MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Synechococcus sp. PCC 7002 plasmid pAQ7

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010474	AACTCG	2	12	311	322	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170076471
2	NC_010474	GCCCAA	2	12	358	369	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076471
3	NC_010474	CGATCG	2	12	1697	1708	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076474
4	NC_010474	GGGCTT	2	12	5019	5030	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076476
5	NC_010474	TTGGGT	2	12	9125	9136	0 %	50 %	50 %	0 %	170076478
6	NC_010474	TACCTG	2	12	13539	13550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170076481
7	NC_010474	TGATTA	2	12	17619	17630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	170076482
8	NC_010474	TGATGC	2	12	17762	17773	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076482
9	NC_010474	CCGCCA	2	12	19828	19839	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	170076485
10	NC_010474	CCAATG	2	12	20812	20823	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	170076486
11	NC_010474	TGGCTG	2	12	24983	24994	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076489
12	NC_010474	AACCAA	2	12	25341	25352	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170076489
13	NC_010474	GTTGAG	2	12	25414	25425	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	170076489
14	NC_010474	AGCAAA	2	12	26070	26081	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170076490
15	NC_010474	TGAAAC	2	12	28619	28630	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076492
16	NC_010474	AAATCA	2	12	29208	29219	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170076493
17	NC_010474	TCCTGC	2	12	33583	33594	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	170076495
18	NC_010474	GCGGTG	2	12	36376	36387	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076498
19	NC_010474	AAGTCA	2	12	38673	38684	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076502
20	NC_010474	GGCTCA	2	12	44309	44320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076510
21	NC_010474	GGGCTT	2	12	44712	44723	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076510
22	NC_010474	AGATTC	2	12	49314	49325	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170076515
23	NC_010474	TCGATT	2	12	49724	49735	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170076516
24	NC_010474	GGCCAT	2	12	52109	52120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076521
25	NC_010474	GCCAGA	2	12	55555	55566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076525
26	NC_010474	AAGCCC	2	12	62859	62870	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076532
27	NC_010474	GCTGAC	2	12	69238	69249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076537
28	NC_010474	ATCCAA	2	12	71233	71244	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170076537
29	NC_010474	TCCACC	2	12	80476	80487	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	170076542
30	NC_010474	TACTGT	2	12	80684	80695	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	170076542
31	NC_010474	TGGAGA	2	12	81861	81872	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	170076544
32	NC_010474	TGGCCG	2	12	82266	82277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	170076544
33	NC_010474	GACTGA	2	12	83949	83960	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170076543
34	NC_010474	ATCACC	2	12	84329	84340	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	170076543
35	NC_010474	TGACTA	2	12	85350	85361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	170076545
36	NC_010474	GCCCAA	2	12	91520	91531	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	170076551
37	NC_010474	CTGTTG	2	12	100658	100669	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170076560
38	NC_010474	TCGGCC	2	12	100866	100877	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	170076560
39	NC_010474	GCGATC	2	12	103806	103817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076563
40	NC_010474	CGTTGT	2	12	110762	110773	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	170076568
41	NC_010474	AAATTC	2	12	112038	112049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170076569
42	NC_010474	TGGGCT	2	12	114999	115010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	170076572
43	NC_010474	CGGTGG	2	12	117670	117681	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076573
44	NC_010474	CTGTAG	2	12	117793	117804	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076573
45	NC_010474	CATTGG	2	12	117940	117951	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076573
46	NC_010474	CCGTCA	2	12	118558	118569	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	170076574
47	NC_010474	GCCAAG	2	12	123468	123479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076577
48	NC_010474	CAGACG	2	12	124634	124645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076577
49	NC_010474	ATCGCC	2	12	127189	127200	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	170076580
50	NC_010474	ATTCCC	2	12	127383	127394	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	170076580
51	NC_010474	TTTTAC	2	12	130672	130683	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	170076582
52	NC_010474	TGGCGG	2	12	132269	132280	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	170076584
53	NC_010474	CACCCT	2	12	133429	133440	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	170076584
54	NC_010474	TGGCAC	2	12	136246	136257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170076587
55	NC_010474	GGCACG	2	12	136622	136633	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	170076587
56	NC_010474	CCACAT	2	12	140910	140921	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	170076591
57	NC_010474	TACAAG	2	12	148388	148399	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	170076598
58	NC_010474	CCAACA	2	12	148822	148833	50 %	0 %	0 %	50 %	170076599
59	NC_010474	TAGTGC	2	12	149985	149996	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	170076601
60	NC_010474	AGAGAA	2	12	153018	153029	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170076603
61	NC_010474	GGATTT	2	12	155987	155998	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170076605
62	NC_010474	AATCAA	2	12	164621	164632	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170076612
63	NC_010474	GCAAAG	2	12	164802	164813	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	170076612
64	NC_010474	GGAACC	2	12	169319	169330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170076618
65	NC_010474	TTTATT	2	12	169352	169363	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	170076618
66	NC_010474	CCATTG	2	12	169851	169862	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170076619
67	NC_010474	TGATGT	2	12	177569	177580	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	170076625
68	NC_010474	GAATTG	2	12	178637	178648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170076626
69	NC_010474	CCAAAT	2	12	179194	179205	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	170076627
70	NC_010474	AAACAG	2	12	183399	183410	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	170076631

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.