	6	10792	10797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079529
89	NC_010479	ATT	2	6	11020	11025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079529
90	NC_010479	TAA	2	6	11052	11057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079529
91	NC_010479	ATG	2	6	11090	11095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079529
92	NC_010479	TTG	2	6	11467	11472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079530
93	NC_010479	TTG	2	6	12120	12125	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079531
94	NC_010479	TAT	2	6	12146	12151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079531
95	NC_010479	TTG	2	6	12165	12170	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079531
96	NC_010479	ATA	2	6	12171	12176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170079531
97	NC_010479	TAT	2	6	12339	12344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170079531
98	NC_010479	TGC	2	6	12573	12578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079531
99	NC_010479	CTT	2	6	12761	12766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079531
100	NC_010479	CAG	2	6	13796	13801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079532
101	NC_010479	CTT	2	6	14138	14143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079532
102	NC_010479	CCT	2	6	14236	14241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079532
103	NC_010479	TCT	2	6	14305	14310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079532
104	NC_010479	CTT	2	6	14358	14363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079532
105	NC_010479	ATC	2	6	14503	14508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170079533
106	NC_010479	CGC	2	6	14539	14544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079533
107	NC_010479	AGA	2	6	14605	14610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079533
108	NC_010479	TCT	3	9	14735	14743	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170079533
109	NC_010479	GAA	2	6	14759	14764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079533
110	NC_010479	TTG	2	6	14789	14794	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170079534
111	NC_010479	CTG	2	6	14835	14840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079534
112	NC_010479	GAT	2	6	15030	15035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079534
113	NC_010479	GCT	2	6	15056	15061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170079534
114	NC_010479	ATG	2	6	15376	15381	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079535
115	NC_010479	TCC	2	6	15473	15478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170079535
116	NC_010479	GAA	2	6	15529	15534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079535
117	NC_010479	TGG	2	6	15668	15673	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170079535
118	NC_010479	CAC	2	6	15725	15730	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079535
119	NC_010479	GAA	2	6	15868	15873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170079535
120	NC_010479	CAA	2	6	15943	15948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079535
121	NC_010479	CCG	2	6	15950	15955	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079535
122	NC_010479	CAA	2	6	15966	15971	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079535
123	NC_010479	GCA	2	6	16008	16013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079535
124	NC_010479	CAA	2	6	16087	16092	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170079535
125	NC_010479	CGC	2	6	16406	16411	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079536
126	NC_010479	GAC	2	6	16414	16419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170079536
127	NC_010479	CAC	2	6	16501	16506	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170079536
128	NC_010479	TAG	2	6	16539	16544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170079536
129	NC_010479	CCG	2	6	16638	16643	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170079536
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.